Kết luận chỉ ra, đa số các DN chấp hành đúng quy định về đăng ký thuế, sử dụng mã số thuế, kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế.

Tuy nhiên, khi kiểm tra việc dự toán và thực hiện quyết toán ngân sách Nhà nước (NSNN) năm 2014, 2015, đoàn thanh tra chỉ ra, UBND TP Tam Kỳ chưa dựa trên cơ sở đánh giá đúng khả năng thực hiện thu ngân sách năm trước; việc kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) của các DN vẫn còn một số thiếu sót, hạn chế về hóa đơn mua hàng không có chữ ký người mua; khấu trừ thuế GTGT vượt định mức so với quy định của Thông tư 219/2013/TT-BTC và Nghị định 209/2013/NĐ-CP.

Qua số liệu kiểm tra xác định, tổng số thuế thu nhập DN (TNDN) phải truy thu của 9 DN là trên 264,8 triệu đồng. Ngoài ra, theo quy định tại Nghị định 129/2013/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về thuế, tổng số tiền phạm đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp của 7 DN là  trên 34,2 triệu đồng. Nguyên nhân là do trình độ nghiệp vụ kế toán còn hạn chế, hiểu không đầy đủ các quy định do văn bản quy định về chính sách thế thay đổi nhiều, không xem xét chuyển cơ quan thuế xử phạt hành chính về thuế theo quy định.

Các DN xác định chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế TNDN chưa hợp lý, không đúng theo quy định như: Hạch toán vào chi phí không đúng đối tượng, không có chứng từ; vượt mức tiêu hao hợp lý; hạch toán vào chi phí các khoản không phục vụ sản xuất kinh doanh và một số chứng từ cho con người không đảm bảo điều kiện quy định…

Việc kê khai thuế GTGT của các DN vẫn còn thiếu sót, hạn chế, nhiều DN còn có thiếu sót về hóa đơn mua hàng, không có chữ ký người mua; khấu trừ thuế GTGT vượt định mức quy định với số tiền trên 26,5 triệu đồng; kê khai nộp thuế GTGT chậm so với thời hạn quy định với tổng số tiền là gần 55 triệu đồng

Kết luận thanh tra cũng chỉ ra một số tồn tại hạn chế trong công tác quản lý thuế của UBND TP Tam Kỳ. Việc xây dựng dự toán thu NSNN đối với một số nguồn thu từ DN có vốn đầu tư nước ngoài chưa phù hợp; nợ đọng thuế của người nộp thuế có chiều hướng gia tăng, nhất là nợ thuế khó thu.

Theo báo cáo của Chi cục Thuế TP Tam Kỳ, tính đến 31/12/2014, số tiền nợ đọng thuế là trên 60,5 triệu đồng, tăng 27,3% so với năm 2013; nợ khó thu là trên 14,6 triệu đồng; năm 2015, nợ đọng thuế tăng lên 78,9 triệu đồng, tăng 30,4% so với năm 2014, tổng nợ thuế khó thu của đơn vị chiếm 50,3%; công tác kiểm tra thuế, giải quyết khiếu nại, tố cáo liên quan đến pháp luật về thuế vẫn còn một số trình từ thủ tục chưa đúng quy định…

Bên cạnh đó, việc xác định chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế TNDN chưa hợp lý, không đúng quy định với tổng thuế TNDN phải truy thu của 12 DN là trên 264,8 triệu đồng.

Các DN còn có hóa đơn mua hàng không có chữ ký người mua, hóa đơn không ghi cụ thể số lượng hoặc không xuất hóa đơn bán hàng kịp thời; có 2 DN khấu trừ thuế GTGT vượt định mức quy định với số tiền trên 26,5 triệu đồng; 3 DN kê khai nộp thuế GTGT chậm so với thời hạn quy định với số tiền gần 60 triệu đồng.

Thanh tra tỉnh Quảng Nam kiến nghị UBND TP Tam Kỳ chỉ đạo Chi cục Thuế TP thực hiện tốt hơn công tác theo dõi, kiểm tra, đôn đốc thu ngân sách; củng cố tổ chức và tăng cường hiệu quả hoạt động của Hội đồng tư vấn thuế, công tác chống nợ động, chống thất thu ngân sách của xã, phường trên địa bàn.

Đối với Chi cục Thuế TP Tam kỳ, chấn chỉnh kịp thời những thiếu sót về trình tự trong công tác kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo liên quan đến pháp luật về thuế; tăng cường công tác theo dõi, đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế...

Về kinh tế, kiến nghị xử lý thu hồi nộp NSNN số tiền thuế GTGT và thuế TNDN do kê khai thiếu của 12 DN với số tiền sai phạm trên 291,4 triệu đồng. Đồng thời, chấn chỉnh không xem xét đề nghị cơ quan thuế xử phạt hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế TNDN phải nộp của 7 DN và chậm kê khai thuế GTGT của 3 DN số tiền trên 93,7 triệu đồng.

Bảo Anh