Theo Kết luận thanh tra số 855/KL-TTCP, UBND TP. Hà Nội đã không xây dựng phương án tổng thể về đền bù, giải phóng mặt bằng... dẫn đến sai sót, quá trình thực hiện phải điều chỉnh tổng mức đầu tư tăng hơn 60% (hơn 1.300 tỉ đồng). UBND TP. Hà Nội và quận Hoàng Mai phê duyệt đền bù đất nông nghiệp thành đất ở chưa đúng quy định cho 559 hộ với tổng giá trị gần 500 tỉ đồng; bố trí tái định cư chưa đúng đối tượng cho 505 hộ với tổng diện tích đất trên 35.000 m2.

Ngoài ra, TTCP cũng xác định có 5 phường thuộc quận Hoàng Mai được đền bù đất công nhưng chưa nộp ngân sách theo quy định 2,8 tỉ đồng. Quá trình thực hiện dự án có nhiều hạng mục, tiểu dự án được bổ sung, phát sinh và điều chỉnh thiết kế với khối lượng quá lớn gây khó khăn cho quản lý dự án, làm chậm tiến độ dự án hơn 5 năm.

Đáng chú ý, công tác lập, thẩm định, trình duyệt thiết kế, tổng mức đầu tư có nhiều khuyết điểm, sai phạm dẫn đến tổng mức đầu tư thiếu chính xác, lớn hơn thực tế cả về khối lượng và giá trị lên tới trên 1.000 tỉ đồng. Bộ GTVT phê duyệt, PMU Thăng Long thanh toán, hạch toán một số khoản tiền không đúng quy định gần 8 tỉ đồng gồm thanh toán sai tại gói thầu số 3 và 3A, chi và chi phí cho dự án khoản lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi. TTCP kiến nghị về xử lý kinh tế, trong đó, Bộ GTVT và Ban QLDA Thăng Long xem xét, xử lý đối với những khoản tiền có vi phạm phát hiện qua thanh tra với tổng giá trị là 13,786 tỷ đồng. UBND TP. Hà Nội báo cáo Thủ tướng Chính phủ xin ý kiến chỉ đạo và xử lý đối với các khoản chi phí đền bù và bố trí tái định cư chưa đúng quy định với số tiền hơn 499 tỷ đồng và 45.426 m2 đất tại quận Hoàng Mai. Thu hồi ngân sách Nhà nước khoản tiền 2,8 tỷ đồng do việc đền bù đất công cho 5 phường thuộc quận Hoàng Mai; Bộ GTVT, Ban QLDA Thăng Long phối hợp với UBND TP. Hà Nội chỉ đạo và xử lý đối với 23.437 m2 đất còn dư không bố trí tái định cư thuộc quận Hoàng Mai và Long Biên để thu hồi vốn cho ngân sách Nhà nước theo quy định.

Cũng tại văn bản chỉ đạo về việc thực hiện kết luận sau thanh tra, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, riêng việc điều chỉnh, bổ sung dự án, điều chỉnh thiết kế nút giao Quốc lộ 5 và khoản chi phí lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi thực hiện theo kiến nghị của Bộ GTVT tại Văn bản số 2865. Việc bồi thường, hỗ trợ đối với 550 chủ sử dụng đất ở phường Yên Sở và 9 hộ tại phường Trần phú, quận Hoàng Mai thực hiện theo kiến nghị của UBND TP. Hà Nội tại Văn bản số 67. Báo cáo kết quả thực hiện trong Quý III/2011.
                                    Đan Quế