Theo đó, TP kiến nghị Bộ Tài chính xem xét trình Chính phủ chấp thuận chủ trương điều chỉnh cơ cấu thu trong tổng thu ngân sách nhà nước trên địa bàn, theo hướng giảm chỉ tiêu thu nội địa và tăng chỉ tiêu thu từ dầu thô; không quy định tăng tỷ lệ phần trăm đối với các khoản thu phân chia về ngân sách cấp trên sau mỗi thời kỳ ổn định ngân sách; đưa các khoản thuế thu từ hoạt động xuất nhập khẩu (thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt hàng hoá nhập khẩu, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu) vào nội dung các khoản thu được phân chia theo tỷ lệ phần trăm giữa ngân sách Trung ương và ngân sách địa phương; thực hiện trích thưởng theo cơ chế tài chính đặc thù do Chính phủ quy định đối với Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh. 

Để hỗ trợ, tạo điều kiện cho TP có thêm nguồn lực cho đầu tư phát triển hạ tầng kỹ thuật đô thị, cần xem xét tăng mức thưởng vượt thu cho ngân sách TP; tăng tỷ lệ tổng dư nợ các nguồn vốn huy động cho đầu tư các dự án, công trình thuộc nhiệm vụ đầu tư từ ngân sách TP/tổng vốn đầu tư xây dựng cơ bản của ngân sách TP (không vượt quá 200% tổng vốn đầu tư xây dựng cơ bản hàng năm theo dự toán được HĐND TP quyết định); tiếp tục cho phép miễn 100% thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân cho đối tượng trực tiếp tham gia góp phần thực hiện an sinh xã hội trong năm 2013; cho phép áp dụng một mức thuế suất thuế thu nhập cá nhân đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản là 2% trên doanh thu.

TP. Hồ Chí Minh cũng kiến nghị Bộ Tài chính một số vấn đề trong nghĩa vụ tài chính về đất đai; lĩnh vực tài chính doanh nghiệp; lĩnh vực phí, lệ phí; công tác quản lý, điều hành giá trên địa bàn TP; lĩnh vực quản lý công sản.