Sau khi được UBND TP đồng ý cho thuê 18.701m2 đất để thực hiện dự án xây dựng Trung tâm Giới thiệu sản phẩm ngành nghề truyền thống và Dịch vụ kinh tế hợp tác, HTX theo Quyết định số 5514/QĐ-UBND ngày 28/11/2012, Liên minh HTX Việt Nam đã xây dựng công trình tòa nhà 6 tầng với diện tích 2.329m2 và sân, đường nội bộ với tổng diện tích khoảng 9.000m2. (UBND quận Nam Từ Liêm cấp Giấy phép xây dựng số 394/GPXD-UBND ngày 09/09/2014).
Báo cáo Kết luận số 1873/BC- TTCP ngày 25/7/2017 của Thanh tra Chính phủ về kết quả xác minh nội dung khiếu nại của ông Nguyễn Huy Minh và một số công dân trú tại tổ 5, phường Mỹ Đình 1, quận Nam Từ Liêm, đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ: Quyết định chủ trương đầu tư của Liên minh HTX Việt Nam trên cơ sở nhu cầu thực tế về sử dụng đất của Liên minh HTX Việt Nam, khả năng nguồn vốn đầu tư để xem xét tính khả thi của dự án đối với phần diện tích 10.217m2 (quy hoạch cao 21 tầng), đảm bảo việc sử dụng đất có hiệu quả; đồng thời xem xét xử lý phần diện tích khoảng 9.000m2, trong đó có 2.300m2 đất xây dựng (đã xây dựng khối nhà 6 tầng) do vi phạm Luật Đất đai.
Ngày 17/01/2020, Văn phòng Chính phủ có Thông báo số 23/TB-VPCP về ý kiến kết luận của Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình, trong đó giao UBND TP thu hồi diện tích đất đã xây dựng tòa nhà 06 tầng do Liên minh HTX Việt Nam cho thuê đất không đúng quy định để đấu giá quyền sử dụng đất công khai, minh bạch, đúng quy định của pháp luật. Về tài sản gắn liền với đất (tòa nhà 6 tầng), người trúng đấu giá quyền sử dụng đất làm việc với Liên minh HTX Việt Nam và Công ty Cổ phần Lexus Thăng Long để xử lý giá trị tài sản trên đất, không phát sinh tranh chấp, khiếu nại phức tạp, kéo dài; khuyến khích Công ty Cổ phần Lexus Thăng Long tham gia đấu giá, công ty được ưu tiên theo đúng quy định của pháp luật.
Ngày 21/7/2020, UBND TP có Quyết định số 3212/QĐ-UBND về việc thu hồi 9.801,6m2 đất tại phường Mỹ Đình 1, quận Nam Từ Liêm do Liên minh HTX Việt Nam cho thuê không đúng quy định; giao Trung tâm Phát triển quỹ đất Hà Nội để đấu giá quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất.
Ngày 13/10/2020, Sở Tài nguyên và Môi trường đã bàn giao mốc giới trên bản đồ và ngoài thực địa khu đất thu hồi cho Trung tâm Phát triển quỹ đất Hà Nội. Tuy nhiên, tài sản trên đất chưa được di dời.
Ngày 11/3/2021, Trung tâm Phát triển quỹ đất Hà Nội có Văn bản số 78/TTPTQĐ-QLPTQĐ đề nghị Liên minh HTX Việt Nam di dời toàn bộ tài sản trong phạm vi ô đất để tiếp nhận nhưng đến nay đơn vị chưa thực hiện.
Lý giải về những vướng mắc trong quá trình thực hiện Thông báo số 23/TB-VPCP ngày 17/01/2020 của Văn phòng Chính phủ về xử lý tài sản trên đất, Văn bản số 666/UBND-TNMT của UBND TP Hà Nội cho rằng đó là do các quy định tại khoản 4 Điều 18 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý Thuế và Khoản 7 Điều 1 Quyết định số 24/2022/QĐ-UBND ngày 03/06/2022 của UBND TP sửa đổi, bổ sung một số điều của bản quy định ban hành kèm theo Quyết định số 27/2020/QĐ-UBND ngày 18/11/2020 của UBND TP quy định về đấu giá quyền sử dụng đất để giao đất hoặc cho thuê đất trên địa bàn Hà Nội. Khi đó, trường hợp người trúng đấu giá đã nộp tiền sử dụng đất theo thông báo của cơ quan thuế nhưng không thỏa thuận được giá trị tài sản hoàn trả đối với tòa nhà 06 tầng sẽ dẫn đến tranh chấp giữa 3 bên (Nhà nước, Công ty Cổ phần Lexus Thăng Long và người trúng đấu giá quyền sử dụng đất).
Mặt khác, theo quy định tại Điều 53 và Khoản 1 Điều 119 Luật Đất đai, khu đất Liên minh HTX Việt Nam cho thuê không đúng quy định có tòa nhà 06 tầng do Công ty Cổ phần Lexus Thăng Long đang sử dụng, chưa di dời tài sản trên đất; tài sản gắn liền với đất không thuộc sở hữu của Nhà nước. Do đó khu đất chưa đủ điều kiện để tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất.
Văn bản số 666/UBND-TNMT của UBND TP Hà Nội xác nhận, hiện tại, trên đất có tòa nhà 06 tầng do Công ty Cổ phần Lexus Thăng Long đang sử dụng, tầng 1 làm phòng trưng bày ô tô, các tầng trên là văn phòng làm việc, các phía của tòa nhà là sân.
Vì vậy, UBND TP Hà Nội đề nghị Liên minh HTX Việt Nam phối hợp với Công ty Cổ phần Lexus Thăng Long lập phương án xử lý phần tài sản trên đất hoặc di chuyển tài sản trên đất (công trình 6 tầng được UBND quận Nam Từ Liêm cấp Giấy phép xây dựng số 394/GPXD- UBND ngày 09/09/2014) bàn giao đất cho Trung tâm Phát triển quỹ đất Hà Nội để đảm bảo điều kiện thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất theo Điều 119 Luật Đất đai năm 2013; phương án gửi về UBND TP Hà Nội trước ngày 20/3/2024 (qua Sở Tài nguyên và Môi trường để tổng hợp).