Chậm nhất 15 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc thanh tra, trưởng đoàn thanh tra phải có báo cáo kết quả thanh tra với lãnh đạo bộ phận thanh tra thuế theo mẫu số 08/QTTTr ban hành kèm theo quy trình này, để lãnh đạo bộ phận thanh tra thuế cho ý kiến trước khi trình lãnh đạo Cơ quan Thuế, đồng thời dự thảo kết luận thanh tra theo mẫu của Bộ Tài chính.

Trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo kết quả thanh tra kèm theo dự thảo kết luận thanh tra, lãnh đạo Cơ quan Thuế thực hiện ký kết luận thanh tra (trừ trường hợp nội dung kết luận thanh tra phải chờ kết luận của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền).

Trong quá trình ra văn bản kết luận thanh tra, lãnh đạo Cơ quan Thuế có quyền yêu cầu trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra báo cáo, yêu cầu người nộp thuế giải trình để làm rõ thêm những vấn đề cần thiết phục vụ cho việc ký, ban hành kết luận thanh tra.

Hồ sơ trình ký ban hành kết luận thanh tra gồm có báo cáo kết quả thanh tra của đoàn thanh tra; dự thảo kết luận thanh tra; dự thảo quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế theo mẫu (số 20/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính); biên bản thanh tra; các tài liệu giải trình khác liên quan đến nội dung kết luận thanh tra (nếu có).

Công khai kết luận thanh tra khi lãnh đạo Cơ quan Thuế có trách nhiệm tổ chức việc công bố kết luận thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế cùng với người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế. Trường hợp cần thiết có thể ủy quyền cho trưởng đoàn thanh tra công bố kết luận thanh tra theo mẫu số 09/QTTTr; việc công bố kết luận thanh tra được lập thành biên bản theo mẫu số 10/QTTTr phải có chữ ký của lãnh đạo Cơ quan Thuế hoặc trưởng đoàn thanh tra (trường hợp được ủy quyền) và người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế; kết luận thanh tra và quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế phải được gửi cho người nộp thuế, Cơ quan Thuế quản lý trực tiếp (trường hợp Cơ quan Thuế cấp trên tiến hành thanh tra); đối với thanh tra lại: Kết luận thanh tra lại của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế gửi đến Thanh tra Bộ Tài chính.

Kết luận thanh tra lại của Cục trưởng Cục Thuế gửi đến Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế; trường hợp xử lý hành vi vi phạm về thuế vượt quá thẩm quyền của lãnh đạo Cơ quan Thuế thì trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày ký kết luận thanh tra, quyết định xử lý vi phạm về thuế, lãnh đạo Cơ quan Thuế ra văn bản đề nghị người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Trường hợp trong quá trình thực hiện thanh tra nếu phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm thì đoàn thanh tra lập biên bản tạm dừng thanh tra tại đơn vị và có ngay văn bản báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra, dự thảo văn bản trình lãnh đạo Cơ quan Thuế chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra theo qui định của pháp luật.

Việc chuyển hồ sơ, vụ việc cho cơ quan điều tra phải được thực hiện bằng văn bản theo mẫu số 14/QTTTr ban hành kèm theo quy trình này và khi bàn giao hồ sơ phải lập biên bản giao nhận hồ sơ theo mẫu số 15/QTTTr ban hanh kèm theo.

Trong thời hạn đến 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp vào ngân sách Nhà nước (NSNN) các khoản kiến nghị qua thanh tra theo kết luận thanh tra, quyết định xử lý vi phạm về thuế qua thanh tra mà người nộp thuế chưa nộp vào NSNN, bộ phận thanh tra thực hiện. Hàng tháng mở số theo dõi, đôn đốc việc thực hiện kết luận thanh tra quyết định xử lý qua thanh tra theo từng quyết định thanh tra do đoàn thanh tra thuộc bộ phận mình tiến hành thanh tra (mẫu số 16/QTTTr ban hành kèm theo quy trình này). Trưởng bộ phận thanh tra giao cho trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm đôn đốc (theo hình thức điện thoại) người nộp thuế thực hiện nộp các khoản thuế, tiền chậm nộp tiền thuế, tiền phạt... vào NSNN đúng thời hạn theo như kết luận thanh tra, quyết định xử lý qua thanh tra.

Phối hợp với bộ phận kê khai theo dõi, đôn đốc người nộp thuế (theo quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và kế toán thuế) thực hiện nộp các khoản thuế truy thu, truy hoàn, tiền chậm nộp tiền thuế, tiền phạt theo kết quả thanh tra vào NSNN trong thời hạn phải nộp theo quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra.

Phối hợp với bộ phận quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế để đôn đốc người nộp thuế (theo quy trình quản lý nợ thuế) thực hiện nộp các khoản thuế truy thu, truy hoàn, tiền chậm nộp tiền thuế, tiền phạt theo kết quả thanh tra vào NSNN khi quá thời hạn phải nộp theo kết luận thanh tra, quyết định xử lý qua thanh tra đến 90 ngày mà người nộp thuế chưa nộp vào NSNN.

Lê Nguyên