Ngày 12/5/2000, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 437/QĐ-TTg phê duyệt dự án đầu tư xây dựng KCN Tân Tạo mở rộng.
Ngày 16/8/2000, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 752/TTg thu hồi 232,1 ha đất, trong đó, giao 215,7 ha cho Công ty Tân Tạo là chủ đầu tư xây dựng KCN với thời gian thuê là 50 năm.
Chủ đầu tư đã cho các nhà đầu tư thuê lại 97 ha (đạt tỷ lệ 80,42%).
Qua thanh tra thấy, Công ty Tân Tạo cho 51 nhà đầu tư thuê 78 lô đất trước ngày 01/01/2006 với diện tích 457.806,8 m2 theo hình thức trả tiền một lần cho cả thời gian thuê, đã thu 477.593 triệu đồng và 885.437,5 USD. Giai đoạn từ sau ngày 01/01/2006 đến trước ngày 01/7/2014 (trước thời điểm Luật Đất đai năm 2013 có hiệu lực) đã cho 42 nhà đầu tư thuê 49 lô đất với tổng diện tích 348.372,8 m2 cũng theo hình thức thu tiền một lần, đã thu 564.359 triệu đồng và 4.918.573 USD. Tuy nhiên, đến thời điểm thanh tra, Công ty Tân Tạo chưa thực hiện nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước (chậm hơn 3 năm) theo các quy định tại điểm b, c, Khoản 9, Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP ngày 09/9/2016 của Chính phủ và Khoản 2, Điều 210 Luật Đất đai 2013.
Tương tự, Công ty Tân Tạo được Sở Địa chính - Nhà đất thành phố Hồ Chí Minh (nay là Sở Tài nguyên và Môi trường) ký Họp đồng số 14396/HĐ-GTĐ cho thuê 2.157.346 m2 đất theo hình thức trả tiền hàng năm. Công ty đã cho 05 nhà đầu tư thuê lại đất trong giai đoạn từ 01/7/2014 đến thời điểm tháng 9/2017 theo hình thức thu tiền một lần cho cả thời gian thuê, đã thu 142.599 triệu đồng, vi phạm quy định tại Khoản 2, Điều 149 Luật Đất đai năm 2013. Mặc dù vậy, Công ty Tân Tạo cũng chưa thực hiện nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước theo quy định tại Khoản 2, Điều 210 Luật Đất đai năm 2013.
Ngày 02/01/2002, Bộ Xây dựng có Quyết định số 03/QĐ-BXD về việc phê duyệt quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/2000 KCN Tân Tạo mở rộng với tổng diện tích 255 ha, giảm 07 ha so với Quyết định số 437/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Tuy nhiên, ngày 26/02/2002, UBND thành phố đã có Văn bản số 416/VP-ĐT cho phép chủ đầu tư dành 17,7 ha trong phạm vi quy hoạch KCN Tân Tạo mở rộng để xây dựng khu tái định cư và hoán đổi đất cho các hộ dân trước khi được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận điều chỉnh quy hoạch tại Văn bản số 1043/TTg-CN ngày 27/7/2005.
Đến ngày 04/4/2008, UBND thành phố Hồ Chí Minh có Quyết định số 1512/QĐ-UBND về việc phê duyệt đồ án điều chỉnh quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/2000 KCN Tân Tạo rnở rộng với diện tích 204,58 ha, điều chỉnh giảm 0,72 ha so với Quy hoạch chi tiết số 03/QĐ-BXD ngày 02/01/2002 của Bộ Xây dựng và giảm 7,72 ha (262 ha - 49,7ha - 204,58 ha) so với Quyết định số 437/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Đồng thời, phê duyệt điều chỉnh diện tích đất kho bãi từ 2,8345 ha xuống còn 1,24 ha (giảm 1,5945 ha), đất cây xanh, kênh rạch từ 21,3337 ha xuống còn 17,66 ha (giảm 3,6737 ha), đất xây dựng công trình đầu mối hạ tầng kỹ thuật từ 2,9276 ha xuống còn 2,22 ha (giảm 0,7076 ha) và phê duyệt điều chỉnh bổ sung 10,55 ha làm trung tâm đào tạo dạy nghề không có trong Quy hoạch chi tiết số 03/QĐ-BXD ngày 02/01/2002 của Bộ Xây dựng.
Việc phê duyệt điều chỉnh quy hoạch của UBND thành phố như trên là không đúng quy định tại Nghị định số 16/2005/NĐ-CP ngày 07/02/2005 của Chính phủ; Khoản 3, Điều 14 Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ và không phù hợp với quy hoạch đã được Thủ tướng Chính phủ, Bộ Xây dựng phê duyệt.
Ngoài ra, UBND thành phố còn có Văn bản số 5090/VP-ĐTMT ngày 29/6/2013 chấp thuận chủ trương điều chỉnh giảm diện tích KCN Tân Tạo mở rộng, chấp thuận cho Công ty Cổ phần Đầu tư Việt Nam đầu tư xây dựng công trình tạm để làm bãi đậu xe trên phần diện tích 7.332,3 m2 đã được tách khỏi KCN khi chưa có ý kiến chấp thuận của Thủ tướng Chính phủ và Bộ Xây dựng, vi phạm quy định tại Khoản 3, Điều 14 Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ.
Đến ngày 24/7/2014, Thủ tướng Chính phủ mới có Văn bản số 1300/TTg-KTN đồng ý điều chỉnh giảm diện tích KCN Tân Tạo mở rộng xuống còn 182,55 ha.
Từ kết quả thanh tra nêu trên, Thanh tra Chính phủ đề nghị UBND thành phố có biện pháp giải quyết và xem xét, xứ lý đối với các đơn vị, cá nhân, doanh nghiệp có vi phạm đã được phát hiện, truy thu tiền sử dụng đất, thu hồi ngay các khoản thu không hợp pháp từ các hành vi vi phạm pháp luật, trong đó, yêu cầu chủ đầu tư sớm khắc phục triệt để các vi phạm, nhất là vi phạm liên quan đến việc thực hiện quy hoạch, sử dụng đất không đúng mục đích, xây dựng công trình không đúng quy hoạch được duyệt... theo đúng quy định của pháp luật; kiểm tra để xử lý việc quản lý, sử dụng 17,7 ha đất tái định cư, tránh thất thoát tài sản của Nhà nước.