Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 405/TTg ngày 11/6/1997 về việc thành lập và phê duyệt dự án đầu tư KCN Tây Bắc Củ Chi. Theo đó, UBND TP quyết định giao đất cho Công ty Thương mại Củ Chi làm chủ đầu tư với tổng diện tích 208 ha (giảm 7,7 ha so với quyết định phê duyệt dự án đầu tư), trong đó gồm: Đất xây dựng công trình công nghiệp 149,9 ha chiếm 70,06%, đất trung tâm hành chính, dịch vụ 7,6 ha chiếm 3,46%, đất giao thông 27 ha chiếm 13%, đất cây xanh 21,2 ha chiếm 10,19%, đất công trình kỹ thuật 2,3 ha chiếm 1,1%, đất công trình giao thông 27 ha chiếm 13% và đất cây xanh 20,9ha chiếm 10,05%). Chủ đầu tư đã cho 44 nhà đầu tư thuê đất với tổng diện tích là 149,5 ha.
Qua thanh tra thấy, UBND TP, trực tiếp là Ban Quản lý các KCN TP thiếu kiểm tra, đôn đốc và xử lý kịp thời việc chủ đầu tư không thực hiện nghiêm các quy định về đầu tư xây dựng và kinh doanh kết cấu hạ tầng như: Không đầu tư xây dựng các hạng mục công trình theo quy hoạch được duyệt; đầu tư xây dựng không đồng bộ các công trình hạ tầng KCN (như: Trung tâm hành chính dịch vụ, cây xanh...) chậm 15 năm so với tiến độ đầu tư xây dựng được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, vi phạm quy định tại Điểm b, Khoản 2, Điều 14 Nghị định số 36/CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ.
Công ty Thương mại Củ Chi và Công ty Cổ phần Bia rượu nước giải khát Sài Gòn (Sabeco) đã ký Hợp đồng số 04/HĐCT ngày 01/6/2004 thuê 50 ha đất để xây dựng và vận hành nhà máy sản xuất bia, thời hạn thuê 43 năm, Sabeco đã thanh toán toàn bộ số tiền thuê là 188.390 triệu đồng. Tuy nhiên, đến thời điểm thanh tra, Sabeco mới đầu tư và sử dụng khoảng 26 ha đất, còn lại khoảng 24 ha chưa đưa vào sử dụng trong suốt thời gian hơn 9 năm nhưng không xin gia hạn thời gian sử dụng đất, vi phạm Điều 15 Nghị định số 36/CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ, gây lãng phí đất và tiền thuê đất đã thanh toán khoảng 18 tỷ đồng.
Trên cơ sở Văn bản số 128/CV-CTY ngày 15/6/2016 của Công ty Thương mại Củ Chi, ngày 31/8/2016, Ban Quản lý các KCN TP có Văn bản số 2525/BQL-P.QLDN chấp thuận cho công ty được tạm sử dụng nguồn phí duy tu tái tạo cơ sở hạ tầng đề xây dựng công trình văn phòng làm việc Cơ quan Đảng - Đoàn thể trên đất cây xanh với giá trị quyết toán là 1.943 triệu đồng. Những việc làm trên của chủ đầu tư và Ban Quản lý các KCN TP là vi phạm quy hoạch được duyệt và vi phạm quy định tại Điều 8 và 9 Quy chế Thu và Sử dụng phí duy tu, tái tạo cơ sở hạ tầng các KCN và khu chế xuất theo Quyết định số 43/2008/QĐ-BTC ngày 25/6/2008 của Bộ Tài chính.
Ngày 02/8/2010, UBND TP ban hành Quyết định số 3354/QĐ-UBND, qua đó thấy: (i) Việc không ban hành quy định quản lý quy hoạch chi tiết; không lấy ý kiến nhân dân trước khi phê duyệt quy hoạch là vi phạm các quy định tại: Điều 22; Khoản 2, Điều 29 và Điều 27 Nghị định số 08/2005/NĐ-CP ngày 24/01/2005 của Chính phủ về quản lý quy hoạch; (ii) Điều chỉnh quy hoạch giảm 7,7 ha về quy mô, diện tích, ranh giới không đúng so với Quyết định số 405/TTg ngày 11/6/1997 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và Văn bản số 479/BXD/KTQH ngày 18/10/1997 của Bộ Xây dựng; (iii) Phê duyệt mật độ xây dựng thuần vượt 10% so với Quy chuẩn xây dựng số QCXDVN 0T2008/BXD ban hành kèm theo Quyết định số 04/2008/QĐ-BXD ngày 03/4/2008 của Bộ Xây dựng tại 08 khu đất (B3, B2, Bl, A2, Al, Cl, D, C2).
Ngày 14/7/2017, Cục Thuế TP có Thông báo nộp tiền thuê đất số 8214/TB-CT về việc xác định số tiền thuê đất của Công ty Thương mại Củ Chi phải nộp đối với diện tích đất đã cho 31 doanh nghiệp thuê 919.095 m2 trước ngày 01/01/2006 trị giá 4.760 triệu đồng, thời hạn thuê từ ngày 30/12/1998 đến hết ngày 29/12/2048, trong đó, không xác định lại thời điểm, thời gian, đơn giá, vi phạm các quy định tại Khoản 1, Điều 32 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ và Khoản 9, Điều 3 Nghị định SCI 135/2016 ngày 09/9/2016 của Chính phủ về việc thực hiện nghĩa vụ tài chính đối với các KCN.
Chủ đầu tư không thực hiện đầu tư xây dựng công trình vận chuyển - xử lý chất thải nguy hại tập trung theo đúng Quyết định phê duyệt dự án số 405/TTg ngày 11/6/1997 của Thủ tướng Chính phủ, dẫn đến, các doanh nghiệp đang hoạt động trong KCN phải tự xử lý hoặc thuê các đơn vị ngoài...
Từ kết quả thanh tra nêu trên, Thanh tra Chính phủ đề nghị UBND TP có biện pháp giải quyết và xử lý đối với các đơn vị, cá nhân, doanh nghiệp có vi phạm đã được phát hiện nêu trên, trong đó, yêu cầu chủ đầu tư sớm khắc phục triệt để các vi phạm theo đúng quy định của pháp luật liên quan.