Tuy nhiên, sau khi nhận được số tiền trên, Khai không mua nguyên liệu phục vụ sản xuất, kinh doanh mà lại sử dụng số tiền đó vào mục đích riêng, đến hạn không trả, rồi “quỵt” luôn cả gốc lẫn lãi.

Sau một thời gian điều tra, ngày 15/6/2013, Cơ quan An ninh điều tra, Công an TP Hà Nội, đã thực hiện lệnh bắt đối với ông Khai vì tội danh đã nêu ở trên.

Trước đó, do nợ nần quá nhiều, bị cáo Khai đã chạy vạy, bán 100% vốn cổ phần của Tập đoàn Y dược Bảo Long cùng toàn bộ diện tích đất, tài sản xây dựng trên đất, bản quyền thương hiệu sản phẩm (tại xã Cổ Đông, thị xã Sơn Tây, Hà Nội) với giá 227,5 tỷ đồng cho Tập đoàn Bảo Sơn. Sau đó, ông Khai đứng danh đại diện cho Công ty TNHH Đông Nam Dược Bảo Long thuê lại toàn bộ nhà xưởng sản xuất tại đây với giá 500 triệu đồng/tháng. Nhưng, sau nhiều tháng sử dụng tài sản của Bảo Sơn, ông Khai đã không trả một đồng nào, thậm chí, còn chuyển máy móc, phương tiện sản xuất thuốc ra khỏi đây. 

Ngày 3/10/2011, ông Khai cho người đánh đập, chửi bới, xua đuổi chuyên gia, cán bộ, công nhân viên của Bảo Sơn, chiếm lại toàn bộ tài sản đã bán trước đó và còn vu khống doanh nghiệp này còn nợ mình 125 tỷ đồng vì chưa thanh toán tiền thương hiệu, cây cối, hạ tầng kỹ thuật…

Tuy nhiên, trước cơ quan chức năng, Khai đã không đưa ra được chứng cứ gì cho việc nợ nần này. Hành vi này của Khai có dấu hiệu của tội công nhiên chiếm đoạt tài sản, được quy định tại Điều 137 Bộ luật Hình sự.

Cuối tháng 7/2012, sau khi tiếp nhận được thông tin về dấu hiệu tội phạm của ông Nguyễn Hữu Khai, Báo Thanh tra đã vào cuộc xác minh và cho đăng tải loạt bài “Anh hùng hay tội đồ?”. Trong loạt bài này, chúng tôi đã phân tích rõ các dấu hiệu vi phạm pháp luật của ông Khai, đề nghị các cơ quan pháp luật vào cuộc.

Phản ứng lại việc bị phanh phui trên báo, ông Khai đã gọi điện cho tác giả đe dọa; xuất hiện nhiều cá nhân, tập thể làm đơn đề nghị Thanh tra Chính phủ, Ban Tuyên giáo Trung ương, Bộ Thông tin và Truyền thông… xử lý Báo Thanh tra vì “đưa tin sai sự thật”. Thậm chí, ông Khai còn cho đăng tải nhiều bài báo bôi nhọ tác giả Bắc Hà cùng Báo Thanh tra trên trang thông tin điện tử baolongduong.vn. Lần theo trang điện tử này, qua xác minh, chúng tôi đã phát hiện ông Khai đã tự lập trang thông tin điện tử (không xin phép cơ quan chức năng) để quảng bá thương hiệu về hoạt động y dược và đăng tải nhiều bài viết đả phá các đối tác làm ăn, các tập thể, cá nhân, đơn vị lực lượng vũ trang và cơ quan Nhà nước, với lời lẽ hằn học, bôi xấu chế độ…

Ngày 1/8/2012, Báo Thanh tra đã có Công văn số  585/BTT-BĐ gửi Giám đốc Sở Thông tin & Truyền thông Hà Nội đề nghị kiểm tra hoạt động của trang thông tin điện tử này.

Ngày 11/10/2012, Thanh tra Sở Thông tin & Truyền Hà Nội đã có Kết luận số 202/KL-TTr khẳng định, trang thông tin điện tử baolongduong.vn hoạt động khi chưa có giấy phép. Đoàn kiểm tra đã tiến hành lập biên bản vi phạm hành chính Công ty TNHH Đông Nam Dược Bảo Long với mức xử phạt 15 triệu đồng; đồng thời thu hồi tên miền baolongduong.vn. 

Sau khi bị bắt, để phục vụ công tác điều tra, ông Khai đã nhận thức ra hành vi phạm tội của mình và khắc phục hậu quả. Đồng thời trao trả tài sản đã chiếm giữ trái phép trước đó cho Bảo Sơn.

Được biết, án tuyên phạt 3 năm đối với bị cáo Khai được vận dụng ở mức thấp nhất trong khung hình phạt mà Viện Kiểm sát đề nghị.