Qua thanh tra đã phát hiện sai phạm 4.228.347.574 đồng; kiến nghị thu hồi nộp ngân sách Nhà nước 2.484.585.553 đồng; thu hồi về cho đơn vị 250.693.421 đồng; xử lý khác 1.493.068.600 đồng (trong đó: Trừ thuế giá trị gia tăng 48.405.298 đồng; yêu cầu điều chỉnh sổ sách kế toán 815.931.434 đồng; yêu cầu bổ sung chứng từ 546.892.368 đồng; chấp nhận giải trình 26.070.500 đồng; yêu cầu điều chỉnh nguyên giá tài sản cố định 25.350.000 đồng; yêu cầu điều chỉnh lại mức khấu hao tài sản cố định 18.265.000 đồng; yêu cầu không thanh toán giá trị xây lắp sai quy định 12.154.000 đồng); xử phạt vi phạm hành chính 65.000.000 đồng. 

Bên cạnh đó, kiến nghị tổ chức họp kiểm điểm trách nhiệm để có hình thức xử lý đối với các cá nhân, đơn vị có liên quan đến sai phạm. 

Đến nay, đã thu hồi nộp ngân sách Nhà nước được 644.792.330 đồng, số còn lại 1.839.793.223 đồng chủ yếu là các cuộc thanh tra mới kết thúc, hiện vẫn đang trong thời hạn thu hồi.