Vịnh Hạ Long có diện tích 1.553km², bao gồm 1.969 hòn đảo lớn nhỏ; được xếp hạng là Di tích quốc gia đặc biệt và được UNESCO công nhận là Di sản thiên nhiên thế giới.
Khu vực di sản được UNESCO công nhận có diện tích 434km2, gồm 775 hòn đảo lớn nhỏ, là khu vực I được bảo vệ tuyệt đối. Trong đó, có các địa điểm nằm trong tuyến 4 vịnh Hạ Long - vịnh Bái Tử Long, gồm: Khu vực Hang Cỏ, Hang Thầy; khu vực Cống Đỏ; khu vực Hòn Xếp, Cống Đầm; khu vực Cát Oăn và hang Trinh Nữ thuộc tuyến du lịch số 2 trên vịnh Hạ Long. Ban Quản lý vịnh Hạ Long là đơn vị được giao trực tiếp quản lý, bảo tồn các khu vực này.
Tiến hành thanh tra, Thanh tra tỉnh Quảng Ninh cho biết, Công ty Cổ phần Du thuyền Đông Dương và Công ty TNHH Du thuyền BHAYA là những doanh nghiệp khám phá, giới thiệu, khai thác các điểm tham quan, du lịch tại tuyến 4 và tuyến 2 thuộc phạm vi vịnh Hạ Long.
Các D.A đã được UBND tỉnh Quảng Ninh cấp giấy chứng nhận đầu tư, nhằm góp phần đa dạng dịch vụ trên các tuyến du lịch của vịnh Hạ Long; đáp ứng nhu cầu tham quan, trải nghiệm của khách du lịch.
Quá trình triển khai thực hiện D.A, chủ đầu tư còn chậm thực hiện một số trình tự, thủ tục. Đến thời điểm thanh tra, vẫn chưa thực hiện xong; dẫn đến, D.A chậm tiến độ theo quy định tại quyết định phê duyệt chủ trương đầu tư, quyết định phê duyệt D.A.
Cụ thể, đối với D.A sản phẩm dịch vụ du lịch tại tuyến 4, vịnh Hạ Long - vịnh Bái Tử Long, kết luận thanh tra chỉ rõ, Sở Văn hóa và Thể thao chưa thực hiện hết trách nhiệm do UBND tỉnh giao về việc bổ sung quy hoạch Hang Cỏ, khu vực Cát Oăn, bổ sung vị trí thực hiện D.A vào quy hoạch chi tiết bảo tồn và phát huy giá trị Di sản vịnh Hạ Long đến năm 2020. Đến nay, quy hoạch này đã hết hiệu lực; do vậy, việc bổ sung không thể thực hiện được.
Sở Kế hoạch và Đầu tư chưa sát sao trong đôn đốc, giám sát tiến độ triển khai, đánh giá đầu tư đối với D.A. D.A có thời gian triển khai trong năm 2016 nhưng đến khi Tỉnh uỷ, UBND tỉnh Quảng Ninh có chỉ đạo rà soát các D.A chậm tiến độ thì Sở mới có các văn bản đôn đốc, hướng dẫn đối với chủ đầu tư (năm 2018).
Đặc biệt, đã tham mưu, thẩm định báo cáo trình UBND tỉnh phê duyệt quyết định phê duyệt chủ trương đầu tư và quyết định điều chỉnh chủ trương đầu tư khi chưa có văn bản thoả thuận của Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch về việc lấy ý kiến thoả thuận liên quan đến việc phê duyệt chủ trương lập D.A theo quy định.
UBND TP Hạ Long chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm trong quản lý Nhà nước đối với D.A sản phẩm du lịch tại tuyến 4 của Công ty Cổ phần Du thuyền Đông Dương; nhất là công tác thanh tra, kiểm tra việc quản lý sử dụng đất, mặt nước trên vịnh Hạ Long theo quy định pháp luật.
Ngoài ra, công tác xử lý vi phạm đối với việc xây dựng trái phép của Công ty Cổ phần Du thuyền Đông Dương trên khu vực Hang Cỏ và hòn Cây Chanh chưa chặt chẽ, cho dù nhiều lần Ban Quản lý vịnh Hạ Long đã báo cáo việc vi phạm của chủ đầu tư.
Đáng nói, việc xử lý các vi phạm tại hòn Cây Chanh (đối diện Hang Thầy) không kịp thời, khi xử lý thì quá thời hạn xử phạt vi phạm hành chính (quá 2 năm); ban hành quyết định cưỡng chế, tuy nhiên, đến nay đã 4 năm trôi qua nhưng chưa tổ chức thực hiện triệt để. Đối với các vi phạm tại Hang Cỏ, chỉ có văn bản nhắc nhở, không thực hiện xử lý các vi phạm.
Ban Quản lý vịnh Hạ Long và Sở Tài chính đã tham mưu UBND tỉnh ban hành Quyết định số 3366/QĐ-UBND, ngày 31/12/2014, quy định thu phí tham quan danh lam thắng cảnh vịnh Hạ Long, Bái Tử Long (trong đó, mức thu phí tham quan Hang Cỏ là 30.000 đồng/người/lượt và thực hiện thu từ 1/2/2015); đã thực hiện bố trí điểm thu phí tại Hang Cỏ. Tuy nhiên, khu vực Hang Cỏ không nằm trong quy hoạch chi tiết bảo tồn và phát huy giá trị Di sản vịnh Hạ Long đến năm 2020, việc tham mưu là chưa có cơ sở.
Đối với Công ty Cổ phần Du thuyền Đông Dương, đã triển khai D.A chậm tiến độ (đến thời điểm thanh tra quá 7 năm); không chủ động phối hợp với cơ quan chức năng thực hiện triển khai các trình tự, thủ tục đầu tư theo đúng quy định của pháp luật về di sản văn hóa, đầu tư, biển, môi trường và nội dung chỉ đạo của UBND tỉnh.
Không thực hiện báo cáo tiến độ đầu tư cho các cơ quan chức năng theo quy định để thực hiện việc giám sát, đôn đốc trong quá trình đầu tư. Đã tự ý cải tạo, xây dựng các công trình khi không có sự cho phép của cơ quan có thẩm quyền; hành vi chiếm đất di sản văn hoá trên các khu vực tuyến 4 (hòn Cây Chanh và Hang Cỏ) thuộc phạm vi bảo vệ tuyệt đối của vịnh Hạ Long vi phạm Luật Di sản; không chấp hành các quy định của UBND TP Hạ Long xử lý hành vi vi phạm.
Tại D.A đầu tư và khai thác hang Trinh Nữ, kết luận thanh tra cũng chỉ rõ, đối với Công ty TNHH Du thuyền BHAYA, trong quá trình thực hiện D.A đã thi công không đúng một phần theo hồ sơ báo cáo kinh tế kỹ thuật đã được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thỏa thuận và được UBND TP Hạ Long phê duyệt.
Tự ý thay đổi chủng loại vật tư, biện pháp thi công mà không báo cáo cấp có thẩm quyền cho phép điều chỉnh, dẫn đến không đúng theo hồ sơ báo cáo kinh tế kỹ thuật đã được phê duyệt; chưa hoàn thiện các thủ tục được giao khu vực biển; chưa thực hiện thủ tục để được cấp phép cập tàu bến tender và bãi tắm theo quy định.
Đối với UBND TP Hạ Long, chưa thực hiện hết trách nhiệm trong việc giám sát thi công, để cho chủ đầu tư đã tự ý thay đổi một số chủng loại vật tư, biện pháp thi công.
Căn cứ kết quả thanh tra, Chánh Thanh tra tỉnh Quảng Ninh kiến nghị, UBND tỉnh có văn bản chỉ đạo các sở: Kế hoạch và Đầu tư; Văn hóa và Thể thao; Tài chính; Ban Quản lý vịnh Hạ Long; UBND TP Hạ Long kiểm điểm trách nhiệm trong công tác tham mưu quản lý Nhà nước về lĩnh vực được giao đối với các vi phạm của D.A sản phẩm du lịch tại tuyến 4 vịnh Hạ Long - vịnh Bái Tử Long và D.A Đầu tư và khai thác hang Trinh Nữ trên vịnh Hạ Long.