Về thanh tra tại trụ sở người nộp thuế, theo quy trình, căn cứ vào kế hoạch thanh tra năm, lãnh đạo Bộ phận thanh tra phân công công chức thanh tra tiến hành tập hợp tài liệu, phân tích xác định nội dung thanh tra theo mẫu. Bộ phận thanh tra, công chức thanh tra không được yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin tài liệu mà khai thác thông tin, tài liệu đã có tại cơ quan Thuế như: Tài liệu, hồ sơ về đăng ký, kê khai, nộp thuế, báo cáo sử dụng hóa đơn... của người nộp thuế đã nộp cho cơ quan Thuế.

Căn cứ kết quả xác định nội dung thanh tra, lãnh đạo bộ phận thanh tra dự kiến thành lập đoàn thanh tra gồm: Trưởng đoàn thanh tra; các thành viên đoàn thanh tra; trường hợp cần thiết có phó trưởng đoàn thanh tra, để trình lãnh đạo cơ quan Thuế phê duyệt Quyết định thanh tra theo mẫu (số 03/KTTT ban hành theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính).

Hồ sơ trình ban hành quyết định thanh tra gồm tờ trình lãnh đạo cơ quan Thuế; dự thảo quyết định thanh tra (bao gồm nội dung và phạm vi thanh tra); nội dung phân tích theo mẫu; tài liệu khác có liên quan (nếu có).

Đối với trường hợp thanh tra đột xuất thì dự thảo quyết định thanh tra phải trình kèm theo hồ sơ: chứng cứ liên quan đến dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế đối với thanh tra cơ quan, tổ chức, cá nhân có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế;  đơn thư khiếu nại tố cáo, thông tin, tài liệu thu thập qua xác minh về nội dung khiếu nại, tố cáo đối với thanh tra theo đơn thư khiếu nại, tố cáo; phải có văn bản đề nghị của người nộp thuế đối với thanh tra để giải quyết việc chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể phá sản, cổ phần hóa.

Đối với thanh tra lại các kết luận thanh tra thuế thì dự thảo quyết định phải trình kèm theo hồ sơ xác định vụ việc thuộc các trường hợp: Có vi phạm nghiêm trọng về trình tự, thủ tục trong tiến hành thanh tra; có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi kết luận thanh tra; nội dung kết luận thanh tra không phù hợp với những chứng cứ thu thập được trong quá trình tiến hành thanh tra; người ra quyết định thanh tra, trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra công chức được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành cố ý lam sai lệch hồ sơ vụ việc hoặc cố ý kết luận trái pháp luật; có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng của người nộp thuế chưa được phát hiện đầy đủ qua thanh tra.

Trường hợp người nộp thuế có các đơn vị thành viên thì dự thảo quyết định thanh tra phải ghi cụ thể danh sách đơn vị thành viên được thanh tra. Việc xác định thời hạn thanh tra tùy thuộc vào tính chất của mỗi cuộc thanh tra nhưng không quá 45 ngày làm việc đối với một cuộc thanh tra do Tổng cục Thuế tiến hành, không quá 30 ngày, làm việc đối với một cuộc thanh tra do Cục Thuế.

Bộ phận hành chính của cơ quan Thuế thực hiện gửi quyết định thanh tra cho người nộp thuế bằng thư bảo đảm có hồi báo cho cơ quan Thuế chậm nhất là 3 (ba) ngày làm việc kể từ khi ban hành quyết định thanh tra.

Trường hợp cần thiết phải bổ sung thêm thời gian thanh tra thì chậm nhất 5  ngày làm việc trước khi kết thúc thời hạn thanh tra theo quyết định, trưởng đoàn thanh tra phải báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra để trình lãnh đạo cơ quan Thuế ra quyết định gia hạn thanh tra.

Quyết định thanh tra chỉ được gia hạn một lần, dưới hình thức Quyết định theo mẫu (số 18/KTTT ban hanh theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính), đảm bảo nguyên tắc tổng thời gian thanh tra (gồm cả thời gian gia hạn) đối với cuộc thanh tra do Tổng cục Thuế tiến hành không quá 70 ngày làm việc; tổng thời gian thanh tra (gồm cả thời gian gia hạn) đối với cuộc thanh tra do Cục Thuế tiến hành không quá 45 ngày làm việc…

Trường hợp bãi bỏ quyết định thanh tra, hoãn thanh tra; trường hợp quyết định thanh tra đã được ký ban hành nhưng vì lý do bất khả kháng không tiến hành được thanh tra (phải bãi bỏ thanh tra) như: Người nộp với lý do bất khả kháng, hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền đang điều tra thì trưởng đoàn thanh tra phải báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra trình lãnh đạo cơ quan Thuế ký ban hành quyết định bãi bỏ Quyết định thanh tra thuế theo mẫu (số 19/KTTT ban hành theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính).

Trường hợp khi nhận được quyết định thanh tra, người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành thanh tra, trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị, trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra để trình lãnh đạo cơ quan Thuế ra văn bản thông báo cho người nộp thuế biết về việc chấp nhận hay không chấp nhận hoãn thời gian thanh tra; trường hợp hoãn thanh tra từ phía cơ quan Thuế thì phải có công văn thông báo cho người nộp thuế biết lý do hoãn, thời gian hoãn, thời gian bắt đầu tiến hành lại cuộc thanh tra để người nộp thuế biết.

B.B.Đ