Nhà máy Thuỷ điện Nà Loà được xây dựng trên dòng sông Bắc Vọng (địa phận huyện Quảng Hòa) từ tháng 12/2001 và đưa và sử dụng từ tháng 12/2004, thuộc quyền quản lý và vận hành của Công ty Cổ phần (CP) Thủy điện - Luyện kim Cao Bằng, với công suất thiết kế 6MW, tổng vốn đã đầu tư hơn 111 tỷ đồng.
Từ khi đi vào hoạt động, bên cạnh việc chấp hành tốt các quy định, Công ty CP Thủy điện - Luyện kim Cao Bằng đã tích cực đầu tư, sản xuất điện nên kết quả sản xuất, kinh doanh hàng năm đều có lãi, nộp ngân sách Nhà nước, giải quyết được việc làm cho người lao động, góp phần phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.
Tuy nhiên, Công ty CP Thủy điện - Luyện kim Cao Bằng còn tính thiếu thuế năm 2020 và 2021 với số tiền là 1,207 tỷ đồng, trong đó, thuế thu nhập doanh nghiệp là 944 triệu đồng, thuế thu nhập cá nhân là 262,9 triệu đồng.
Để xảy ra tồn tại này, trách nhiệm thuộc lãnh đạo Công ty CP Thủy điện - Luyện kim Cao Bằng và cán bộ trực tiếp tham gia công tác hạch toán, đồng thời, đoàn thanh tra cũng kiến nghị thu hồi số tiền sai phạm nêu trên vào ngân sách Nhà nước.
Nhà máy Thuỷ điện Bản Rạ được khởi công xây dựng trên dòng sông Quây Sơn (thuộc địa bàn xã Đàm Thủy, huyện Trùng Khánh) từ năm 2007 và đưa và sử dụng tháng 4/2012, với công suất thiết kế 18MW, thuộc quyền quản lý và vận hành của Công ty CP Thủy điện Đông Bắc.
Theo hồ sơ Công ty CP Thủy điện Đông Bắc cung cấp cho đoàn thanh tra, thì dự án còn những vướng mắc, như ở các hạng mục xây dựng cơ bản: Có một số tài sản ghi vật kiến trúc cụ thể (bể áp lực, đường ống áp lực, kênh dẫn thượng lưu, đập chính công trình, cống lấy nước công trình), nhưng chưa quyết toán.
Đối với hạng mục thiết bị máy móc: Một số ghi máy móc cụ thể (máy cắt 3 pha, máy nén khí, máy biến thế...), nhưng không có đủ hóa đơn chứng từ gốc; đa phần là ghi giá trị của vật liệu (thép, cột điện, thuê vận chuyển, gia công lắp đặt...).
Đặc biệt, một số hồ sơ của nhà máy là chữ Trung Quốc không có bản dịch ra tiếng Việt (bản vẽ kỹ thuật...).
“Những tài sản xây dựng cơ bản chưa quyết toán, thiết bị máy móc chưa có đủ chứng từ gốc; những chi phí vật liệu, vận chuyển, gia công... công ty cho rằng đó là tài sản của nhà máy là trái với quy định Khoản 1, Điều 3, điểm d, Khoản 1, Điều 4, Khoản 1, Điều 5, điểm a, Khoản 1, Điều 6 Thông tư 45/2013/TT-BTC…”, kết luận nêu.
Ngày 12/9/2022, Công ty CP Thủy điện Đông Bắc có Văn bản số 29/2022/CV-ĐB giải trình về hồ sơ, tài liệu, có nội dung: Hồ sơ, tài liệu công ty cung cấp cho đoàn thanh tra còn thiếu và chưa đầy đủ do các cổ đông công ty khiếu kiện lẫn nhau nhiều năm; hiện nay đã có kết quả phúc thẩm của Tòa án nhân dân Tối cao, nhưng chưa thi hành án, do đó, một số cổ đông nắm giữ tài liệu quan trọng và các chứng từ kế toán của công ty chưa bàn giao…
Từ những kết quả trên, đoàn thanh tra kiến nghị không tiếp tục tiến hành thanh tra vì không đủ tài liệu, hồ sơ liên quan đến nội dung thanh tra.
Đồng thời, kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh có ý kiến chỉ đạo các cơ quan, đơn vị có liên quan (Sở Kế hoạch và Đầu tư; Sở Công Thương, Sở Tài chính, Cục Thuế Cao Bằng...) về công tác quản lý đối với Nhà máy Thủy điện Bản Rạ, bảo đảm nhà máy được xây dựng, quản lý và hoạt động theo đúng quy định của pháp luật.