Theo kết luận thanh tra, bên cạnh những mặt đạt được thì còn những hạn chế, thiếu sót tại Sở GTVT TP Cần Thơ và các đơn vị trực thuộc.
Sở GTVT thực hiện chuyển đổi vị trí công tác, kể cả công chức giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý chưa phù hợp với quy định tại Điều 24 Luật Phòng, chống tham nhũng năm 2018; kế hoạch chuyển đổi vị trí công tác chưa nêu cụ thể trường hợp phải chuyển đổi; quyền, nghĩa vụ của người được chuyển đổi theo hướng dẫn tại Điều 26 Luật Phòng, chống tham nhũng năm 2018.
Việc bàn giao kê khai tài sản, thu nhập năm 2021 còn chậm so với kế hoạch; tổ chức công khai bản kê khai tài sản, thu nhập năm 2022 chưa đúng theo quy định. Một số trường hợp thực hiện kê khai chưa đúng, người nhận bản kê khai chưa ghi họ tên, chức vụ/chức danh theo hướng dẫn tại Nghị định số 130.
Tại Văn phòng Sở, qua thanh tra xác định đơn vị xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ quy định chế độ chi tiền khoán điện thoại chưa đúng đối tượng theo điểm k, khoản 2, Điều 2 Văn bản hợp nhất số 17/VBHN-BTC ngày 4/3/2014 của Bộ Tài chính; chưa thực hiện công khai số liệu và thuyết minh tình hình thực hiện dự toán ngân sách Nhà nước định kỳ (quý, 6 tháng, năm) theo quy định.
Đối với nguồn kinh phí quản lý hành chính (chi hoạt động thường xuyên), xác định kinh phí tiết kiệm từ kinh phí dự toán tiền lương chi không hết với số tiền hơn 15 triệu đồng; chưa thực hiện trích quỹ dự phòng ổn định thu nhập theo quy định.
Năm 2021, Văn phòng Sở chi phụ cấp kiêm nhiệm quản lý dự án nhưng chưa đảm bảo thủ tục theo quy định.
Năm 2022 chi phụ cấp kiêm nhiệm quản lý dự án từ tháng 1 đến tháng 6/2022 với tổng số tiền 959.440.800 đồng chưa đảm bảo quy định do bộ phận chuyên môn tham mưu chưa đúng. Kho bạc Nhà nước Cần Thơ ban hành công văn đề nghị thu hồi khoản chi phụ cấp kiêm nhiệm ban hành quản lý dự án từ tháng 1 đến tháng 6/2022 của Sở GTVT.
Sau khi có văn bản của Kho bạc Nhà nước Cần Thơ, Sở GTVT đã không chi nội dung này từ tháng 7/2022. Đồng thời, Bộ Tài chính có Công văn số 940/BTC-ĐT ngày 22/1/2024 về việc trả lời kiến nghị cử tri đối với nội dung chi phụ cấp kiêm nhiệm quản lý dự án theo Thông tư số 108/2021/TT-BTC thì không có nội dung chi phụ cấp kiêm nhiệm quản lý dự án.
Ngoài ra, Văn phòng Sở sử dụng nguồn kinh phí quản lý dự án để chi một số nội dung có tính chất chi hoạt động thường xuyên, mua sắm, sửa chữa tài sản… chưa phù hợp quy định của Chính phủ.
Ký hợp đồng thuê lao động để thực hiện công tác quản lý dự án nhưng chưa đóng bảo hiểm xã hội cho người lao động theo quy định theo Điều 2 Luật Bảo hiểm xã hội năm 2014; chưa kê khai, khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của người lao động của luật thuế thu nhập cá nhân. Kê khai thừa phí phải nộp ngân sách Nhà nước năm 2021 số tiền hơn 374 triệu đồng. Tính đến ngày 31/12/2022, đơn vị đã nộp thừa số tiền hơn 1,347 tỷ đồng.
Tại Thanh tra Sở, chưa thực hiện trích lập quỹ dự phòng ổn định thu nhập theo quy định tại điểm b, khoản 7, Điều 3 Thông tư liên tịch số 71/2014/TTLT-BTC-BNV ngày 30/5/2014 của Bộ Nội vụ, Bộ Tài chính quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan Nhà nước.
Chưa thực hiện khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (10%) khi trả tiền công, tiền thù lao cho cá nhân (là người không có đăng ký kinh doanh, không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới 3 tháng).
Thực hiện mua sắm đối với 2 gói thầu (gói thầu in tờ rơi tuyên truyền Luật Giao thông đường bộ, đường thủy và gói thầu mua đồng phục áo mưa phản quang) thuộc dự toán mua sắm thường xuyên bằng hình thức chỉ định thầu, nhưng thiếu biên bản thương thảo hợp đồng; không thực hiện công khai tin kết quả lựa chọn nhà thầu trên hệ thống mạng đấu thầu quốc gia, báo đấu thầu theo quy định.
Đối với Cảng vụ đường thủy nội địa, năm 2020, 2021, đơn vị thực hiện lập dự toán mua sắm trang phục ngành cho viên chức, người lao động dưới 100 triệu đồng để thực hiện mua sắm theo hình thức chỉ định thầu, không thực hiện mua sắm bằng hình thức đấu thầu; chưa công khai kế hoạch lựa chọn nhà thầu, kết quả lựa chọn nhà thầu theo quy định.
Qua kết quả thanh tra, Chánh Thanh tra TP kiến nghị Sở GTVT tiếp tục phát huy những kết quả đã đạt được, nâng cao hơn nữa trách nhiệm của người đứng đầu trong công tác đấu tranh phòng, chống tham nhũng, tiêu cực.
Đề nghị Giám đốc Sở GTVT chỉ đạo tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với cá nhân có liên quan để xảy ra những hạn chế, thiếu sót nêu trên.
Về kinh tế, đề nghị Sở GTVT nộp vào tài khoản tạm giữ của Thanh tra TP số tiền 959.440.800 đồng do chi phụ cấp kiêm nhiệm quản lý dự án từ tháng 1 đến tháng 6 năm 2022 không đúng quy định.
Chánh Thanh tra TP Cần Thơ kiến nghị Chủ tịch UBND TP chỉ đạo Giám đốc Sở GTVT tổ chức thực hiện nghiêm các kiến nghị qua kết quả thanh tra.