Theo tìm hiểu của phóng viên Báo Thanh tra, diện tích 93.018m2 đất do Công ty CP TM và SX Hoàng Gia đang sử dụng có nguồn gốc là đất chuyên dùng (đất thùng hố sản xuất vật liệu xây dựng) nằm ngoài bãi sông Hồng, tương ứng với vị trí K101+050 trên tuyến đê Hữu Hồng, do UBND xã Thống Nhất và UBND xã Vạn Điểm quản lý.
Năm 2008, UBND tỉnh Hà Tây (cũ) có quyết định cho Công ty CP TM và SX Hoàng Gia thuê 93.018m2 đất để thực hiện dự án đầu tư xây dựng và kinh doanh cảng Vạn Điểm, gồm: Diện tích đất tại xã Thống Nhất 51.038m2; diện tích đất tại xã Vạn Điểm 41.980m2. Thời hạn thuê đất đến hết ngày 4/7/2058, cấp giấy chứng nhận đầu tư thực hiện các hoạt động cầu cảng, bốc xếp kinh doanh cảng, vận tải sông, kinh doanh vật liệu xây dựng và chất đốt, dịch vụ kho bãi chứa hàng,…
UBND tỉnh Hà Tây cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho công ty. Tuy nhiên, do vướng mắc về quy hoạch nên dự án xây dựng cảng Vạn Điểm chưa được thực hiện. Công ty CP TM và SX Hoàng Gia đã sử dụng khu đất nêu trên để chứa vật liệu xây dựng, chất đốt, xây dựng công trình (mố cầu, nhà cấp 4) khi chưa được UBND thành phố cấp giấy phép, vi phạm quy định pháp luật.
Quá trình vi phạm và xử lý vi phạm, Hạt Quản lý đê huyện Thường Tín đã phối hợp với UBND xã Vạn Điểm, UBND xã Thống Nhất lập 15 biên bản, từ tháng 6/2009 đến 5/2019, ban hành quyết định tạm đình chỉ và gửi UBND xã Thống Nhất, UBND xã Vạn Điểm, UBND huyện Thường Tín, Chi cục Đê điều và Phòng chống lụt bão, đề nghị xử lý vi phạm của Công ty CP TM và SX Hoàng Gia.
UBND xã Thống Nhất phối hợp với Hạt Quản lý đê huyện Thường Tín lập 7 biên bản vi phạm đê điều đối với Công ty CP TM và SX Hoàng Gia. Ngày 28/11/2011, UBND xã Thống Nhất có Văn bản số 32/BC-UBND báo cáo, đề nghị UBND huyện ban hành quyết định xử phạt hành chính và xử lý cưỡng chế phá dỡ đối với Công ty CP TM và SX Hoàng Gia về hành vi: Lập bến chứa, kinh doanh cát, sỏi.
Từ năm 2009 đến năm 2017, UBND xã Vạn Điểm phối hợp với Hạt Quản lý đê Thường Tín lập 3 biên bản vi phạm và biên bản kiểm tra việc chấp hành pháp luật về đê điều đối với Công ty CP TM và SX Hoàng Gia.
Về việc xử lý vi phạm của UBND huyện Thường Tín, ngày 6/12/2010, Chủ tịch UBND huyện Thường Tín có Quyết định số 3116/QĐ-UBND xử phạt đối với Công ty CP TM và SX Hoàng Gia về hành vi vi phạm hành chính về đê điều.
Ngày 1/12/2011, Chủ tịch UBND huyện Thường Tín có Quyết định số 3012/ĐC-CC cưỡng chế thực hiện quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty CP TM và SX Hoàng Gia.
Ngày 13/6/2016, Thanh tra Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn kiểm tra và có Quyết định số 36/QĐ-XPHC xử phạt vi phạm hành chính về đê điều đối với Công ty CP TM và SX Hoàng Gia về hành vi để vật liệu cát, than trên bãi sông, đê hữu sông Hồng, không có giấy phép của cơ quan có thẩm quyền cấp. Công ty này đã nộp phạt.
Năm 2017 - 5/2019, Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn có các văn bản đề nghị UBND huyện Thường Tín xử lý dứt điểm các trường hợp vi phạm pháp luật đê điều làm ảnh hưởng an toàn đê và gây cản trở dông chảy, thoát lũ của tuyến sông.
Ngày 24/7/2019, Thanh tra Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thanh tra việc chấp hành pháp luật đê điều đối với các hoạt động liên quan đến đê điều trên bãi sông của Công ty CP TM và SX Hoàng Gia và có Quyết định số 610/QĐ-XPHC ngày 2/8/2019 xử phạt do tập kết vật liệu xây dựng ngoài bãi sông, vi phạm Luật Đê điều.
Tuy nhiên, tại thời điểm kiểm tra, khu đất của Công ty CP TM và SX Hoàng Gia đang thuê, hiện có nhà, tường gạch 110mm, lợp mái tôn, tổng diện tích 584m2; có 2 mố cầu; cát đen khoảng 50.000m3; cát vàng khoảng 5.000m3; than bùn khoảng 900m3.