Một số văn bản hướng dẫn thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia còn bất cập, hạn chế gây khó khăn, vướng mắc cho các địa phương trong tổ chức, triển khai thực hiện (như: Thông tư số 96/2021/TT-BTC, Thông tư số 53/2022/TT-BTC; Thông tư số 46/2022/TT-BTC, Thông tư số 17/2022/TT- BLĐTBXH), từ đó, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị các bộ, ngành có liên quan kiểm tra, rà soát các văn bản chỉ đạo, hướng dẫn thực hiện chương trình để kịp thời xem xét sửa đổi, điều chỉnh những vướng mắc và bổ sung quy định nhằm đảm bảo thống nhất, phù hợp với điều kiện thực tế của từng địa phương (vùng, miền), phát huy hiệu quả của các chính sách.
Qua kiểm toán Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng tại trung ương, địa phương, Kiểm toán Nhà nước cũng đã chỉ ra một số bất cập, hạn chế đối với các văn bản hướng dẫn như: (i) Nghị định số 156/2018/NĐ-CP chưa quy định cụ thể về thẩm quyền chuyển mục đích sử dụng rừng đặc dụng sang rừng khác; chi trả tiền dịch vụ môi trường rừng theo nhiều lưu vực, nhiều đơn giá và đơn giá chênh lệch cao giữa các khu vực; chưa hướng dẫn cụ thể về thời gian điều phối tiền dịch vụ môi trường rừng cho quỹ địa phương, cách tính định mức việc điều tiết cho các diện tích rừng có mức chi trả trên 01 ha từ nguồn tiền không xác định hoặc chưa xác định đối tượng nhận tiền; chưa quy định cơ sở nuôi trồng thủy sản, các hợp tác xã phải trả dịch vụ môi trường rừng theo quy định; (ii) Nghị định số 35/2019/NĐ-CP chưa quy định xử phạt đối với hành vi chậm nộp tiền trồng rừng thay thế...
Việc quản lý, sử dụng kinh phí đầu tư cho lĩnh vực khoa học, công nghệ còn bất cập, thiếu đồng bộ trong ban hành hướng dẫn, một số văn bản pháp luật chậm được sửa đổi, đề xuất sửa đổi hoặc ban hành mới, dẫn đến khó khăn trong việc triển khai thực hiện như: Chưa có quy định về khung số lượng các nhiệm vụ khoa học công nghệ và tổng mức kinh phí của từng chương trình cấp quốc gia; chưa có cơ chế khuyến khích thúc đẩy các tổ chức, cá nhân đề xuất ý tưởng khoa học, nhiệm vụ khoa học công nghệ theo quy định của Luật Khoa học Công nghệ; cơ chế, chính sách về phát triển thị trường khoa học công nghệ chưa có quy định về đấu giá tài sản là kết quả nghiên cứu, tài sản trí tuệ và cơ chế để bảo vệ quyền lợi cho các tổ chức nghiên cứu công lập sở hữu các kết quả nghiên cứu, tài sản trí tuệ; chưa quy định về việc tổ chức bán tài sản, thẩm định, định giá trong đó quy định cụ thể về hình thức bán phần sở hữu của Nhà nước cho tổ chức, cá nhân chủ trì hoặc tổ chức, cá nhân khác, giao quyền sử dụng tài sản thuộc về Nhà nước và hoàn trả giá trị tài sản thông qua việc thương mại hóa kết quả nhiệm vụ khoa học công nghệ; Quỹ Phát triển Khoa học Công nghệ quốc gia giai đoạn 2016-2020 không thực hiện được chức năng cho vay, bảo lãnh vốn vay do bất cập về địa vị pháp lý là đơn vị sự nghiệp theo quy định tại Nghị định số 23/2014/NĐ-CP.
Qua kết quả kiểm toán nêu trên, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ, cơ quan trung ương, địa phương, đơn vị được kiểm toán thực hiện rà soát để hủy bỏ hoặc thay thế, sửa đổi, bổ sung, ban hành mới một số nội dung không phù hợp với quy định pháp luật hoặc chưa phù hợp với thực tiễn của 198 văn bản gồm 01 luật; 08 nghị định; 05 quyết định Thủ tướng Chính phủ; 27 thông tư và 157 văn bản khác. Kiểm điểm, xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân đối với các khuyết điểm và sai phạm đã nêu trong báo cáo kiểm toán của từng cuộc kiểm toán thực hiện trong năm 2023.
Kiểm toán Nhà nước kiến nghị Quốc hội ban hành nghị quyết chỉ đạo các đơn vị thực hiện đầy đủ, kịp thời các kết luận, kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước.