Bên cạnh đó, ngành Thuế đã xử phạt kê khai chậm so với quy định 523 trường hợp với số tiền 571,85 triệu đồng, tăng so với năm 2009 là 414,85 triệu đồng. Ngoài ra, ngành Thuế Thanh Hóa cũng đã tiến hành thanh tra tại 332 đơn vị, đã kết luận 307 đơn vị, trong đó phát hiện 297 đơn vị sai phạm, đã xử lý truy thu và phạt 28 tỷ 241 triệu đồng. Cũng trong năm 2010, ngành Thuế Thanh Hóa đã kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế 569 hồ sơ, tăng 64,1% so với cùng kỳ; truy thu 5 tỷ 816 triệu đồng, phạt hành chính thuế 2 tỷ 238 triệu đồng.

Ngành còn thường xuyên kiểm tra việc kê khai giảm, giãn thuế theo Nghị quyết 30/2008/NQ-CP của Chính phủ, phối hợp với các ngành kiểm tra, chống gian lận thương mại.

Văn Thanh