Về nguồn gốc, khu đất của dự án mà Công ty Cổ phần Đầu tư Kinh doanh nhà thành phố làm chủ đầu tư với diện tích 6.580,7m2 thuộc sở hữu của Nhà nước được hợp khối từ các vị trí đất sau:
Vị trí nhà đất số 83 Lý Chính Thắng, quận 3 do Công ty Đầu tư Kinh doanh nhà thành phố (nay là Công ty Cổ phần Đầu tư Kinh doanh nhà thành phố, tên viết tắt là INTRESCO) quản lý sử dụng có diện tích 3.524,9 m2. Hình thức sử dụng thuê trả tiền thuê hàng năm theo Quyết định số 6026/QĐ-UB-QLĐT ngày 24/12/1996 của UBND thành phố.
Vị trí nhà đất số 81A - B Lý Chính Thắng, phường 8, quận 3 do Trường Đại học Y Dược thành phố (thuộc Bộ Y tế) quản lý, sử dụng làm trường học, có diện tích 879,5m2. Trường đã bàn giao cơ sở này cho INTRESCO theo biên bản bàn giao ngày 28/6/2016.
Vị trí nhà đất số 103 Lý Chính Thắng, phường 8, quận 3 do Trung tâm Cảnh sát Phòng cháy chữa cháy, Khu vực II thuộc Sở Cảnh sát Phòng cháy Chữa cháy thành phố HCM quản lý có diện tích 731m2. Sở Cảnh sát Phòng cháy Chữa cháy thành phố đã bàn giao cho INTRESCO theo biên bản bàn giao ngày 27/11/2014.
Vị trí nhà đất số 280 Nam Kỳ Khởi Nghĩa, phường 8, quận 3 có diện tích 917,3m2 do Công ty Quản lý Kinh doanh nhà thành phố (nay là Công ty TNHH MTV Quản lý Kinh doanh nhà thành phố) quản lý, cho thuê lại. Công ty đã bàn giao cơ sở này cho INTRESCO theo biên bản bàn giao ngày 06/6/2016.
Nhà đất số 278A Nam Kỳ Khởi Nghĩa, phường 8, quận 3 có diện tích 528m2, do Trường Mầm non 8 (cơ sở 2 thuộc UBND quận 3) quản lý. UBND quận 3 đã bàn giao cơ sở này cho INTRESCO theo biên bản bàn giao ngày 06/6/2016.
Ngày 13/11/2007, UBND thành phố có Văn bản số 7798/UBND-ĐTMT giao INTRESCO làm chủ đầu tư triển khai thực hiện dự án hợp khối 05 cơ sở nhà đất nêu trên với 02 lý do: INTRESCO có quá trình quản lý sử dụng khu nhà số 83 Lý Chính Thắng với diện tích 3.525,4m2, chiếm 53,56% trong tổng diện tích 6.582m2 hợp khối của 05 khu nhà đất và kết hợp chỉnh trang đô thị tại khu vực.
Trên cơ sở đề nghị của UBND thành phố tại Văn bản số 2848/UBND-TM ngày 16/6/2009, ý kiến của Bộ Tài chính tại Văn bản số 13637/BTC-BTC ngày 12/10/2010, ngày 02/12/2010, Thủ tướng Chính phủ có Văn bản số 2186/TTg-KTN đồng ý về nguyên tắc việc hoán đổi, sắp xếp lại các cơ sở nhà đất 81A - B đường Lý Chính Thắng, 103 và 106 Lý Chính Thắng để hợp khối thực hiện dự án đầu tư xây dựng theo quy hoạch của thành phố như đề nghị của Bộ Tài chính, Bộ Công an, Bộ Y tế và INTRESCO. Thủ tướng Chính phủ đồng ý về nguyên tắc UBND thành phố được bán chỉ định cơ sở nhà đất 278A và 280 Nam Kỳ Khởi Nghĩa cho INTRESCO theo giá thị trường để hợp khối thực hiện dự án đầu tư xây dựng theo quy hoạch của thành phố.
Ngày 31/01/2012, Thủ tướng Chính phủ có Văn bản số 01/TTg-KTN về việc xử lý một số cơ sở nhà, đất tại quận 3, thành phố HCM, trong đó có nội dung: Bộ Công an điều chuyển cơ sở nhà, đất tại số 103 Lý Chính Thắng cho UBND thành phố và bán đấu giá quyền sử dụng đất tại số 122 Trần Quốc Thảo, quận 3.
Đến thời điểm thanh tra, UBND thành phố bán chỉ định cơ sở nhà đất tại số 103 Lý Chính Thắng cho Công ty INTRESCO. Còn lại vị trí đất tại số 122 Trần Quốc Thảo chưa được UBND thành phố thực hiện đấu giá theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại văn bản bản nêu trên.
Kết quả thanh tra cho thấy, UBND thành phố có Văn bản số 7798/UBND-ĐTMT ngày 13/11/2007 giao INTRESCO là chủ đầu tư triển khai thực hiện dự án hợp khối 05 cơ sở nhà đất và Văn bản số 2848/UBND-TM ngày 16/6/2009 đề xuất và đã được Thủ tướng Chính phủ cho phép bán chỉ định cơ sở nhà đất 278A và 80 Nam Kỳ Khởi Nghĩa cho INTRESCO.
Trên cơ sở đề nghị của Hội đồng Thẩm định giá đất thành phố tại Tờ trình số 11051/TTr-HĐTĐG ngày 08/12/2014, UBND thành phố có Quyết định số 6142/QĐ-UBND ngày 17/12/2014 phê duyệt giá trị quyền sử dụng đất tại 5 mặt bằng hợp khối là 786.659 triệu đồng.
Căn cứ quy định tại Điểm a, Khoản 1, Điều 23 Nghị định số 52/2009/NĐ-CP ngày 03/6/2009 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước và các quy định khác liên quan, ngày 08/10/2016, UBND thành phố ban hành Quyết định số 5278/QĐ-UBND thu hồi đất và giao đất cho INTRESCO.
Hết thời hạn được gia hạn nộp tiền vào ngày 22/7/2016, đến thời điểm thanh tra, chủ đầu tư vẫn còn nợ tiền sử dụng đất của 5 địa chỉ hợp khối nêu trên 264.602 triệu đồng. Đến ngày 25/9/2017, chủ đầu tư mới thực hiện xong nghĩa vụ tài chính về đất. Cơ quan có thẩm quyền của thành phố chưa xác định cụ thể tiền chậm nộp và quyết định phạt chậm nộp theo quy định tại Khoản 4, Điều 14 Nghị định 45/2014/NĐ-CP của Chính phủ.
Hiện nay, dự án đã xây dựng xong và đưa vào khai thác, sử dụng, Thanh tra Chính phủ kiến nghị UBND thành phố Hồ Chí Minh chỉ đạo thực hiện việc thu phạt chậm nộp tiền sử dụng đất theo đúng quy định của pháp luật (tính từ thời điểm giao đất đến khi hoàn thành nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước), không để thất thoát tiền của ngân sách Nhà nước. Kiểm tra, rà soát việc bán đấu giá vị trí nhà đất tại 122 Trần Quốc Thảo theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Văn bản số 01/TTg-KTN ngày 31/01/2012 và quy định của pháp luật.