Còn hạn chế trong tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia
Sự phối hợp giữa các bộ, cơ quan Trung ương, giữa các cơ quan Trung ương và địa phương trong quá trình xây dựng cơ chế, chính sách và tổ chức thực hiện còn chưa chặt chẽ dẫn đến một số cơ chế, chính sách chưa đồng bộ, thống nhất giữa các chương trình.
Việc phân bổ nguồn vốn chưa phù hợp trình tự, thủ tục, chưa chi tiết danh mục dự án, trình phân bổ kế hoạch vốn còn chậm; một số địa phương chưa bố trí hoặc bố trí thiếu vốn đối ứng thực hiện Chương trình; phân bổ vốn đầu tư, vốn sự nghiệp chưa đúng quy định; phân bổ sai đối tượng quy định; phân bổ, giao dự toán chậm, chưa phân bổ, giao hết số vốn Trung ương hoặc UBND tỉnh giao theo quy định. Chưa ban hành cơ chế lồng ghép nguồn vốn giữa các chương trình mục tiêu và các chương trình, dự án khác trên địa bàn theo quy định. Công tác kiểm tra, giám sát thực hiện chương trình còn hạn chế.
Việc đầu tư mua sắm, thuê dịch vụ còn không ít tồn tại
Kiểm toán chuyên đề việc đầu tư mua sắm, ứng dụng phần mềm công nghệ thông tin, các hoạt động thuê dịch vụ công nghệ thông tin giai đoạn 2020-2022, cho thấy, còn tình trạng hệ thống cơ chế, chính sách, quy định chưa được thiết lập đầy đủ và đồng bộ; thiếu cơ sở dữ liệu dự án công nghệ thông tin quy định tại Nghị định số 64/2007/NĐ-CP để các đơn vị tham khảo xây dựng dự toán và đo lường hiệu quả đầu tư; các bộ, ngành, địa phương phê duyệt Kế hoạch ứng dụng công nghệ thông tin giai đoạn 2021-2025 khi chưa được ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ theo quy định tại Nghị định số 64/2007/NĐ-CP, một số đơn vị ban hành kế hoạch chậm, chưa hoàn thành kế hoạch, nhiệm vụ được giao; hoạt động đầu tư, mua sắm phần mềm, thuê dịch vụ và ứng dụng công nghệ thông tin qua kiểm toán vẫn còn không ít tồn tại.
Đầu tư cho lĩnh vực khoa học công nghệ còn thấp
Kiểm toán chuyên đề về việc quản lý, sử dụng kinh phí đầu tư cho lĩnh vực khoa học công nghệ giai đoạn 2020-2022, cho thấy, kinh phí đầu tư từ ngân sách Nhà nước cho khoa học và công nghệ trong giai đoạn 2020-2022 không đạt tỉ lệ tối thiểu 2% tổng chi ngân sách Nhà nước theo yêu cầu của Nghị quyết số 20-NQ/TW và Luật Khoa học và Công nghệ.
Tại Bộ Khoa học và Công nghệ, việc lập dự toán đối với đề tài/dự án chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt; giao dự toán không phù hợp với tiến độ thực hiện dẫn đến nhiều nhiệm vụ không giải ngân, không có khối lượng hoàn thành, dư kinh phí qua các năm gây lãng phí nguồn lực ngân sách Nhà nước; việc lập, phân bổ, giao nguồn kinh phí chi sự nghiệp khoa học công nghệ cho dự án tăng cường năng lực nghiên cứu khoa học công nghệ không đúng với quy định tại Điều 4 Nghị định số 95/2014/NĐ-CP ngày 17/10/2014 của Chính phủ quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ; phê duyệt đề tài/dự án khi chưa đủ căn cứ và cơ sở triển khai thực hiện (tổ chức chủ trì không đủ năng lực theo đúng quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 6 Thông tư số 07/2016/TT-BKHCN ngày 22/04/2016 của Bộ Khoa học và Công nghệ và quy trình không đủ điều kiện chuyển giao công nghệ theo quy định tại Thông tư số 07/2016/TT-BKHCN); phê duyệt tiền công nghiên cứu chưa đồng nhất và vượt định mức trong một chương trình đổi mới công nghệ.
Số dư bình quân xét chuyển năm sau chiếm tỷ trọng 36,3% (4.350,42 tỷ đồng/11.989,66 tỷ đồng) so với dự toán giao bình quân giai đoạn 2020 - 2022 do công tác chuyển số dư chưa phù hợp quy định Luật Ngân sách Nhà nước và các quy định hướng dẫn.
Tại một số phòng thí nghiệm trọng điểm (PTNTĐ) đặt tại các bộ, cơ quan Trung ương còn chưa thực hiện tuân thủ trách nhiệm trong việc quản lý, chấp hành chế độ báo cáo; chưa được tổ chức, kiện toàn phù hợp với mục tiêu, cơ cấu, chức năng quản lý theo đúng các quy định đã ban hành; thời gian đầu tư kéo dài đa phần các thiết bị của PTNTĐ đã hết hao mòn, hoặc đã hỏng, tuy nhiên chưa được sửa chữa nâng cấp dẫn đến hiệu quả sử dụng thấp; các tài sản thuộc PTNTĐ hiện được quản lý và sử dụng thực hiện các nhiệm vụ theo chức năng của các đơn vị được giao chủ trì nên như vậy, việc quản lý và vận hành PTNTĐ chưa phù hợp với mục đích đầu tư, mua sắm theo Đề án xây dựng các PTNTĐ được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 850/QĐ-TTg ngày 07/9/2000.
Quản lý, sử dụng các quỹ tài chính ngoài ngân sách còn nhiều tồn tại
Qua kiểm toán chuyên đề việc quản lý, sử dụng các quỹ tài chính ngoài ngân sách do địa phương quản lý giai đoạn 2020-2022, cho thấy, tại một số địa phương còn có những tồn tại: Còn tình trạng vốn điều lệ không đảm bảo hoặc bổ sung vốn điều lệ chưa đảm bảo quy định (Quỹ Hỗ trợ nông dân; Quỹ Đầu tư phát triển); chưa ban hành mức chi, nội dung chi cho các đối tượng theo quy định (Quỹ Phòng chống thiên tai); quỹ cho vay chưa đúng đối tượng, chưa đủ điều kiện, cho vay vốn vượt nhu cầu, không có tài sản đảm bảo vốn vay (Quỹ Đầu tư phát triển tại một số địa phương); ứng vốn cho các dự án không đúng đối tượng, không phù hợp quy định (Quỹ Phát triển đất); tài trợ vốn cho tổ chức thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu khoa học không đúng đối tượng (Quỹ Phát triển Khoa học và Công nghệ)...
Những vấn đề trong quản lý, sử dụng Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng
Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng (BVPTR) Việt Nam và các địa phương lập kế hoạch thu, chi tiền dịch vụ môi trường rừng (DVMTR) còn chậm; chưa rà soát, xác định hoặc xác định không đúng các tổ chức thuộc đối tượng phải trả tiền DVMTR để bổ sung nguồn thu theo quy định; chưa có biện pháp để thu hút nguồn thu viện trợ, tài trợ, các địa phương còn đối tượng chưa kê khai, chậm nộp hoặc chưa nộp tiền DVMTR; quản lý chi còn để tồn dư nguồn kinh phí DVMTR lớn trong khi chưa có giải pháp triệt để để chi trả cho các đối tượng phục vụ hoạt động bảo vệ rừng theo quy định; việc thực hiện chi trả tiền DVMTR của Quỹ BVPTR và một số chủ rừng tại các địa phương còn sai sót. Việc thực hiện trồng rừng thay thế (TRTT) đối với diện tích đất rừng đã được chuyển đổi mục đích sử dụng sang mục đích khác còn hạn chế: Kinh phí trồng rừng thay thế tại các địa phương còn tồn lớn trong khi còn diện tích rừng chưa được trồng theo phương án; các địa phương không kịp thời báo cáo Bộ Nông nghiẹp và Phát triển nông thôn để tổ chức lựa chọn địa phương khác thực hiện TRTT theo quy định; một số dự án chưa trồng đủ diện tích rừng và còn nợ tiền TRTT phải nộp; đơn giá TRTT tại các địa phương còn sai sót; công tác lập, thẩm định, phê duyệt phương án, dự toán và hồ sơ nghiệm thu, thanh toán TRTT còn sai sót.
Còn trường hợp chuyển mục đích sử dụng đất, cho thuê toàn bộ diện tích đất rừng, bao gồm cả diện tích đất rừng khi chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền TRTT; quyết định chủ trương chuyển mục đích sử dụng đất rừng phòng hộ sang mục đích khác để khai thác khoáng sản thuộc khu vực cấm khai thác khoáng sản trước khi được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Hoạt động quản lý môi trường chưa đầy đủ, kịp thời
Kết quả kiểm toán môi trường cho thấy, công tác ban hành văn bản liên quan đến hoạt động quản lý môi trường chưa đầy đủ, kịp thời, chưa phù hợp; một số địa phương/đơn vị chưa thực hiện đầy đủ chức năng, nhiệm vụ được giao.
Một số khu công nghiệp, cụm công nghiệp, làng nghề đã hoạt động nhưng chưa lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động, liên tục và truyền dữ liệu về Sở Tài nguyên và Môi trường, chưa có đánh giá tác động môi trường, chưa có đầy đủ hồ sơ môi trường, đề án bảo vệ môi trường, chưa được phê duyệt phương án bảo vệ môi trường, chưa được cấp giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường, chưa có hệ thống nước thải tập trung hoặc đã có nhưng chưa đáp ứng yêu cầu hạ tầng kỹ thuật bảo vệ môi trường, thực hiện không đúng hoặc không đầy đủ theo báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt, vận hành nhà máy xử lý nước thải tập trung nhưng không có giấy phép xả nước thải, có diện tích và địa điểm chưa đúng với quy hoạch; cụm công nghiệp đã hoàn thành từ nhiều năm nhưng chưa đi vào hoạt động. Bên cạnh đó, một số doanh nghiệp, cơ sở y tế tại một số địa phương chưa thực hiện đánh giá tác động môi trường, chưa có đầy đủ hồ sơ môi trường, đề án bảo vệ môi trường, giấy phép môi trường, thực hiện không đúng hoặc không đầy đủ theo báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt.
Tại một số địa phương có trường hợp tiếp nhận dự án đầu tư khi chưa đủ điều kiện về môi trường; thu gom, vận chuyển xử lý rác y tế lây nhiễm không đúng mô hình được phê duyệt; chưa xử lý dứt điểm các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng; chưa thực hiện đúng các yêu cầu về đấu thầu và ký kết hợp đồng đặt hàng hoạt động xử lý rác thải; xử lý rác thải nguy hại nhưng chưa được cấp phép.