Trình tự, thủ tục thanh tra chuyên ngành được thực hiện theo quy định từ Điều 52 đến Điều 56 Luật Thanh tra và từ Điều 16 đến Điều 28 Nghị định số 07/2012/NĐ-CP.

Điều 30 quy định, Thanh tra Bộ chủ trì, phối hợp với các Tổng cục, Cục thuộc Bộ NN&PTNT, căn cứ vào định hướng chương trình thanh tra, hướng dẫn của Tổng Thanh tra Chính phủ và yêu cầu công tác quản lý xây dựng kế hoạch thanh tra, trình Bộ trưởng Bộ NN&PTNT chậm nhất vào ngày 15/11 hàng năm. Bộ trưởng Bộ NN&PTNT phê duyệt kế hoạch thanh tra chậm nhất vào ngày 25/11 hàng năm.

Chậm nhất ngày 5/12 hàng năm, Chánh Thanh tra Sở chủ trì, phối hợp với Chi cục trưởng các Chi cục thuộc Sở NN&PTNT, căn cứ vào kế hoạch thanh tra của Thanh tra Bộ NN&PTNT, Thanh tra tỉnh và yêu cầu công tác quản lý, trình Giám đốc Sở NN&PTNT. Giám đốc Sở NN&PTNT phê duyệt kế hoạch thanh tra chậm nhất vào ngày 15/12 hàng năm.

Kế hoạch thanh tra được gửi cho đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức có liên quan.

Nghị định cũng quy định về việc xử lý chồng chéo trong hoạt động thanh tra, Điều 31 quy định, kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp dưới nếu có sự chồng chéo với kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp trên. Chánh Thanh tra Bộ chủ trì giải quyết chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra giữa các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành với nhau; phối hợp với Chánh Thanh tra các bộ, cơ quan ngang bộ giải quyết chồng chéo trong hoạt động thanh tra ngành NN&PTNT với các cơ quan thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ; phối hợp với Chánh Thanh tra tỉnh giải quyết việc chồng chéo trong hoạt động thanh tra ngành NN&PTNT với các cơ quan thanh tra của địa phương.

Chánh Thanh tra Sở báo cáo Chánh Thanh tra tỉnh xử lý việc chồng chéo trong hoạt động thanh tra với các cơ quan thanh tra của địa phương.

Thời hạn thanh tra của đoàn thanh tra hành chính thực hiện theo Điều 45 Luật Thanh tra; thời hạn thanh tra của đoàn thanh tra chuyên ngành thực hiện theo Điều 16 Nghị định số 07/2012/NĐ-CP; thời hạn thanh tra chuyên ngành độc lập thực hiện theo Điều 30 Nghị định số 07/2012/NĐ-CP.

Điều 32 quy định, Chánh Thanh tra Bộ quyết định thanh tra lại vụ việc đã được thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuộc Bộ NN&PTNT, Chủ tịch UBND cấp tỉnh kết luận thuộc phạm vi, thẩm quyền quản lý Nhà nước của Bộ NN&PTNT nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật và được Bộ trưởng Bộ NN&PTNT giao; Chánh Thanh tra Sở quyết định thanh tra lại vụ việc đã được thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuộc Sở NN&PTNT kết luận nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật và được Giám đốc Sở NN&PTNT giao. Quyết định thanh tra lại bao gồm các nội dung quy định tại Điều 44, Điều 52 Luật Thanh tra và tại Điều 49 Nghị định số 86/2011/NĐ-CP.

Thanh tra Bộ tổng hợp, báo cáo Bộ trưởng Bộ NN&PTNT, Tổng Thanh tra Chính phủ về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo (KN,TC) và phòng, chống tham nhũng (PCTN) trong phạm vi trách nhiệm của mình. Tổng cục, cục thuộc Bộ NN&PTNT báo cáo Thanh tra Bộ về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết KN,TC và PCTN trong phạm vi trách nhiệm của mình. Thanh tra Sở báo cáo Chánh Thanh tra tỉnh, Giám đốc Sở NN&PTNT, Chánh Thanh tra Bộ NN&PTNT về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết KN,TC và PCTN trong phạm vi trách nhiệm của mình. Các Chi cục được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuộc Sở NN&PTNT báo cáo Thanh tra Sở về công tác thanh tra chuyên ngành trong phạm vi trách nhiệm của mình.

Thời hạn lấy số liệu, gửi báo cáo đối với các báo cáo công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết KN,TC và PCTN thực hiện theo quy định của Thanh tra Chính phủ. Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ NN&PTNT, các chủ đầu tư sử dụng nguồn vốn ngân sách do Bộ NN&PTNT quản lý, khi có kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ, Thanh tra các bộ, ngành có liên quan, báo cáo kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước phải sao gửi kết luận thanh tra, báo cáo kiểm toán về Thanh tra Bộ chậm nhất sau 5 ngày kể từ ngày nhận được các văn bản trên.

B.B.Đ