Theo kết luận thanh tra, ngày 31/10/2014, Trung tâm Bảo tồn, phát triển giải trí biển thuộc Ban Quản lý vịnh Hạ Long có Văn bản số 68/ĐX-TT4 đề xuất đầu tư nhà điều hành phục vụ công tác quản lý, bảo tồn gửi lãnh đạo Ban Quản lý vịnh Hạ Long. Trưởng ban giao Ban Quản lý dự án trực thuộc Ban Quản lý vịnh Hạ Long chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan đề xuất cụ thể phương án.
Ngày 28/12/2014, Ban Quản lý vịnh Hạ Long ban hành Quyết định số 872/QĐ-BQLVHL phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công, dự toán công trình Nhà quản lý, điều hành đảo Bái Đông với nội dung: Xây mới nhà quản lý, điều hành đảo Bái Đông diện tích 12m²; giá trị xây lắp 99,5 triệu đồng; nguồn vốn đầu tư từ Quỹ Phát triển hoạt động sự nghiệp của Ban.
Ngày 31/12/2014, Ban Quản lý vịnh Hạ Long ban hành Quyết định số 898/QĐ-BQL chỉ định Công ty Cổ phần Xây dựng phát triển Phùng Hưng thi công công trình theo hình thức hợp đồng trọn gói, giá trị chỉ định thầu 99,5 triệu đồng…
Cùng ngày, Ban Quản lý vịnh Hạ Long ký Hợp đồng số 60/HĐ-TCXD với Công ty Cổ phần Xây dựng phát triển Phùng Hưng để thi công công trình nhà quản lý, điều hành đảo Bái Đông.
Ngày 1/1/2015, Ban Quản lý vịnh Hạ Long bàn giao mặt bằng cho công ty. Tiếp đó, ngày 25/1/2015, Ban Quản lý vịnh Hạ Long nghiệm thu khối lượng hoàn thành công trình.
Ban Quản lý vịnh Hạ Long đã nghiệm thu hoàn thành công trình, bàn giao đưa vào sử dụng, phê duyệt hồ sơ quyết toán, thực hiện quyết toán 99,5 triệu đồng và thanh lý hợp đồng với Công ty Cổ phần Xây dựng phát triển Phùng Hưng tháng 8/2015. Công trình được theo dõi trên sổ sách kế toán của Ban Quản lý vịnh Hạ Long để tính hao mòn hàng năm với hạng mục nhà điều hành trên đảo Bái Đông từ năm 2015.
Về nội dung quyết toán công trình, ngày 27/6/2016, UBND TP Hạ Long ban hành Kết luận số 3297/KL-UBND về thanh tra công tác quản lý và sử dụng tài chính, ngân sách năm 2015 tại Ban Quản lý vịnh Hạ Long và kiến nghị thu hồi 10,03 triệu đồng về ngân sách Nhà nước.
Công ty Cổ phần Xây dựng phát triển Phùng Hưng đã nộp tiền theo kiến nghị của UBND TP Hạ Long.
Đối với việc thực hiện công tác đầu tư công trình trên đảo Bái Đông, kết luận của Thanh tra tỉnh Quảng Ninh chỉ rõ, Trung tâm Bảo tồn, phát triển giải trí biển đề xuất xây dựng nhà điều hành trên đảo Bái Đông không đúng chức năng nhiệm vụ được giao.
Ban Quản lý vịnh Hạ Long phê duyệt đầu tư dự án Nhà điều hành trên đảo Bái Đông không đúng thẩm quyền quy định tại điểm b khoản 1 Điều 17 Nghị định số 70/2012/NĐ-CP ngày 18/9/2012 của Chính phủ; không phù hợp quy hoạch bảo tồn và phát huy giá trị di sản vịnh Hạ Long được quy định tại Điều 6 Quyết định số 498/2007/QĐ-UBND về quy chế quản lý vịnh Hạ Long.
Chỉ định Công ty Cổ phần Xây dựng phát triển Phùng Hưng thi công nhà điều hành mà không có hồ sơ yêu cầu; công ty không có hồ sơ đề xuất theo hồ sơ yêu cầu, chưa có thương thảo hợp đồng... không đảm bảo quy định tại Điều 55 Nghị định số 63/2014/NĐ-CP ngày 26/6/2014.
Đặc biệt, hợp đồng giữa Ban Quản lý vịnh Hạ Long với Công ty Cổ phần Xây dựng phát triển Phùng Hưng về xây dựng (lập ngày 31/12/2014), áp dụng căn cứ Nghị định số 32/2015/NĐ-CP ngày 25/3/2015 của Chính phủ về quản lý chi phí đầu tư xây dựng (có hiệu lực từ ngày 10/5/2015) không đảm bảo tính pháp lý, có dấu hiệu hợp thức hóa hồ sơ để thực hiện quyết toán công trình vào tháng 8/2015 (thể hiện tại Hóa đơn giá trị gia tăng số 0000075 ngày 20/8/2015 và ủy nhiệm chi chuyển khoản, chuyển tiền điện tử ngày 25/8/2015 cho Công ty Cổ phần Xây dựng phát triển Phùng Hưng).
Ngoài ra, hồ sơ bản vẽ thiết kế thi công công trình nhà điều hành do Ban Quản lý vịnh Hạ Long lập và đơn vị thi công là Công ty Cổ phần Xây dựng phát triển Phùng Hưng không đủ điều kiện năng lực theo quy định tại Điều 5 Thông tư số 18/2012/TT-BVHTTDL ngày 28/12/2012 của Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch về điều kiện năng lực và điều kiện hành nghề khi tham gia lập quy hoạch di tích, dự án tu bổ di tích, báo cáo kinh tế - kỹ thuật tu bổ di tích, thiết kế tu bổ di tích và thi công tu bổ di tích.
Kết luận thanh tra khẳng định, các tồn tại, vi phạm đã nêu thuộc trách nhiệm của Ban Quản lý vịnh Hạ Long, Trưởng Ban Quản lý vịnh (giai đoạn trước thời điểm Ban Quản lý vịnh trực thuộc UBND TP Hạ Long); trực tiếp tham mưu chính là Ban Quản lý dự án, Phòng Tài chính Kế hoạch, Văn phòng và Trung tâm Bảo tồn phát triển giải trí biển.