Một số D.A chưa phát huy hết công suất, sản lượng điện chỉ đạt trung bình 65% công suất thiết kế. Không ít D.A thuỷ điện đang trong giai đoạn đầu tư xây dựng bên cạnh khó khăn về vốn còn gặp khó khăn về giải phóng mặt bằng nên chậm tiến độ thi công...

Hiệu quả tích cực của các công trình thuỷ điện là không thể phủ nhận. Nhưng, thực tế có không ít công trình đã tác động tiêu cực đến môi trường sinh thái và đời sống người dân. Trong quá trình thi công, đất đá tại các khu vực này sạt lở làm phá vỡ cảnh quan thiên nhiên. D.A thuỷ điện Sử Pán 2, thuỷ điện Ngòi Phát... chưa thực hiện việc duy trì dòng chảy tối thiểu, làm thiếu nguồn nước sau đập nhà máy, thay đổi dòng chảy, hư hỏng hạ tầng.

Một số D.A khi triển khai thi công các hạng mục công trình đã phải thu hồi đất rừng, trong đó có cả rừng tự nhiên, rừng phòng hộ nên ảnh hưởng không nhỏ đến nguồn tài nguyên rừng, tài nguyên nước và diện tích che phủ của rừng. Việc thi công xây dựng các D.A thuỷ điện cũng tác động không nhỏ đến đất đai, ruộng nước, nhà cửa, hoa màu của người dân.

Bên cạnh đó, các chủ D.A thủy điện có hồ chứa nước lớn có tác dụng điều tiết nước về mùa khô, để cắt và chống lũ về mùa mưa cho hạ du đã không tiến hành quan trắc hoặc hợp đồng với cơ quan có thẩm quyền quan trắc các yếu tố khí tượng thủy văn, dự báo lưu lượng nước về hồ chứa phục vụ công tác phòng, chống bão lụt, an toàn đập, quy trình vận hành và công tác điều hành nhà máy thủy điện theo quy định.

Không những vậy, nhiều D.A còn chưa thống kê, dự báo lượng chất thải nguy hại phát sinh và thực hiện việc đăng ký chủ nguồn thải theo quy định của Bộ Tài nguyên và Môi trường. Điển hình như D.A thủy điện Bắc Hà chưa có giấy phép khai thác mặt nước của cơ quan có thẩm quyền cấp; chủ đầu tư (CĐT) D.A cũng chưa tổ chức thu dọn 1.000m³ đất đá dưới lòng sông phía sau đập.

D.A thủy điện Cốc San không tổ chức thu gom, tiêu hủy chất thải sinh hoạt, không đăng ký tận thu sử dụng đá thải đào từ đường hầm để xây dựng đập và làm đường giao thông với cơ quan có thẩm quyền.

 D.A thủy điện Nậm Phàng do Cty Cổ phần Tập đoàn đầu tư IPA (IPA Investments) làm CĐT tại xã Nậm Khánh, huyện Bắc Hà với số vốn lên đến 811 tỷ đồng đã hoàn thành đi vào hoạt động và chính thức hòa vào lưới điện quốc gia. Trong quá trình thực hiện, CĐT đã không thực hiện cắm mốc hành lang bảo vệ hồ chứa trình UBND tỉnh phê duyệt…

Các đơn vị thi công xây dựng công trình thủy điện Sử Pán 2 và thủy điện Séo Chung Hô trong quá trình thực hiện đã không bảo đảm đúng các yêu cầu về kỹ thuật, không có các phương án đổ đất đá nên ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống sinh hoạt, vùi lấp ruộng vườn, nương trồng thảo quả của nhân dân các thôn: Bản Rèn, Hoàng Liên và Séo Chung Hô.

Đất đá thải không chỉ bị các đơn vị thi công đổ xuống ruộng vườn, nương thảo quả của các hộ dân mà còn đổ bừa bãi xuống dòng suối Mường Hoa, phá vỡ cảnh quan thiên nhiên, ảnh hưởng đến môi trường sống. Không chỉ vậy, các CĐT D.A trên còn không có giấy phép khai thác sử dụng nước mặt, quy trình vận hành hồ chứa của cơ quan có thẩm quyền không thực hiện cắm mốc hành lang an toàn hồ chứa…