Đối với ngành Thanh tra toàn tỉnh Thanh Hoá, tăng cường lãnh đạo, chỉ đạo, phổ biến, quán triệt, triển khai thực hiện nghiêm túc, hiệu quả các chủ trương, quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước, của tỉnh Thanh Hoá về công tác thanh tra, kiểm toán và thực hiện các kết luận, kiến nghị sau thanh tra, kiểm toán nhằm năng cao nhận thức, trách nhiệm của các cấp, các ngành, nhất là người đứng đầu về vai trò, ý nghĩa tác dụng, tầm quan trọng của công tác thanh tra, kiểm toán… để góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý Nhà nước và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực.
Cán bộ, công chức ngành Thanh tra trên toàn tỉnh Thanh Hoá trong hoạt động thanh tra không được lợi dụng chức vụ, quyền hạn thanh tra để thực hiện hành vi trái pháp luật, sách nhiễu, gây khó khăn, phiền hà cho đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức, cá nhân khác; lạm dụng quyền trong quá trình tiến hành thanh tra…
Đối với Thanh tra tỉnh, tổ chức thực hiện có hiệu quả kế hoạch thanh tra theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kế hoạch thanh tra của thanh tra sở, thanh tra huyện…
Việc xây dựng, ban hành kế hoạch thanh tra phải căn cứ vào định hướng chương trình thanh tra, hướng dẫn của cơ quan thanh tra cấp trên, yêu cầu của nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội và công tác quản lý thuộc phạm vi quản lý của ngành, lĩnh vực và địa phương...
Xử lý vi phạm trong quá trình tiến hành thanh tra, người tiến hành thanh tra phải áp dụng các biện pháp theo thẩm quyền được quy định trong pháp luật về thanh tra và quy đinh của pháp luật khác có liên quan để chấm dứt hành vi vi phạm, kịp thời bảo vệ lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân.
Trưởng đoàn thanh tra, thanh tra viên phát hiện hành vi vi phạm hành chính thì buộc chấm dứt hành vi vi phạm đó, xem xét áp dụng biện pháp ngăn chặn và bảo đảm xử lý vi phạm hành chính, tiến hành xử phạt ngay theo quy định của luật xử lý vi phạm hành chính mà không phải đợi kết luận thanh tra.
Trường hợp phát hiện vụ việc có dấu hiệu tội phạm thì trưởng đoàn thanh tra phải báo cáo để người ra quyết định thanh tra chuyển ngay hồ sơ vụ việc, tài liệu có liên quan cùng với văn bản kiến nghị khởi tố cho cơ quan điều tra có thẩm quyền xem xét, xử lý theo quy định của pháp luật và thông báo cho Viện Kiểm sát Nhân dân biết.
Báo cáo kết quả thanh tra phải có các nội dung kết luận thanh tra cụ thể về từng nội dung đã tiến hành thanh tra; trường hợp qua thanh tra phát hiện có hành vi tham nhũng, tiêu cực thì trong báo cáo kết quả thanh tra còn phải nêu rõ trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan, tổ chức để xảy ra hành vi tham nhũng, tiêu cực theo các mức độ; báo cáo kết quả thanh tra phải nêu rõ quy định của pháp luật làm căn cứ để xác định tính chất, mức độ vi phạm, kiến nghị giải pháp, biện pháp xử lý, khắc phục hậu quả.
Kết luận thanh tra phải bảo đảm tính chính xác, khách quan, khả thi và bao gồm các nội dung đánh giá việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn được giao của đối tượng thanh tra đối với cuộc thanh tra hành chính; đánh giá việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên môn - kỹ thuật, quy tắc quản lý của đối tượng thanh tra đối với cuộc thanh tra chuyên ngành.
Kết luận về nội dung thanh tra; xác định rõ tính chất, mức độ, hậu quả của hành vi vi phạm; nguyên nhân trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm pháp luật (nếu có)… hạn chế, bất cập của cơ chế quản lý, chính sách, pháp luật có liên quan và kiến nghị khắc phục.
Trong quá trình thanh tra, phải áp dụng các biện pháp kiểm kê tài sản, trưng cầu giám định, tạm giữ tài sản, giấy phép, chứng chỉ hành nghề, yêu cầu tổ chức tín dụng phong toả tài khoản của đối tượng thanh tra.
Thu hồi tài sản bị chiếm đoạt, chiếm giữ, sử dụng trái pháp luật hoặc bị thất thoát do hành vi trái pháp luật gây ra khi có bằng chứng, chứng cứ rõ ràng về hành vi vi phạm hoặc đối tượng thanh tra thừa nhận hành vi vi phạm của mình hoặc chủ động nộp lại tài sản đã chiếm đoạt, chiếm giữ, sử dụng trái phép.
Kiến nghị thực hiện kết luận thanh tra, trên cơ sở quy định của pháp luật về thanh tra; người quyết định thanh tra, kiến nghị đối tượng thanh tra phải thực hiện kết luận thanh tra đầy đủ, kịp thời và đúng thời hạn; đối tượng thanh tra, người đứng đầu cơ quan, tổ chức quản lý trực tiếp đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan có trách nhiệm báo cáo kết quả thực hiện kết luận thanh tra với cấp có thẩm quyền và thủ trưởng cơ quan thanh tra.
Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận thanh tra; kiểm tra việc thực hiện kết luận thanh tra, quyết định xử lý về thanh tra, người ra quyết định thanh tra quyết định kiểm tra khi có căn cứ, nội dung kiểm tra, báo cáo kết quả kiểm tra, căn cứ báo cáo kết quả kiểm tra, người ra quyết định thanh tra xử lý kết quả kiểm tra, xử lý vi phạm trong thực hiện kết luận thanh tra…