Nghị định này quy định chi tiết về tổ chức quản lý và các chế độ (bao gồm chế độ ăn, mặc, ở, sinh hoạt, liên lạc, thăm gặp, nhận quà, khám bệnh, chữa bệnh, chi phí mai táng) đối với người chấp hành án phạt trục xuất, người nước ngoài bị áp dụng hình thức xử phạt vi phạm hành chính là trục xuất và người nước ngoài đã chấp hành xong án phạt tù lưu trú tại cơ sở lưu trú của Bộ Công an trong thời gian chờ làm thủ tục xuất cảnh (gọi chung là người lưu trú).

Trong đó, về tổ chức quản lý người lưu trú, người lưu trú phải ở tập trung tại cơ sở lưu trú và chịu sự quản lý, giám sát của cơ sở lưu trú, được phổ biến Nội quy cơ sở lưu trú và các quy định của pháp luật về quản lý và thực hiện các chế độ đối với người lưu trú. Cơ sở lưu trú tổ chức tiếp nhận, quản lý người có quyết định đưa vào cơ sở lưu trú và bàn giao người lưu trú ra khỏi cơ sở lưu trú theo đúng quy định của pháp luật và Bộ Công an.

Cơ sở lưu trú thực hiện các quy định về canh gác, dẫn giải, quản lý chặt chẽ người lưu trú trong thời gian lưu trú; xây dựng phương án và tổ chức các biện pháp bảo vệ an toàn cơ sở lưu trú; phối hợp truy tìm người lưu trú bỏ trốn khỏi cơ sở lưu trú; kiểm tra thư, bưu phẩm, tiền mặt, giấy tờ có giá, đồ vật của người lưu trú nhằm phát hiện, ngăn chặn, xử lý đồ vật cấm mang vào cơ sở lưu trú; tiếp nhận, trả lời đơn thư, đề nghị cung cấp thông tin liên quan đến cơ sở lưu trú, người lưu trú và quản lý hồ sơ, cơ sở dữ liệu của người lưu trú theo quy định của pháp luật.

Trường hợp người lưu trú vi phạm Nội quy cơ sở lưu trú, chống đối, không chấp hành sự hướng dẫn của cán bộ cơ sở lưu trú thì phải lập biên bản, có người chứng kiến và tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, cán bộ cơ sở lưu trú giải thích các quy định của pháp luật về việc quản lý và thực hiện chế độ, chính sách đối với người lưu trú, yêu cầu họ chấp hành Nội quy cơ sở lưu trú và mệnh lệnh của cán bộ cơ sở lưu trú; trường hợp cần thiết, cán bộ cơ sở lưu trú tiến hành sử dụng các biện pháp theo quy định của pháp luật để khống chế, cách ly người lưu trú sang phòng riêng, vô hiệu hóa hành vi chống đối của người lưu trú, phòng ngừa, ngăn chặn người lưu trú bỏ trốn, có hành vi gây nguy hiểm đến tính mạng, sức khỏe của bản thân, người lưu trú khác hoặc cán bộ cơ sở lưu trú; hủy hoại tài sản của cơ sở lưu trú. Thời gian quản lý tại phòng riêng do Trưởng cơ sở lưu trú quyết định.

Cơ sở lưu trú phải báo ngay cho cơ quan thi hành án hình sự Công an cấp tỉnh nơi có cơ sở lưu trú để thông báo cho cơ quan thi hành án hình sự Công an cấp tỉnh nơi lập hồ sơ thi hành án, Tòa án đã ra quyết định thi hành án (đối với trường hợp người lưu trú là người chấp hành án phạt trục xuất) hoặc Cục Quản lý xuất nhập cảnh hoặc Giám đốc Công an cấp tỉnh nơi lập hồ sơ đề nghị trục xuất (đối với người nước ngoài bị áp dụng hình thức xử phạt vi phạm hành chính là trục xuất) để phối hợp, giải quyết...

Trường hợp hành vi vi phạm của người lưu trú có dấu hiệu tội phạm thì cơ sở lưu trú phải báo ngay cho cơ quan điều tra có thẩm quyền để khởi tố, điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật. Trong thời gian chờ các quyết định của cơ quan tiến hành tố tụng có thẩm quyền, cơ sở lưu trú phải quản lý chặt chẽ, không để người lưu trú bỏ trốn, tự sát hoặc vi phạm Nội quy cơ sở lưu trú. Đồng thời, thông báo cho cơ quan thi hành án hình sự Công an cấp tỉnh nơi có cơ sở lưu trú để thông báo cho các cơ quan nêu trên biết, phối hợp giải quyết.