Tại báo cáo của Thanh tra tỉnh Thanh Hoá nêu rõ, mặt bằng quy hoạch chi tiết khu dân cư, khu tái định cư xã Quảng Phú được Chủ tịch UBND huyện Quảng Xương phê duyệt Quy hoạch số 83/UB-TNMT năm 2009 ngày 23/12/2009, nay thuộc phường Quảng Phú, TP Thanh Hoá, với tổng diện tích đất quy hoạch là 59.800m2, trong đó, diện tích bố trí tái định cư 10.474m2; diện tích đấu giá QSDĐ 16.055,94m2, gồm: Diện tích đất đấu giá theo quy hoạch 82 lô là 13.017,94m2; diện tích đất tái định cư không hết chuyển sang để đấu giá 30 lô là 3.038m2.
Ngày 4/11/2011, Chủ tịch UBND huyện Quảng Xương đã phê duyệt kết quả đấu giá QSDĐ mặt bằng quy hoạch số 83/UB-TNMT tại xã Quảng Phú, huyện Quảng Xương đối với khách hàng trúng đấu giá QSDĐ là Công ty Việt - Anne, có địa chỉ tại Lô B5, khu đô thị Bắc Cầu Hạc, phường Đông Thọ, TP Thanh Hoá.
Ngày 14/11/2011, UBND huyện Quảng Xương và Công ty Việt - Anne ký hợp đồng về việc thực hiện nộp tiền, giao đất, cấp GCN QSDĐ đối với đối tượng trúng đấu giá QSDĐ tại MBQH số 83/UB-TNMT xã Quảng Phú, với diện tích trúng đấu giá là 16.055,94m2 gồm 112 lô đất, tổng số tiền sử dụng đất trúng đấu giá 50.565.325.072 đồng, tiền đặt trước để tham gia đấu giá là 2.500.000.000 đồng, số tiền còn phải thanh toán là 48.065.325.072 đồng.
Năm 2013, UBND huyện Quảng Xương và Phòng Tài chính - Kế hoạch TP Thanh Hoá đã lập biên bản bàn giao công nợ hợp đồng về việc thực hiện nộp tiền, giao đất, cấp GCN QSDĐ tại mặt bằng quy hoạch xã Quảng Phú, thể hiện: Số tiền sử dụng đất phải nộp là 50.562.325.072 đồng; số tiền đã nộp 13.000.000.000 đồng; số tiền chưa nộp 37.562.325.072 đồng.
Qua công tác kiểm tra, rà soát của Thanh tra tỉnh Thanh Hoá cho thấy, UBND huyện Quảng Xương không cung cấp được hồ sơ, tài liệu liên quan đến việc tổ chức đấu giá QSDĐ tại mặt bằng quy hoạch số 83/UB-TNMT tại xã Quảng Phú (nay là phường Quảng Phú) nên không có căn cứ để đánh giá tính pháp lý, quy trình thực hiện đấu giá QSDĐ tại mặt bằng quy hoạch này. Đồng thời, UBND huyện Quảng Xương báo cáo số tiền đặt trước để tham gia đấu giá 2.500.000.000 đồng của Công ty Việt - Anne đã thực hiện theo hình thức thư bão lãnh của tổ chức tín dụng.
Tại báo cáo kết quả kiểm tra của Thanh tra tỉnh Thanh Hoá nêu rõ, UBND TP Thanh Hoá thay đổi thời hạn thanh toán tại Hợp đồng số 03/2014/HĐKT ngày 8/4/2014 và Phụ lục hợp đồng số 15/2014/PLHĐKT ngày 13/2014 là sai so với nội dung tại Quyết định số 8560/QĐ-UBND ngày 14/11/2013 của Chủ tịch UBND TP Thanh Hoá và thời hạn thanh toán tiền sử dụng đất quy định tại Hợp đồng số 01/2011/HĐKT ngày 14/11/2011.
UBND TP Thanh Hoá xác nhận Công ty Việt - Anne đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính tại Công văn ngày 8/9/2014 là không đúng thẩm quyền theo quy định tại khoản 1 Điều 63 Nghị định số 43/2014/ND-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ và không căn cứ vào thời hạn nộp tiền sử dụng đất quy định tại Hợp đồng số 01/2011/HĐKT ngày 14/11/2011 và thời điểm 3 lần nộp tiền sử dụng đất của Công ty Việt - Anne để tính tiền chậm nộp tiền sử dụng đất là sai so với khoản 3.5 Điều 3 Hợp đồng số 01/2011/HĐKT và Điều 18 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ.
Việc thống nhất không tính tiền chậm nộp tiền sử dụng đất tại Công văn số 4920/UBND-TCKH ngày 25/9/2020 không đúng thẩm quyền quy định của Bộ Tài chính.
Việc xác nhận Công ty Việt - Anne đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính ngày 8/12/2020 là không đúng thẩm quyền quy định tại khoản 1 Điều 63 Nghị định số 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ và không căn cứ vào thời hạn nộp tiền sử dụng đất quy định tại Hợp đồng số 03/2014/ HĐKT ngày 8/4/2014 và phụ lục Hợp đồng số 15/2014/PLHĐKT và thời điểm 6 lần nộp tiền sử dụng đất của Công ty Việt - Anne để tính tiền chậm nộp tiền sử dụng đất là sai so với khoản 1 Điều 6 Hợp đồng số 03/2014/HĐKT ngày 8/4/2014 và Điều 18 Nghị định 45/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ.
Việc Văn phòng Đăng ký QSDĐ, Sở Tài nguyên và Môi trường căn cứ Văn bản ngày 8/9/2014 của UBND TP Thanh Hoá để cấp GCN QSDĐ (lần 1) cho Công ty Việt - Anne mà không chuyển “phiếu chuyển thông tin địa chính để xác định vụ tài chính” là sai so với quy định tại điểm 1.2 mục 1 phần Thông tư số 30/2005/TTLT/BTC -BTNMT ngày 18/4/2005 của Liên Bộ Tài chính - Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn việc luân chuyển hồ sơ của người sử dụng đất thực hiện nghĩa vụ tài chính. Dẫn đến, Công ty Việt - Anne chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền lệ phí trước bạ phải nộp theo đúng quy định ngày 17/6/2011 của Chính phủ, Điều 1 Hợp đồng số 01/2011/HĐKT ngày 14/11/2011, thể hiện bán 112 lô đất ở.
Đối với Chi cục Thuế khu vực TP Thanh Hoá - Đông Sơn xin ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch UBND TP Thanh Hoá không tính tiền chậm nộp tiền sử dụng đất tại Công văn số 3778/CTT-TTTBTK ngày 21/8/2020 là sai về thẩm quyền quy định tại điểm 3, Khoản 10, Điều 2. Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính.
Chi cục Thuế khu vực TP Thanh Hoá - Đông Sơn xác định Công ty Việt - Anne thuộc đối tượng được miễn lệ phí trước bạ là sai so với quy định.
Từ kết quả kiểm tra, rà soát, Thanh tra tỉnh Thanh Hoá kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh chỉ đạo đối với UBND TP Thanh Hoá, chỉ đạo Trung tâm Phát triển quỹ đất TP Thanh Hoá tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý đối với các tập thể, cá nhân có liên quan đến các khuyết điểm, vi phạm đã xảy ra và báo cáo Chủ tịch UBND tỉnh, đồng thời chỉ đạo Trung tâm Phát triển quỹ đất TP Thanh hoá phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường, Chi cục Thuế khu vực TP Thanh Hoá - Đông Sơn và các đơn vị có liên quan xác định tiền lệ phí trước bạ và tiền chậm nộp tiền sử dụng đất, để đôn đốc, nộp ngân sách Nhà nước theo quy định xong trước ngày 15/10/2024.
Đối với Sở Tài nguyên và Môi trường tổ chức kiểm điểm đối với tập thể, cá nhân có liên quan đến các khuyết điểm vi phạm; Chi cục Thuế khu vực TP Thanh Hoá - Đông Sơn tổ chức kiểm điểm trách nhiệm đối với khuyết điểm, vi phạm trong việc xác định lệ phí trước bạ và tham mưu văn bản không tính tiền chậm nộp; Công ty Việt - Anne thực hiện nộp đầy đủ tiền lệ phí trước bạ và tiền chậm nộp tiền sử dụng đất theo quy định.