Theo đó, đối với thuốc chữa bệnh quy định tại điểm 2.11 Mục II Phần B Thông tư 129/2008/TT-BTC, sẽ áp dụng thuế suất thuế GTGT là 5%. Trường hợp, thuốc chữa bệnh là một phần thuộc gói dịch vụ chữa bệnh thì toàn bộ khoản thu từ hoạt động chữa bệnh bao gồm cả sử dụng thuốc là đối tượng không chịu thuế GTGT.
 
Các dịch vụ trong lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí cũng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
 
Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định, đối với thu nhập từ khám chữa bệnh theo khung giá dịch vụ khám chữa bệnh; thu nhập từ dịch vụ ăn uống dinh dưỡng lâm sàng theo chế độ bệnh tật; thu nhập từ dịch vụ trong lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí, được miễn thuế TNDN.
 
Trường hợp cơ sở y tế công lập hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán được chi phí thì kê khai nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu. Cụ thể: Đối với dịch vụ: 5%; đối với kinh doanh hàng hóa: 1%; đối với hoạt động khác: 2%.
 
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 1/1/2012.

Thùy Dương