Ngày 30/11/1996, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 906/TTg phê duyệt dự án đầu tư xây dựng KCN Tân Tạo, huyện Bình Chánh, TP Hồ Chí Minh, trong đó nêu: Diện tích đất sử dụng là 181,8 ha.
Ngày 17/6/1997, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 438/TTg thu hồi 168,3 ha, trong đó, giao 136,5 ha cho ITACO là chủ đầu tư xây dựng KCN với thời gian kinh doanh 50 năm kể từ ngày ký quyết định phê duyệt dự án đầu tư; còn lại 31,83ha giao cho UBND TP quản lý để mở rộng đường giao thông và hành lang lưới điện theo quy hoạch.
Theo báo cáo của chủ đầu tư ITACO, đến nay, đã cho thuê lại 95,9 ha (đạt tỷ lệ 87,76%).
Qua thanh tra thấy, ITACO chưa lập và trình đề án tổng thể về phát triển các công trình kết cấu hạ tầng trong KCN hiện hữu; chưa báo cáo về nhu cầu phát triển các công trình kết cấu hạ tầng ngoài KCN hiện hữu theo quy định tại Điểm a, Khoản 2, Điều 14 Nghị định số 36/NĐ-CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ.
ITACO chỉ thực hiện đầu tư xây dựng các công trình kết cấu hạ tầng - từng phần tại các vị trí đất cho thuê mà không đầu tư xây dựng đồng bộ hạ tầng kỹ thuật như: Tuyến đường số 1; trồng cây xanh tập trung dọc tuyến đường song song với quốc lộ 1A, ven rạch nước lên xen kẽ với các công trình đầu mối kỹ thuật... là chưa thực hiện đúng quy định tại Điểm b, Khoản 2, Điều 14 Nghị định số 36/CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ.
Ban Quản lý KCN đã cho phép ITACO điều chỉnh quy hoạch không đúng thẩm quyền. Theo đó, ITACO tự chia tách, điều chỉnh quy hoạch một số khu đất để cho các đơn vị thuê, chuyển nhượng lại đất hoặc sử dụng đất không đúng mục đích so với quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/2000 đã được Bộ Xây dựng phê duyệt tại Quyết định số 592/1997/QĐ-BXD ngày 15/12/1997 với tổng diện tích 106.190 m2, thu lợi 107.672,894 triệu đồng, vi phạm quy định tại Điểm c, Khoản 3.3, Mục 3 Quyết định số 592/1997/QĐ-BXD ngày 15/12/1997 của Bộ Xây dựng, cụ thể:
Cho Ngân hàng Vietinbank - Chi nhánh Tây Sài Gòn thuê 3.083,6 m2 đất tại lô số 20 đường Song Hành để làm trụ sở giao dịch theo Hợp đồng số 228/HĐ-TLĐ/KD-03 ngày 01/12/2003 với giá trị thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê là 9.641,8 triệu đồng, đã được Ban Quản lý các KCN cấp Giấy chứng nhận đầu tư số 41221000389.
Cho Ngân hàng BIDV - Chi nhánh Tây Sài Gòn thuê 5.125 m2 đất tại lô số 24 đường Song Hành để làm trụ sở giao dịch theo Họp đồng số 158/HĐ-TLĐ/KD-01 ngày 18/12/2001 với giá trị thuê trả tiền một lần là 7.721 triệu đồng. Hai bên đã có Biên bản thanh lý hợp đồng số 61/TLHĐ-TLĐ/KD-14 ngày 02/12/2014.
Cho Công ty Cho thuê Tài chính II Nam Sài Gòn thuê 3.058 m2 đất tại lô số 1.3 đường A để làm trụ sở theo Hợp đồng số 310/HĐ-TLĐ/KD-05 ngày 25/5/2005 với giá trị thuê trả tiền một lần là 6.444 triệu đồng. Ngày 01/7/2016, hai bên đã ký Biên bản thanh lý hợp đồng số 73/TLHĐ-TLĐ/KD-16.
Ban Quản lý KCN TP có Văn bản số 444/BQL-XD&MT ngày 03/5/1999 chấp thuận điều chỉnh quy hoạch 95.779 m2 đất không đúng thẩm quyền tại các khu đất quy hoạch để đầu tư hạ tầng KCN (như: Nhà máy xử lý nước thải, bãi rác công nghiệp, bể nước ngầm, trạm bơm điện, đường số 1...) thành đất công trình cồng nghiệp để cho thuê hoặc đầu tư xây dựng các hạng mục công trình không đúng mục đích sử dụng đất theo quy hoạch được duyệt, thu lợi 98.112,341 triệu đồng và 233.819 USD.
Các chủ đầu tư được thuê lại đất cũng không thực hiện mà cho thuê hoặc chuyển nhượng lại (như: (1) Công ty TNHH Tân Tuấn Kiệt (Công ty Uyên Phát nhận chuyển nhượng lại) diện tích 29.156 m2; (2) Công ty SMC diện tích 7.278 m2; (3) Công ty Dịch vụ Hóa mỹ phẩm diện tích 1.922 m2; (4) Công ty Tấn Phát diện tích 2.392 m2; (5) Công ty Nhựa Hiện đại diện tích 2.975 m2; (6) Công ty Tân Việt Tân diện tích
2.202 m2; (7) Công ty Nam Việt diện tích 2.080 m2; (8) Công ty TNHH SX-TM Đại Phúc diện tích 3.060 m2; (9) Công ty Hiệp Thành diện tích 3.678 m2; (10) Công ty TNHH Song Tân diện tích 2.706 m2; (11) Công ty CP Thiết bị giáo dục 2 (Công ty Đại Thành Vinh thuê lại) diện tích 2.714 m2; (12) Công ty Đông Nam diện tích 2.336 m2; (13) Công ty Kinh doanh Thủy hải sản Sài Gòn diện tích 20.340,4 m2...).
ITACO tự chia, tách một số khu đất đã được quy hoạch xây dựng bãi rác công nghiệp, kho tàng, bến bãi, trồng cây xanh tập trung để cho các doanh nghiệp thuê lại hoặc tự đầu tư sử dụng vào mục đích khác với tổng diện tích 10.446 m2 đất, thu lợi 9.559,66 triệu đồng như: Cho Công ty Cổ phần Xây dựng Sài Gòn (SCC) thuê tại lô số 22A đường số 1 theo Hợp đồng số 142/HĐ-TLĐ/KD-01 ngày 09/6/2001 với diện tích 6.000 m2, thu lợi 3.000 triệu đồng (sau đó SCC lại cho Công ty Nutreco International Việt Nam thuê lại); cho Công ty TNHH Minh Nam thuê lại 1.638 m2 với giá trị 3.172 triệu đồng; cho Công ty Đông Nam (Công ty Nghệ Tài) thuê 1.272 m2 đất với giá trị 3.387 triệu đồng và Công ty Tân Tạo dùng 1.536 m2 đất để xây dựng văn phòng...
ITACO ký họp đồng cho các nhà đầu tư thuê lại đất có thời hạn đến năm 2047 hoặc đến năm 2050. Tuy nhiên, đến thời điểm tháng 9/2017 đã có đến 07 nhà đầu tư thuê đất, nhưng sau nhiều năm không triển khai đầu tư xây dựng, không xin gia hạn sử dụng đất nhưng không được UBND TP và Ban Quản lý các KCN kiểm tra, xem xét, xử lý với tổng diện tích khoảng 117.774,24 m2 như: Công ty TNHH SXKD Hai Thành 6.921,82 m2; Công ty Việt Nam Kỹ nghệ Súc sản (Vissan) 50.000 m2; Công ty Dệt Sài Gòn 30.009 m2; DNTN Thương mại Minh KimLong 6.010,79 m2; Công ty TNHH Phát Hải 5.100m2; Công ty TNHH Sản xuất TM - Dịch vụ XNK Minh Hoàng 5.451,71 m2; Công ty TNHH Việt Nam Paiho 14.280,92 m2, vi phạm quy định tại Điều 15 Nghị định số 36/CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ.
Ban Quản lý các KCN đã cấp phép xây dựng cho một số nhà đầu tư vượt số tầng so với quy hoạch được Bộ Xây dựng phê duyệt tại Quyết định số 592/1997/QĐ-BXD ngày 15/12/1997 như: Công ty Cổ phần S.P.M được xây dựng nhà máy tại lô đất số 51-53 đường số 2 vượt 02 tầng; Công ty Cổ phần Khai thác và Phát triển Kho vận Tân Tạo được xây dựng trụ sở văn phòng điều hành 06 tầng vượt 02 tầng tại lô số 60A đường số 2 và Công ty TNHH Việt Nam Paiho xây dựng nhà máy 06 tầng, vượt 04 tầng tại lô đất số 30-32-34 đường số 3.
Công tác quản lý, bảo vệ môi trường còn nhiều vi phạm các quy định của Nhà nước và Bộ Tài nguyên và Môi trường như: Chưa báo cáo và đầu tư đầy đủ về diện tích trồng cây xanh trong vành đai bảo vệ; chưa có thiết bị đo lưu lượng nước thải đầu vào ở các nhà máy xử lý nước thải tập trung; chưa có kế hoạch phòng ngừa sự cố môi trường...
Từ kết quả thanh tra nêu trên, Thanh tra Chỉnh phủ đề nghị UBND TP Hồ Chí Minh có biện pháp giải quyết và xem xét, xử lý đối với các đơn vị, cá nhân, doanh nghiệp có vi phạm đã được phát hiện nêu trên, thu hồi ngay các khoản thu không hợp pháp từ các hành vi vi phạm pháp luật, trong đó, yêu cầu chủ đầu tư sớm khắc phục triệt để các vi phạm, nhất là vi phạm liên quan đến việc thực hiện quy hoạch, sử dụng đất... theo đúng quy định của pháp luật, tránh thất thoát tài sản của Nhà nước.