Hoạt động cấp phép, về cơ bản Sở NN&PTNT tỉnh An Giang phân cấp cho các chi cục thực hiện các thủ tục hành chính. Một số thủ tục sở giao cho các chi cục tiếp nhận, thẩm định và trình sở quyết định (hồ sơ lưu tại các chi cục).
Qua thanh tra tại 4 chi cục là Trồng trọt và Bảo vệ thực vật; Chăn nuôi và Thú y; Thuỷ sản; Quản lý chất lượng nông lâm sản và Thuỷ sản, đồng thời kiểm tra hồ sơ cấp phép tại các chi cục, cho thấy, các thủ tục hành chính được thực hiện đúng quy trình, đúng thẩm quyền và trả kết quả đúng thời gian theo quy định.
Tuy nhiên, qua kiểm tra một số hồ sơ cấp phép tại các đơn vị, đoàn thanh tra nhận thấy còn nhiều sai sót trùng lặp.
Trong 10 hồ sơ cấp phép do Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật thực hiện, gồm: Cấp quyết định công nhận cây đầu dòng; cấp, cấp lại giấy chứng nhận đủ điều kiện buôn bán phân bón; cấp, cấp lại giấy chứng nhận đủ điều kiên buôn bán thuốc bảo vệ thực vật; thông báo tiếp nhận hồ sơ công bố hợp quy phân bón; thông báo tiếp nhận hồ sơ công bố hợp quy thuốc bảo vê thực vật; thông báo tiếp nhận hồ sơ công bố hợp quy giống cây trồng; cấp giấy xác nhận nội dung quảng cáo phân bón; cấp giấy xác nhận nội dung quảng cáo thuốc bảo vệ thực vật; cấp giấy phép vận chuyển thuốc bảo vệ thực vật; cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh nông, lâm, thuỷ sản, đoàn thanh tra nhận thấy một số thành phần hồ sơ không đúng mẫu, ghi không đúng, không đầy đủ thông tin; một số hồ sơ thiếu tài liệu thành phần.
Việc một số thành phần hồ sơ không đúng mẫu, ghi không đúng, không đủ thông tin; một số hồ sơ thiếu tài liệu thành phần cũng xảy ra trong hoạt động cấp phép tại Chi cục Chăn nuôi và Thú y khi đoàn thanh tra kiểm tra 8 hồ sơ cấp phép do đơn vị này thực hiện, gồm: Cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện chăn nuôi với trang trại quy mô lớn; cấp, cấp lại giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm; cấp giấy chứng nhận sản xuất thức ăn chăn nuôi; thông báo tiếp nhận hồ sơ công bố hợp quy thức ăn chăn nuôi; cấp, cấp lại giấy chứng nhận đủ điều kiện buôn bán thuốc thú y; cấp, cấp lại giấy chứng nhận đủ điều kiện vê sinh thú y; cấp, cấp lại, gia hạn giấy chứng chỉ hành nghề thú y động vật trên cạn); cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật (trên cạn) vận chuyển ra khỏi địa bàn tỉnh.
Ngoài ra, chi cục còn chưa tổ chức kiểm tra đối với một số trang trại quy mô lớn đang hoạt động nhưng chưa có giấy chứng nhận đủ điều kiện chăn nuôi; nội dung lĩnh vực hoạt động trong một số giấy chứng nhận chưa thống nhất với đối tượng kiểm tra, chưa thể hiện rõ các nội dung trong đơn đăng ký cấp giấy chứng nhận; nội dung các biên bản kiểm tra điều kiện chưa đánh giá đúng một số chỉ tiêu.
Kiểm tra 9 hồ sơ cấp phép do Chi cục Thuỷ sản thực hiện, gồm: Thông báo tiếp nhận hồ sơ công bố hợp quy thức ăn thủy sản; cấp, cấp lại giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở nuôi trồng thủy sản; cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện buôn bán thuốc thú y thủy sản; cấp chứng chỉ hành nghề thú y - thủy sản; cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật thuỷ sản vận chuyển ra khỏi địa bàn cấp tỉnh; cấp giấy chứng nhận đăng ký tàu cá; cấp, cấp lại giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản; cấp, cấp lại giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thủy sản; cấp, cấp lại giấy xác nhận đăng ký nuôi trồng thủy sản lồng bè, đối tượng thủy sản nuôi chủ lực.
Ngoài những thiếu sót như 2 đơn vị nêu trên, thành phần hồ sơ không đúng mẫu, ghi không đúng, không đầy đủ thông tin; một số hồ sơ thiếu tài liệu thành phần, đoàn thanh tra còn phát hiện một số trường hợp cấp giấy chứng nhận kiểm dịch đối với cá tra giống nhưng chưa thực hiện lấy mẫu xét nghiệm các loại bệnh nguy hiểm.
Đoàn thanh tra đã kiểm tra hồ sơ cấp, cấp lại giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm và kiểm tra nội dung giám sát an toàn thực phẩm nông, lâm, thuỷ sản do Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản thực hiện. Những thiếu sót được chỉ ra là: Thiếu thông tin trên thành phần hồ sơ; không thẩm tra biên bản thẩm định bằng văn bản; không có báo cáo khắc phục lỗi của cơ sở được thẩm định và không có kết quả kiểm tra định kỳ; không có phương án xử lý đối với các cơ sở không thực hiện việc truy xuất nguồn gốc và thu hồi sản phẩm không đảm bảo trong công tác giám sát an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản.