Theo Thông tư, người nộp thuế đã nộp hồ sơ quyết toán thuế năm mà phát hiện sai sót thì chỉ cần nộp bổ sung quyết toán thuế năm, không phải nộp tờ khai các tháng có sai sót. Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện sai sót sau khi có kết luận thanh tra, kiểm tra về thuế và sai sót này thuộc thời kỳ, phạm vi thanh tra, kiểm tra thì sẽ bị xử lý như trường hợp cơ quan thuế tự phát hiện.

Ngoài ra, việc xử lý số thuế nộp thừa, nộp thiếu sau khi có quyết định giải quyết của cơ quan có thẩm quyền cũng được quy định cụ thể. Theo đó, Cơ quan Thuế phải hoàn trả tiền thuế, số tiền phạt thu không đúng và trả tiền lãi tính trên số tiền nộp thừa của tiền thuế, tiền phạt thu không đúng cho người nộp thuế, cho bên thứ ba trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày ra quyết định giải quyết khiếu nại, hoặc từ ngày nhận được Quyết định của cơ quan quản lý hành chính Nhà nước có thẩm quyền hoặc bản án, quyết định của Tòa án có thẩm quyền theo quy định của pháp luật. Tiền lãi được tính theo lãi suất cơ bản do Ngân hàng Nhà nước công bố. 

Trường hợp số thuế phải nộp xác định tại quyết định giải quyết khiếu nại cao hơn so với số thuế phải nộp xác định tại quyết định hành chính bị khiếu nại thì người nộp thuế phải nộp đầy đủ số thuế còn thiếu trong thời hạn mười ngày kể từ ngày nhận được quyết định giải quyết khiếu nại. Thông tư 156 sẽ có hiệu lực từ 20/12/2013. Riêng Hồ sơ khai thuế quy định tại Thông tư này bắt đầu áp dụng cho tất cả các kỳ tính thuế từ ngày 01/01/2014.

Thủy Thụy