Theo kết luận thanh tra, vịnh Hạ Long có diện tích 1.553km², bao gồm 1.969 hòn đảo lớn nhỏ; được xếp hạng là Di tích Quốc gia đặc biệt và được UNESCO công nhận là Di sản Thiên nhiên thế giới.
Khu vực di sản được UNESCO công nhận có diện tích 434km2, gồm 775 hòn đảo lớn nhỏ, là khu vực I được bảo vệ tuyệt đối; trong đó, có đảo Bái Đông (hay còn gọi là đảo Mắt Rồng), diện tích khoảng 30ha nằm trong vùng lõi (vùng bảo vệ I) di sản vịnh Hạ Long. Ban Quản lý vịnh Hạ Long là đơn vị được giao trực tiếp quản lý, bảo tồn khu vực này.
Căn cứ các quyết định phê duyệt quy hoạch, vị trí đảo Bái Đông được quy hoạch điểm neo đậu tàu thuyền; không quy hoạch xây dựng nhà điều hành, điểm khu du lịch và các hoạt động liên quan trực tiếp đến du lịch, là khu vực được bảo tồn và bảo vệ tuyệt đối.
Về thực hiện đầu tư công trình trên đảo Bái Đông, kết luận thanh tra cho biết, ngày 31/10/2014, Trung tâm Bảo tồn, phát triển giải trí biển thuộc Ban Quản lý vịnh Hạ Long có văn bản đề xuất đầu tư nhà điều hành phục vụ công tác quản lý bảo tồn gửi lãnh đạo Ban Quản lý vịnh Hạ Long. Trưởng ban giao Ban Quản lý dự án trực thuộc Ban Quản lý vịnh Hạ Long chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan đề xuất cụ thể phương án.
Ngày 28/12/2014, Ban Quản lý vịnh Hạ Long ban hành quyết định phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công, dự toán công trình nhà quản lý, điều hành đảo Bái Đông với nội dung: Xây mới nhà quản lý, điều hành đảo Bái Đông, diện tích 12m²; giá trị xây lắp 99,5 triệu đồng; nguồn vốn đầu tư từ Quỹ Phát triển hoạt động sự nghiệp của Ban.
Ngày 31/12/2014, Ban Quản lý vịnh Hạ Long ban hành quyết định chỉ định Công ty Cổ phần Xây dựng Phùng Hưng thi công công trình theo hình thức hợp đồng trọn gói, giá trị chỉ định thầu 99,5 triệu đồng… Cuối tháng 1/2015, các bên nghiệm thu khối lượng hoàn thành công trình.
Ngày 22/1/2015, Trung tâm Bảo tồn phát triển giải trí biển (đơn vị được giao quản lý đảo Bái Đông) có văn bản đề nghị bố trí nhân lực 6 người/2 ca; 1 phương tiện (tàu vỏ gỗ, lắp máy 30 CV) phục vụ đưa đón nhân viên đổi ca và làm công tác tuần tra, kiểm soát trên đảo Bái Đông.
Cùng ngày, Công ty TNHH Lê Hoàng Trường Sa cũng có văn bản đề xuất gửi Ban Quản lý vịnh Hạ Long đề xuất cho công ty thực hiện trông coi quản lý đảo Bái Đông.
Đề xuất của Trung tâm Bảo tồn phát triển giải trí biển không được lãnh đạo Ban Quản lý vịnh Hạ Long giải quyết mà để cho Công ty TNHH Lê Hoàng Trường Sa tiếp nhận cơ sở vật chất trên đảo Bái Đông và bố trí nhân lực trên đảo.
Sau khi tiếp nhận, Công ty TNHH Lê Hoàng Trường Sa đã cải tạo, chuyển công năng nhà điều hành (do Ban Quản lý vịnh Hạ Long đầu tư) thành nhà bếp và nhà vệ sinh. Đồng thời, xây mới 1 căn nhà sàn 2 tầng diện tích 80m2. Việc xây dựng công trình nhà 2 tầng và cải tạo nhà điều hành được hoàn thành trong tháng 5/2015 và đưa vào sử dụng đến ngày 14/6/2018.
Từ ngày 14/6/2018 đến nay, toàn bộ cơ sở vật chất trên đảo Bái Đông do Ban Quản lý vịnh Hạ Long quản lý, sử dụng.
Tiến hành kiểm tra hiện trường khu vực đảo Bái Đông cho thấy, có nhà bếp và nhà vệ sinh (được cải tạo từ nhà điều hành); nhà sàn 2 tầng, gồm 3 phòng (có 2 phòng được bố trí giường ngủ đơn, đồ dùng phục vụ sinh hoạt có tính chất làm dịch vụ không phải nhà điều hành); máy phát điện 5Kw phục vụ nhu cầu sử dụng điện trên đảo.
Căn cứ kết quả thanh tra, Thanh tra tỉnh Quảng Ninh chỉ rõ, Ban Quản lý vịnh Hạ Long đã vi phạm quy hoạch được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Việc ban chủ trương xây dựng nhà điều hành và chấp thuận cho Công ty TNHH Lê Hoàng Trường Sa thực hiện cải tạo nhà điều hành trên đảo Bái Đông và xây mới công trình nhà sàn phục vụ mục đích đón tiếp khách du lịch trên đảo không phù hợp quy hoạch bảo tồn và phát huy giá trị vịnh Hạ Long đã được Thủ tướng Chính phủ và UBND tỉnh phê duyệt; không thực hiện đúng quy chế quản lý vịnh Hạ Long được quy định tại Điều 6 Quyết định số 498/QĐ-UBND ngày 7/2/2007 của UBND tỉnh Quảng Ninh.
Không chỉ vậy, căn cứ theo quy hoạch, đảo Bái Đông không được cấp có thẩm quyền phê duyệt là điểm du lịch để thực hiện đón khách tham quan. Tuy nhiên, Ban Quản lý vịnh Hạ Long đã đề xuất và được Sở Tài chính tham mưu UBND tỉnh ban hành quy định về thu phí (Quyết định số 3366/QĐ-UBND ngày 31/12/2014) và xác định thời gian thu phí từ 1/2/2015 là không có cơ sở.
Cùng với đó, ký hợp đồng ủy nhiệm thu phí khách tham quan đảo Bái Đông không đúng quy định (đảo Bái Đông không là điểm du lịch được UBND tỉnh công bố); chấp thuận cho Công ty TNHH Lê Hoàng Trường Sa quản lý di sản, quản lý tài sản công, thực hiện cải tạo, nâng cấp hạ tầng trên đảo Bái Đông không đúng quy định và không đúng thẩm quyền…
Hành vi của Công ty TNHH Lê Hoàng Trường Sa đối với việc cải tạo công năng nhà điều hành do Ban Quản lý vịnh Hạ Long làm chủ đầu tư đã làm mất tài sản Nhà nước; xây mới nhà sàn 2 tầng khi không được phép của cấp có thẩm quyền là không đúng quy định.
Với trách nhiệm chủ đầu tư, Ban Quản lý vịnh Hạ Long không sử dụng tài sản đã đầu tư mà giao Công ty TNHH Lê Hoàng Trường Sa quản lý, sử dụng và cải tạo công năng không đúng quy định; làm mất tài sản Nhà nước nhưng vẫn theo dõi và tính hao mòn trong sổ sách kế toán của Ban Quản lý vịnh Hạ Long.
Chưa hết, sau khi tiếp nhận hạ tầng trên đảo Bái Đông từ Công ty TNHH Lê Hoàng Trường Sa, Ban Quản lý vịnh Hạ Long tiếp tục cho khách tham quan đảo Bái Đông mà không được phép của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền.
Tồn tại, vi phạm này thuộc trách nhiệm của Ban Quản lý vịnh Hạ Long, Trưởng Ban Quản lý Vịnh (giai đoạn sau thời điểm Ban Quản lý vịnh trực thuộc UBND TP Hạ Long); trực tiếp là Trung tâm Bảo tồn phát triển giải trí biển (nay là Trung tâm Bảo tồn III, Ban Quản lý vịnh Hạ Long), kết luận thanh tra chỉ rõ.
Bài 2: Có dấu hiệu hợp thức hóa hồ sơ để thực hiện quyết toán công trình