Tháng 4/2015, Tổng cục Thủy sản nhận được đơn tố cáo về việc lãnh đạo, cán bộ Trung tâm lợi dụng chức vụ quyền hạn làm giả các giấy chứng nhận lưu hành các sản phẩm thức ăn thủy sản và sản phẩm xử lý cải tạo môi trường thủy sản để trục lợi.

Qua xác minh, Tổng cục xác định, các cá nhân có liên quan đến vụ việc đã cố ý làm sai quy định, cố tình ghép phụ lục, đưa thêm một số sản phẩm là chất xử lý cải tạo môi trường trong nuôi trồng thủy vào lưu hành.

Các đối tượng trên đã "phù phép" 3 văn bản của Tổng cục (số 758, 1526, 1789), trong đó cấp phép cho lưu hành 140 sản phẩm là thức ăn chăn nuôi và 668 sản phẩm xử lý cải tạo môi trường thủy sản vào lưu hành trái quy định của pháp luật.

Kết quả xác minh cho thấy, từ đầu năm 2013, ông Bùi Đức Quý lúc đó là Giám đốc Trung tâm, cấu kết với các cán bộ của Trung tâm là ông Nguyễn Huy Bàn, bà Đỗ Thị Hà, Phạm Hồng Quân, Vũ Thị Thu, Nguyễn Thị Hà, Nguyễn Văn Dũng và ông Lê Tuấn Anh làm giả công văn và ban hành công văn trái luật.

Mục đích là đưa tên các sản phẩm không đủ tiêu chuẩn vào bản phụ lục sản phẩm đã được cấp phép lưu hành.

Các đối tượng trên đã cố ý thực hiện hành vi vi phạm pháp luật và thực hiện hành vi vi phạm với mục đích vụ lợi. Bà Vũ Thị Thu đã chuyển tiền 2 lần cho ông Bùi Đức Quý với tổng số tiền là 912 triệu đồng.

Ông Dũng cũng chuyển tiền vào tài khoản của ông Phạm Văn Hoà (người quen của bà Thu) 3 lần với tổng số tiền là 976 triệu đồng. Số tiền này được tính trả cho ông Quý 5 triệu đồng/sản phẩm nhận làm cho doanh nghiệp.

Tổng cục Thủy sản đã ban hành văn bản thu hồi các văn bản, phụ lục văn bản bị ghép phụ lục, bị đưa thêm sản phẩm vào lưu hành. Đồng thời ban hành 4 quyết định thu hồi tiền nộp ngân sách nhà nước với số tiền là 1,176 tỷ đồng.