Theo quyết định này, Thanh tra Bộ Y tế là cơ quan thuộc Bộ Y tế, giúp Bộ trưởng quản lý Nhà nước về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo thẩm quyền; thực hiện nhiệm vụ thanh tra hành chính đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc thẩm quyền quản lý của bộ; thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ Y tế theo quy định của Bộ trưởng, bảo đảm không chồng chéo với chức năng, nhiệm vụ của cơ quan khác thuộc bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành; thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo quy định của pháp luật.
Thanh tra Bộ Y tế chịu sự quản lý, chỉ đạo, điều hành của Bộ trưởng Bộ Y tế và chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn nghiệp vụ về công tác của Thanh tra Chính phủ.
Cơ cấu tổ chức của Thanh tra Bộ Y tế gồm: Chánh Thanh tra Bộ, các phó chánh thanh tra, thanh tra viên và các công chức khác.
Về các phòng chức năng, gồm: Phòng Thanh tra Y tế dự phòng; Phòng Thanh tra Khám chữa bệnh, Bảo hiểm Y tế và Dân số; Phòng Thanh tra Dược, Mỹ phẩm và Trang thiết bị Y tế; Phòng Thanh tra Hành chính, phòng, chống tham nhũng và tiếp dân, giải quyết đơn thư; Phòng Tổng hợp và Xử lý sau thanh tra.
Thanh tra Bộ Y tế thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn cụ thể: Giúp Bộ trưởng Bộ Y tế quản lý Nhà nước về công tác thanh tra thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của bộ, trong đó, chủ trì hoặc tham gia xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật, các quy chế thanh tra trong lĩnh vực quản lý Nhà nước của Bộ Y tế, trình các cấp có thẩm quyền phê duyệt. Xây dựng, trình Bộ trưởng ban hành và hướng dẫn, đôn đốc việc thực hiện quy định về tổ chức, hoạt động thanh tra thuộc thẩm quyền quản lý Nhà nước của Bộ Y tế.
Hướng dẫn nghiệp vụ thanh tra đối với cơ quan khác thuộc Bộ Y tế được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành và thanh tra sở y tế; tuyên truyền, hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý của bộ thực hiện quy định của pháp luật về thanh tra.
Xây dựng dự thảo kế hoạch thanh tra của Bộ Y tế, hướng dẫn xây dựng dự thảo kế hoạch thanh tra của cơ quan khác thuộc bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành để tổng hợp, xây dựng kế hoạch thanh tra của Bộ Y tế, trình Bộ trưởng ban hành và đôn đốc, theo dõi, tổ chức thực hiện.
Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kế hoạch thanh tra của cơ quan khác thuộc bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành. Kiểm tra tính chính xác, hợp pháp kết luận thanh tra của cơ quan khác thuộc Bộ Y tế được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành và quyết định xử lý sau thanh tra của chủ tịch UBND cấp tỉnh đối với vụ việc thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ Y tế khi cần thiết. Đồng thời, theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiên kết luận thanh tra, quyết định xử lý về thanh tra của Thanh tra Bộ, Bộ trưởng Bộ Y tế và của thủ trưởng cơ quan quản lý Nhà nước cùng cấp.
Về tổ chức thực hiện hoạt động thanh tra: Đối với thanh tra hành chính, Thanh tra Bộ Y tế có nhiệm vụ thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật và nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý của bộ; thanh tra đối với doanh nghiệp Nhà nước do Bộ trưởng Bộ Y tế quyết định thành lập theo quy định của pháp luật.
Thanh tra chuyên ngành thực hiện thanh tra việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên môn - kỹ thuật, quản lý của cơ quan, tổ chức, đơn vị và cá nhân trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ Y tế, trừ lĩnh vực được phân cấp cho cơ quan khác thuộc bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thực hiện.
Quyết định của Bộ Y tế cũng quy định rõ, Thanh tra Bộ Y tế có nhiệm vụ thanh tra lại vụ việc đã có kết luận của cơ quan khác thuộc bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, các vụ việc thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ Y tế đã có kết luận của thanh tra sở y tế, nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật qua xem xét, xử lý khiếu nại, tố cáo, kiến nghị, phản ánh.
Trưng tập công chức, viên chức của cơ quan, đơn vị có liên quan tham gia hoạt động thanh tra theo quy định của pháp luật. Trưng cầu giám định về vấn đề liên quan đến nội dung thanh tra.
Ngoài ra, Thanh tra Bộ Y tế thực hiện việc xử phạt vi phạm hành chính hoặc kiến nghị người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính. Đồng thời, thanh tra vụ việc có nội dung có liên quan đến nhiều lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của bộ.
Xử lý chồng chéo, trùng lặp giữa các hoạt động của các cơ quan thanh tra theo quy định của pháp luật. Thanh tra vụ việc khác khi được Bộ trưởng Bộ Y tế giao.
Về công tác tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực, quyết định nêu rõ, Thanh tra Bộ Y tế có nhiệm vụ giúp Bộ trưởng Bộ Y tế thực hiện quản lý Nhà nước về công tác tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo; thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn trong công tác tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của pháp luật.
Giúp Bộ trưởng Bộ Y tế thực hiện quản lý Nhà nước về công tác phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn trong công tác phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, Thanh tra Bộ Y tế có nhiệm vụ tổng hợp báo cáo Bộ trưởng và Tổng Thanh tra Chính phủ về công tác thanh tra, tiếp công dân, xử lý đơn, thư, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng, tiêu cực thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của bộ theo quy định của pháp luật.
Thực hiện nhiệm vụ khác được Bộ trưởng Bộ Y tế giao và các nhiệm vụ, quyền hạn khác trong hoạt động thanh tra theo quy định của pháp luật.