Kết luận của Thanh tra Chính phủ chỉ rõ: Ngày 05/02/1997, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 81/QĐ- TTg về việc thành lập và phê duyệt dự án đầu tư xây dựng KCN Vĩnh Lộc, huyện Bình Chánh; tổng mức đầu tư là 385.121 triệu đồng; thời gian thuê đất 50 năm kể từ ngày có quyết định đầu tư.
Căn cứ đề nghị của UBND TP, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 469/TTg ngày 02/7/1997 thu hồi và giao 207 ha đất tại xã Bình Hưng Hòa, Vĩnh Lộc A, huyện Bình Chánh và xã Bà Điểm, huyện Hóc Môn cho Công ty Xuất nhập khẩu và Đầu tư Chợ Lớn.
Qua thanh tra cho thấy, đến thời điểm thanh tra, sau hơn 20 năm nhưng chủ đầu tư vẫn chưa giải phóng mặt bằng xong, chưa hoàn thành việc đầu tư xây dựng đồng bộ, hoàn chỉnh hạ tầng KCN theo quy hoạch chi tiết được phê duyệt, mà chỉ tiến hành đầu tư từng hạng mục công trình để cho thuê, vi phạm quy định tại Điểm b, Khoản 2, Điều 14 Nghị định số 36/CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ.
Ban Quản lý các KCN TP không ban hành Điều lệ Quản lý đầu tư xây dựng tại KCN Vĩnh Lộc; UBND TP ban hành Quyết định số 5153/QĐ-UBND ngày 21/10/2014 điều chỉnh cục bộ quy hoạch chi tiết tỉ lệ 1/2000 KCN Vĩnh Lộc, trong đó, chuyển đổi phần đất cây xanh cách ly, đất giao thông, đất trung tâm công cộng, đất khu xử lý kỹ thuật thành đất xây dựng công trình công nghiệp (nhà máy, xí nghiệp...) nhưng không có phần đất đối ứng để thực hiện đầu tư các hạng mục công trình nêu trên theo quy hoạch, vi phạm, thậm chí phá vỡ quy hoạch được Bộ Xây dựng phê duyệt theo Quyết định số 437/BXD/KTQH và không phù hợp với Quy chuẩn Kỹ thuật Quốc gia về quy hoạch xây dựng (QCXDVN 0L2008/BXD - Bảng 2.3) ban hành kèm theo Quyết định số 04/2008/QĐ-BXD ngày 03/4/2008 của Bộ Xây dựng.
Kiểm tra thực tế, chủ đầu tư đã và đang sử dụng một số khu đất không đúng mục đích so với quy hoạch được duyệt như: Dùng một phần đất kho tàng cho Công ty Thuốc lá Bến Thành thuê xây dựng nhà máy sản xuất; sử dụng một phần đất cây xanh để xây dựng nhà máy xử lý nước thải, Văn phòng Đảng - Đoàn; một phần đất bãi đỗ xe xây dựng cây xăng, ki-ốt cho thuê; Công ty Cổ phần Hoàng Quỳnh xây dựng nhà máy sản xuất bia công suất 100 triệu lít/năm trên lô đất có diện tích 1,5 ha nhưng không có giấy phép xây dựng, xây dựng không đúng với các chỉ tiêu quy hoạch được duyệt, xây dựng nhà máy bia vượt ra ngoài ranh đất, lấn vào phần đất giao thông của KCN. Chủ đầu tư đang xây dựng khu xử lý nước thải trên diện tích đất đã được quy hoạch trồng cây xanh nhưng Ban Quản lý KCN không đình chỉ xây dựng mà vẫn cấp phép xây dựng... Việc này đã tồn tại trong thời gian dài nhưng chưa được các cơ quan chức năng thuộc UBND TP kiểm tra, xử lý kịp thời.
Tại “khu công nghiệp Vĩnh Lộc, huyện Bình Chánh: Xây dựng trụ sở làm việc Đảng - Công đoàn - Đoàn Thanh niên tại KCN Vĩnh Lộc vào đất quy hoạch cây xanh; không ban hành Điều lệ Quản lý xây dựng tại KCN Vĩnh Lộc dẫn đến quản lý xây dựng lỏng lẻo, thực hiện thiếu đồng bộ. UBND TP Hồ Chí Minh chuyển đổi phần đất cây xanh cách ly, đất giao thông, đất trung tâm công cộng, đất khu xử lý kỹ thuật thành đất nhà máy, xí nghiệp; dùng một phần đất kho tàng theo quy hoạch được duyệt cho Công ty Thuốc lá Bến Thành thuê xây dựng nhà máy sản xuất; Công ty Cổ phần Hoàng Quỳnh xây dựng nhà máy sản xuất bia diện tích 1,5 ha, nhưng không có giấy phép xây dựng, xây dựng vượt ra ngoài ranh đất, lấn vào phần đất giao thông của KCN; cấp phép xây dựng khu xử lý nước thải vào đất cây xanh của KCN” - kết luận của Thanh tra Chính phủ nhấn mạnh.
Từ kết quả thanh tra, Thanh tra Chính phủ đề nghị UBND TP có biện pháp giải quyết và xem xét, xử lý đối với các đơn vị, cá nhân, doanh nghiệp có vi phạm đã được phát hiện nêu trên; truy thu tiền sử dụng đất, thu hồi ngay các khoản thu không hợp pháp từ các hành vi vi phạm pháp luật, trong đó, yêu cầu chủ đầu tư sớm khắc phục triệt để các vi phạm, nhất là vi phạm liên quan đến việc thực hiện quy hoạch, sử dụng đất không đúng mục đích, xây dựng công trình khi chưa có giấy phép, không đúng quy hoạch được duyệt... theo đúng quy định của pháp luật.