Qua thanh tra đã chấn chỉnh nhiều sai phạm trong công tác quản lý tài chính, thu hồi về tài khoản tạm giữ của Sở 137.602.000 đồng; thu hồi về ngân sách cấp huyện, xã 88.641.114 đồng, cấp tỉnh 87.092.000 đồng; kiến nghị Cục Thuế Thanh Hóa và Chi cục thuế các huyện kiểm tra truy thu thuế giá trị gia tăng các công trình xây dựng cơ bản tại các huyện gần 2 tỷ đồng.
   
Nguyên nhân dẫn đến các sai phạm là do các đơn vị dự toán xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ chưa bám sát nội dung hướng dẫn của Bộ Tài chính và khả năng nguồn kinh phí huy động của đơn vị. Kế toán các đơn vị còn nhiều hạn chế về chuyên môn, nghiệp vụ; có những khoản do đặc thù đơn vị phải chi nhưng chưa báo cáo cấp có thẩm quyền đồng ý đã chi; lãnh đạo các huyện chưa chỉ đạo quyết liệt Chi cục thuế, các phòng ban chức năng về thu thuế xây dựng cơ bản, còn để thất thu. Các chủ đầu tư khi thanh quyết toán công trình hoàn thành không yêu cầu nhà thầu thi công xây lắp cung cấp hóa đơn giá trị gia tăng...

Văn Thanh