Đối với khen thưởng, Điều 19 Quy chế quy định, tổ chức, cá nhân có thành tích trong việc tổ chức và hoạt động Đoàn thanh tra của TTCP được khen thưởng, xem xét về công tác cán bộ theo quy định hiện hành.

Việc thực hiện Quy chế này là một trong những căn cứ để xét thi đua hàng năm của cục, vụ, đơn vị và cá nhân có liên quan trong cơ quan TTCP và việc xem xét cử công chức, viên chức tham gia Đoàn thanh tra.

Về xử lý vi phạm, Điều 20, Điều 21 quy định, cuộc thanh tra chậm về thời gian ban hành kết luận thanh tra được tính từ khi kết thúc thanh tra trực tiếp đến khi báo cáo xin ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về dự thảo Kết luận thanh tra hoặc đến khi ban hành Kết luận thanh tra đối với các cuộc thanh tra không phải báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo thời gian quy định của Luật Thanh tra.

Tùy theo mức độ và số lượng cuộc thanh tra chậm, Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra, Thủ trưởng đơn vị chủ trì, Lãnh đạo TTCP được phân công sẽ xem xét, xử lý trách nhiệm.

Đối với Trưởng đoàn thanh tra, trường hợp có 01 cuộc thanh tra chậm quá 3 tháng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp đưa vào báo cáo để nhắc nhở, phê bình tại cuộc họp giao ban Lãnh đạo cục, vụ, đơn vị của TTCP.

Trường hợp có 02 cuộc thanh tra chậm quá 3 tháng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp báo cáo Lãnh đạo TTCP chỉ đạo Vụ Tổ chức cán bộ, Thủ trưởng đơn vị chủ trì cuộc thanh tra không phân công, bố trí tham gia cuộc thanh tra mới trong thời gian ít nhất 1 năm để tập trung hoàn thành các cuộc thanh tra bị chậm; đồng thời, xem xét mức độ hoàn thành nhiệm vụ của công chức; không xem xét khen thưởng, nâng ngạch, nâng lương trước hạn;

Trường hợp có từ 3 cuộc thanh tra trở lên chậm quá 3 tháng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp báo cáo Lãnh đạo TTCP chỉ đạo Vụ Tổ chức cán bộ, Thủ trưởng đơn vị chủ trì báo cáo, đề xuất Ban cán sự đảng TTCP về việc đánh giá không hoàn thành nhiệm vụ, điều động công chức và các nội dung khác liên quan đến công tác cán bộ theo quy định.

Đối với thành viên Đoàn thanh tra, trường hợp không hoàn thành nhiệm vụ được phân công dẫn đến có 1 cuộc thanh tra chậm quá 3 tháng, sẽ bị nhắc nhở, phê bỉnh tại cuộc họp của cục, vụ, đơn vị; trường hợp không hoàn thành nhiệm vụ được phân công dẫn đến có 2 cuộc thanh tra chậm quá 3 tháng, Thủ trưởng đơn vị chủ trì không phân công, bố trí tham gia cuộc thanh tra mới trong thời gian ít nhất 1 năm để tập trung hoàn thành nhiệm vụ được phân công tại cuộc thanh tra chậm; đồng thời, xem xét, đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ; không xem xét khen thưởng, nâng ngạch, nâng lương trước hạn;

Trường hợp không hoàn thành nhiệm vụ được phân công dẫn đến có từ 3 cuộc thanh tra trở lên chậm quá 3 tháng, Thủ trưởng đơn vị chủ trì phối họp với Vụ Tổ chức cán bộ báo cáo Tổng TTCP về việc đánh giá không hoàn thành nhiệm vụ, điều động công chức, viên chức và các nội dung khác liên quan đến công tác cán bộ theo quy định.

Đối với Thủ trường của đơn vị chủ trì cuộc thanh tra, trường hợp có 2 cuộc thanh tra chậm quá 3 tháng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp đưa vào báo cáo để nhắc nhở, phê bình tại cuộc họp giao ban Lãnh đạo cục, vụ, đơn vị của TTCP để có giải pháp khắc phục. Trường hợp có 3 cuộc thanh tra chậm quá 3 tháng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp báo cáo Lãnh đạo TTCP chỉ đạo Vụ Tổ chức cán bộ tham mưu xem xét, đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ; không xem xét khen thưởng, nâng ngạch, nâng lương trước hạn;

Trường hợp có từ 4 cuộc thanh tra trở lên chậm quá 3 tháng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp báo cáo Lãnh đạo TTCP chỉ đạo Vụ Tổ chức cán bộ báo cáo, đề xuất Ban cán sự đảng TTCP về việc đánh giá không hoàn thành nhiệm vụ, điều động công chức và các nội dung khác liên quan đên công tác cán bộ theo quy định.

Đối với Lãnh đạo TTCP được phân công chỉ đạo cuộc thanh tra, trường hợp có 3 cuộc thanh tra chậm quá 3 tháng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp hoặc Vụ Tổ chức cán bộ đưa vào báo cáo tại cuộc họp giao ban Lãnh đạo TTCP hoặc cuộc họp Ban cán sự đảng TTCP để có giải pháp Lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành.

Trường hợp có 4 cuộc thanh tra chậm quá 3 tháng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp hoặc Vụ Tổ chức cán bộ tiếp tục đưa vào báo cáo tại cuộc họp giao ban Lãnh đạo TTCP hoặc cuộc họp Ban cán sự đảng TTCP; Vụ Tổ chức cán bộ tham mưu Ban cán sự đảng TTCP xem xét việc nhận xét đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ và thi đua, khen thưởng.

Trường hợp có từ 5 cuộc thanh tra trở lên chậm quá 3 tháng, Vụ Tổ chức cán bộ tham mưu Ban cán sự đảng TTCP, Tổng TTCP xem xét, điều chỉnh phân công nhiệm vụ cho phù hợp.

Quy chế cũng quy định về việc xử lý vi phạm đối vói cuộc thanh tra không đảm bảo chất lượng tại Điều 21. Theo đó, cuộc thanh tra không đảm bảo chất lượng là cuộc thanh tra không đảm bảo về nội dung thanh tra, có thiếu sót, vi phạm trong hoạt động thanh tra. Tùy theo tính chất, mức độ không bảo đảm chất lượng, Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra, Thủ trưởng đơn vị chủ trì, Lãnh đạo TTCP được phân công sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật.

Trường hợp Thủ tướng Chính phủ, Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng, tiêu cực, Ủy ban Kiểm tra Trung ương và các cơ quan có thẩm quyền phát hiện những thiếu sót, vi phạm trong hoạt động thanh tra, Vụ Tổ chức cán bộ tham mưu Ban cán sự Đảng TTCP, Tổng TTCP chỉ đạo làm rõ trách nhiệm của tổ chức, cá nhân có liên quan để xem xét, xử lý theo quy định của pháp luật.

Thông qua công tác kiểm tra, giám sát, giải quyết đơn thư, khiếu nại, tố cáo có phát hiện những thiếu sót, vi phạm trong hoạt động thanh tra, Vụ Tổ chức cán bộ phối hợp với các đơn vị có liên quan tham mưu Tổng TTCP chỉ đạo làm rõ trách nhiệm của tổ chức, cá nhân có liên quan để xem xét, xử lý theo quy định của pháp luật.