Tổng cục Thuế căn cứ vào yêu cầu công tác quản lý thuế, văn bản hướng dẫn lập kế hoạch thanh tra năm của Bộ Tài chính, Thanh tra Tổng cục Thuế lập danh mục người nộp thuế có mức độ rủi ro từ cao xuống thấp để đưa vào kế hoạch thanh tra năm của Tổng cục Thuế, trình Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế trước ngày 20/10 hàng năm; Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế duyệt danh mục người nộp thuế đưa vào kế hoạch thanh tra năm của Tổng cục Thuế, gửi đến Thanh tra Bộ Tài chính chậm nhất vào ngày 1/11 hàng năm.

Căn cứ quyết định của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc phê duyệt kế hoạch thanh tra năm, Thanh tra Tổng cục Thuế trình Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế ra thông báo kế hoạch thanh tra năm của Tổng cục Thuế cho Cục Thuế quản lý trực tiếp đối tượng thanh tra biết và phối hợp thực hiện.

Căn cứ hồ sơ trình duyệt kế hoạch thanh tra năm của các Cục Thuế gửi Thanh tra Tổng cục Thuế trình Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế ký quyết định phê duyệt và giao số lượng người nộp thuế đưa vào kế hoạch thanh tra thuế năm của các Cục Thuế chậm nhất vào ngày 15/12 hàng năm theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này.

Tại Cục Thuế, bộ phận thanh tra thuế căn cứ yêu cầu công tác quản lý thuế và văn bản Hướng dẫn lập kế hoạch thanh tra năm của Tổng cục Thuế, trình Cục trưởng Cục Thuế hồ sơ đề nghị duyệt kế hoạch thanh tra năm và gửi đến Tổng cục Thuế (Thanh tra Tổng cục Thuế) trước ngày 25/11 hàng năm. Hồ sơ trình duyệt kế hoạch gồm thuyết minh căn cứ lập kế hoạch; danh mục người nộp thuế được thanh tra.

Đối với việc xử lý chồng chéo trong hoạt động thanh tra, trường hợp có trùng lặp về người nộp thuế trong kế hoạch thanh tra của cơ quan Thuế cấp dưới với kế hoạch thanh tra của cơ quan Thuế cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch của cơ quan Thuế cấp trên.

Trường hợp Thanh tra Chính phủ, Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Bộ Tài chính có kế hoạch thanh tra chấp hành pháp luật về thuế trùng lặp về người nộp thuế với kế hoạch thanh tra của cơ quan Thuế thì ưu tiên kế hoạch thanh tra thuế của các cơ quan đó.

Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế chịu trách nhiệm xử lý các vấn đề chồng chéo trong hoạt động thanh tra của các đơn vị cấp dưới thuộc phạm vi quản lý phối hợp với các đơn vị liên quan trong ngành xử lý chồng chéo phát sinh; báo cáo Chánh Thanh tra Bộ Tài chính xem xét quyết định khi cần thiết.

Kế hoạch thanh tra hàng năm phải được thông báo cho người nộp thuế và cơ quan Thuế trực tiếp quản lý người nộp thuế chậm nhất là 30 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định phê duyệt kế hoạch thanh tra.

Trường hợp có điều chỉnh kế hoạch thanh tra, hoặc thay đổi kế hoạch thanh tra do trùng với kế hoạch cấp trên thì thông báo lại cho người nộp thuế.

Cơ quan Thuế các cấp khi xây dựng kế hoạch thanh tra năm cần dự tính, cơ cấu để bố trí nguồn nhân lực cho thanh tra các trường hợp đột xuất nhằm đáp ứng yêu cầu công tác quản lý thuế hàng năm và hoàn thành kế hoạch thanh tra ở mức cao nhất.

Việc xây dựng kế hoạch thanh tra đối với trường hợp người nộp thuế có phạm vi hoạt động rộng, quy mô lớn như: Tập đoàn, tổng công ty... thì phải ghi danh sách đơn vị thành viên được đưa vào kế hoạch thanh tra. Kế hoạch thanh tra năm đã được phê duyệt hoặc được điều chỉnh theo chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hoặc thủ trưởng cơ quan Thuế cấp trên.

Căn cứ chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hoặc thủ trưởng cơ quan Thuế cấp trên, cơ quan Thuế cấp dưới dự thảo nội dung điều chỉnh kế hoạch thanh tra và gửi đến người có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch thanh tra xem xét phê duyệt điều chỉnh kế hoạch thanh tra; đề xuất của thủ trưởng cơ quan Thuế được giao nhiệm vụ kế hoạch thanh tra.

Căn cứ nhiệm vụ đơn vị, yêu cầu quản lý, trong trường hợp cần thiết thủ trưởng cơ quan Thuế được giao nhiệm vụ kế hoạch thanh tra đề xuất điều chỉnh kế hoạch thanh tra hàng năm đã được phê duyệt để đảm bảo thực hiện nhiệm vụ được giao, trình người có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch thanh tra xem xét.

Về thẩm quyền phê duyệt điều chỉnh kế hoạch thanh tra hàng năm, quyết định quy định Bộ trưởng Bộ Tài chính phê duyệt điều chỉnh kế hoạch thanh tra của Tổng cục Thuế; Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế phê duyệt điều chỉnh kế hoạch thanh tra của Cục Thuế.

Nội dung, thủ tục trình phê duyệt điều chỉnh kế hoạch thanh tra được thực hiện như nội dung, thủ tục trình phê duyệt kế hoạch thanh tra năm trong đó nêu rõ lý do điều chỉnh. Hàng năm, trước ngày 30/9, cơ quan Thuế các cấp xem xét việc thực hiện kế hoạch thanh tra đã được phê duyệt, báo cáo cơ quan Thuế cấp trên về việc điều chỉnh kế hoạch thanh tra hàng năm (nếu có) trước ngày 5/10 hàng năm.

Thanh tra đột xuất, khi phát hiện cơ quan, tổ chức, cá nhân có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế; để giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế; chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa theo qui định của pháp luật; thanh tra người nộp thuế theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan Thuế các cấp hoặc Bộ trưởng Bộ Tài chính. Các trường hợp thanh tra đột xuất thực hiện theo sự phân công của lãnh đạo cơ quan Thuế.

Cần thanh tra lại các kết luận thanh tra thuế khi phát hiện có vi phạm nghiêm trọng về trình tự, thủ tục trong tiến hành thanh tra; có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi kết luận thanh tra; nội dung kết luận thanh tra không phù hợp với những chứng cứ thu thập được trong quá trình tiến hành thanh tra; người ra quyết định thanh tra, trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra, công chức được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành cố ý làm sai lệch hồ sơ vụ việc hoặc cố ý kết luận trái pháp luật; có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng của người nộp thuế chưa được phát hiện đầy đủ qua thanh tra.

Thời hiệu thanh tra lại là 1 năm, kể từ ngày ký kết luận thanh tra.

Lê Nguyên