Thông tư gồm 6 chương, 21 điều quy định việc xây dựng, phê duyệt định hướng chương trình thanh tra; xây dựng, ban hành kế hoạch thanh tra hằng năm của các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra theo quy định tại Điều 9 Luật Thanh tra; xử lý chồng chéo, trùng lặp, điều chỉnh kế hoạch thanh tra; theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc xây dựng và thực hiện kế hoạch thanh tra.
Tại Chương I, xây dựng định hướng chương trình thanh tra, theo Thông tư, căn cứ để xây dựng định hướng chương trình thanh tra gồm nghị quyết, chỉ thị, kết luận, văn bản lãnh đạo, chỉ đạo của Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; nghị quyết của Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội về kinh tế, xã hội, quốc phòng, an ninh, đối ngoại; nghị quyết, đề án, chương trình, mục tiêu của Chính phủ về kinh tế - xã hội, quốc phòng, an ninh, đối ngoại; quyết định, chỉ thị, văn bản chỉ đạo, điều hành của Thủ tướng Chính phủ; quyết định, chỉ thị, văn bản chỉ đạo, điều hành của bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ; nghị quyết của hội đồng nhân dân, quyết định của UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về kinh tế - xã hội, quốc phòng, an ninh, đối ngoại; yêu cầu của việc phòng ngừa, phát hiện, xử lý vi phạm pháp luật; yêu cầu nhiệm vụ công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực và các căn cứ khác theo quy định của pháp luật.
Việc thu thập thông tin, tài liệu để xây dựng định hướng chương trình thanh tra được tiến hành hằng năm, do đơn vị được Tổng Thanh tra Chính phủ giao chủ trì thực hiện. Thông tin, tài liệu thu thập gồm các thông tin, tài liệu quy định tại Điều 3 của thông tư này; quy định về chuyên môn - kỹ thuật, quy tắc quản lý ngành, lĩnh vực; văn bản quản lý, chỉ đạo, điều hành và các thông tin, tài liệu liên quan đến việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của bộ, ngành, địa phương; tình hình, kết quả công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, điều tra, giám sát của các cơ quan chức năng; tình hình, kết quả công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; các vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật được đăng tải trên các phương tiện thông tin đại chúng; báo cáo kết quả thu thập thông tin, tài liệu của đơn vị chủ trì (nếu có); các thông tin, tài liệu khác theo quy định của pháp luật.
Việc thu thập các thông tin, tài liệu quy định tại khoản 2 Điều 4 được thực hiện theo quy định của pháp luật.
Về nội dung định hướng chương trình thanh tra, thông tư quy định gồm các nội dung mục đích, yêu cầu; nhiệm vụ chủ yếu; tổ chức thực hiện. Định hướng chương trình thanh tra xác định phương hướng và trọng tâm hoạt động thanh tra trong một năm của các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra nhằm đáp ứng yêu cầu quản lý, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ, thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, chủ tịch UBND cấp tỉnh trong hoạt động thanh tra.
Hằng năm, đơn vị chủ trì thu thập thông tin, tài liệu nêu tại khoản 2 Điều 4 của thông tư này; yêu cầu các vụ, cục, đơn vị thuộc Thanh tra Chính phủ và thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ, Thanh tra Bảo hiểm xã hội Việt Nam, thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cung cấp thông tin, tài liệu và báo cáo đề xuất xây dựng định hướng chương trình thanh tra. Khi thấy cần thiết, đơn vị chủ trì làm việc trực tiếp với thanh tra các bộ, ngành, địa phương để thu thập thêm thông tin hoặc làm rõ nội dung đề xuất xây dựng Định hướng chương trình thanh tra.
Căn cứ thông tin, tài liệu thu thập và báo cáo đề xuất xây dựng định hướng chương trình thanh tra được nêu tại khoản 1 Điều 6, đơn vị chủ trì xây dựng dự thảo định hướng chương trình thanh tra; lấy ý kiến của các vụ, cục, đơn vị thuộc Thanh tra Chính phủ và lãnh đạo Thanh tra Chính phủ; tiếp thu, hoàn thiện dự thảo định hướng chương trình thanh tra báo cáo Tổng Thanh tra Chính phủ.
Chậm nhất, ngày 15/9 hằng năm, đơn vị chủ trì báo cáo Tổng Thanh tra Chính phủ hồ sơ trình Thủ tướng Chính phủ dự thảo định hướng chương trình thanh tra, gồm dự thảo tờ trình của Tổng Thanh tra Chính phủ trình dự thảo định hướng chương trình thanh tra; dự thảo định hướng chương trình thanh tra; báo cáo tổng hợp, tiếp thu ý kiến tham gia vào dự thảo định hướng chương trình thanh tra (nếu có); thông tin, tài liệu khác (nếu có).
Chậm nhất ngày 30/9 hằng năm, Tổng Thanh tra Chính phủ trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt định hướng chương trình thanh tra. Hồ sơ trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt định hướng chương trình thanh tra gồm tờ trình của Tổng Thanh tra Chính phủ về dự thảo định hướng chương trình thanh tra; dự thảo định hướng chương trình thanh tra; thông tin, tài liệu khác (nếu có).
Trường hợp Thủ tướng Chính phủ có ý kiến chỉ đạo sửa đổi, bổ sung nội dung dự thảo định hướng chương trình thanh tra thì trong thời gian 10 ngày làm việc, đơn vị chủ trì giúp Tổng Thanh tra Chính phủ tiếp thu, hoàn chỉnh dự thảo định hướng chương trình thanh tra và trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Chậm nhất vào ngày 25/10 hằng năm, căn cứ định hướng chương trình thanh tra đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, đơn vị chủ trì có trách nhiệm tham mưu Tổng Thanh tra Chính phủ ban hành văn bản hướng dẫn việc xây dựng kế hoạch thanh tra gửi các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và UBND cấp tỉnh.
Chậm nhất vào ngày 30/10 hằng năm, căn cứ Định hướng chương trình thanh tra và hướng dẫn của Thanh tra Chính phủ, thanh tra bộ hướng dẫn thanh tra tổng cục, cục và các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuộc các bộ xây dựng dự thảo kế hoạch thanh tra; Bảo hiểm Xã hội Việt Nam hướng dẫn bảo hiểm xã hội tỉnh xây dựng dự thảo kế hoạch thanh tra; thanh tra tỉnh hướng dẫn thanh tra sở, thanh tra huyện xây dựng dự thảo kế hoạch thanh tra.
Bài 2: Tổng Thanh tra Chính phủ ban hành kế hoạch thanh tra chậm nhất vào ngày 15/11 hằng năm