Còn nhiều hạn chế Theo Thanh tra Bộ, công tác kiểm soát chất lượng vật tư nông nghiệp và an toàn thực phẩm nông, lâm, thủy sản còn nhiều hạn chế. Việc kiểm tra, kiểm soát tiêm phòng, chống thất thoát vaccine, hóa chất khử trùng tiêu độc thực hiện còn chưa tốt. Kiểm soát chưa chặt việc vận chuyển gia súc, gia cầm, sản phẩm động vật, đặc biệt là hàng nhập lậu qua biên giới. Việc cấp giấy kiểm dịch vận chuyển trong nước còn lỏng lẻo, ký khống.Quy định giết mổ tập trung gia súc, gia cầm thực hiện chưa nghiêm, chưa bảo đảm vệ sinh thú y trong quá trình giết mổ và vận chuyển sản phẩm động vật, nhất là ở các tỉnh phía Bắc. Ông Nguyễn Như Tiệp, Cục trưởng Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản cho biết: Kết quả xếp loại các cơ sở sản xuất - kinh doanh 9 tháng của năm 2012 cho thấy, tỷ lệ cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm được kiểm tra đánh giá lần đầu xếp loại C còn cao (59,4%); tỷ lệ chăn nuôi loại C là 80,76%. Số cơ sở loại C được tái kiểm tra thấp và tỷ lệ xếp loại C còn cao (cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm 90,9%; sản xuất kinh doanh thuốc bảo vệ thực vật 96%). “Các tổng cục, cục chuyên ngành cần chỉ đạo quyết liệt các địa phương hơn nữa để hoạt động kiểm tra, đánh giá cơ sở sản xuất - kinh doanh vật tư nông nghiệp, nông lâm thủy sản được duy trì thường xuyên, bài bản, từng bước cải thiện chất lượng vật tư nông nghiệp đến tay người dân” - ông Tiệp nhấn mạnh.Bên cạnh đó, còn tồn tại hiện tượng sản xuất thuốc thú y ngoài danh mục, thuốc kém chất lượng và vi phạm nhãn mác, bao gồm cả thuốc thú y thủy sản, hóa chất, chế phẩm sinh học, chất xử lý và cải tạo môi trường nuôi trồng thủy sản. “Việc ngăn chặn nhập lậu động vật, sản phẩm động vật và hàng thủy sản không bảo đảm an toàn dịch bệnh, không bảo đảm chất lượng chưa quyết liệt”, ông Trần Phúc Đình, Phó Chánh Thanh tra Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết. Dư lượng thuốc bảo vệ thực vật tồn dư trong rau quả vẫn xảy ra, nhất là rau quả nhập khẩu. Thuốc bảo vệ thực vật ngoài danh mục, thuốc giả, kém chất lượng, vi phạm nhãn mác xảy ra phổ biến. Nguyên liệu và thức ăn chăn nuôi nhập khẩu mới được đưa vào mặt hàng kiểm tra chất lượng đã phát hiện nhiều lô hàng vi phạm như: Chất lượng thức ăn chăn nuôi kém, thức ăn bổ sung không có trong danh mục được phép lưu hành, đặc biệt là sử dụng chất cấm… Phân bón giả, phân kém chất lượng khó kiểm soát. Bộ trưởng Cao Đức Phát (giữa) dự và chủ trì hội nghịSớm ban hành ấn chỉ xử phạt vi phạm hành chính trong thanh tra, kiểm traTrong khi đó, hoạt động thanh tra còn vấp phải nhiều vướng mắc trong xử phạt vi phạm hành chính. Một số hành vi vi phạm trên thực tế chưa được điều chỉnh trong nghị định xử phạt như chất xử lý cải tạo môi trường trong lĩnh vực thủy sản. Một số hành vi vi phạm có mức phạt thấp, không đủ sức răn đe như: Sản xuất chất xử lý cải tạo môi trường trong nuôi trồng thủy sản không có trong danh mục được phép lưu hành… Đặc biệt, mức xử phạt phân bón giả thấp hơn phân bón kém chất lượng… Một số nghị định xử phạt chậm sửa đổi, bổ sung như Nghị định Xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thức ăn chăn nuôi…Bàn về vấn đề này, đại diện Thanh tra Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội khẳng định: Các hoạt động thanh tra, kiểm tra bao bì ,nhãn mác thuốc bảo vệ thực vật, danh mục thuốc thú y, thức ăn chăn nuôi… gặp khó khăn do các quy định còn nhiều bất cập, chưa thực tế, một số nội dung có được quy định xử phạt hành chính hoặc quy định đã cũ, mức xử phạt quá thấp không đủ sức răn đe, cần sớm sửa đổi. Đặc biệt, xử phạt vi phạm hành chính trong thanh tra, kiểm tra lĩnh vực đê điều, thủy lợi vô cùng phức tạp, khó khăn, nhất là khi phải tiến hành cưỡng chế. Để nâng cao hiệu quả hoạt động, đại diện Thanh tra Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội đề nghị sớm ban hành ấn chỉ trong xử phạt vi phạm hành chính trong thanh tra, kiểm tra lĩnh vực nông nghiệp.Thời gian tới, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ đẩy mạnh công tác thanh tra trên các mặt quản lý, tập trung chủ yếu vào lĩnh vực quản lý chất lượng vật tư nông nghiệp và an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản.Bộ sẽ trình Chính phủ cho phép xây dựng Nghị định về tổ chức và hoạt động Thanh tra Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; nghiên cứu ban hành bộ hồ sơ xử lý vi phạm hành chính về chuyên ngành để thống nhất thực hiện trong toàn ngành Nông nghiệp và phát triển nông thôn. Trong năm 2011 và 9 tháng của năm 2012, Thanh tra Bộ đã triển khai 30 đoàn thanh tra, trong đó có 16 đoàn thanh tra đột xuất. Qua thanh tra đã kiến nghị xử lý với số tiền vi phạm hơn 7,5 tỷ đồng. Trong đó, thu hồi nộp ngân sách Nhà nước hơn 5,9 tỷ đồng, giảm trừ quyết toán hơn 1,4 tỷ đồng. Thanh tra Bộ đã phối hợp với các cục và chi cục ban hành gần 6.000 quyết định xử phạt vi phạm hành chính, tổng số tiền phạt hơn 10,6 tỷ đồng. Các hành vi vi phạm chủ yếu ở  lĩnh vực: Vật tư nông nghiệp kém chất lượng, hàng giả, hàng cấm lưu hành, sai nhãn mác hàng hóa; thực phẩm nhập khẩu không ghi thời hạn sử dụng; sản phẩm động vật không đạt tiêu chuẩn vệ sinh thú y, thực vật nhập khẩu không có giấy kiểm dịch của nước xuất khẩu, có đối tượng kiểm dịch như mọt TG mà vẫn nhập vào Việt Nam… Các tổng cục và cục đã tổ chức 125 cuộc thanh tra, kiểm tra, kiến nghị thu hồi hơn 6,5 tỷ đồng và xử phạt vi phạm hành chính hơn 116 tỷ đồng. Thanh tra chuyên ngành Nông nghiệp và phát triển nông thôn tại các địa phương đã thực hiện thanh tra, kiểm tra hơn 73 ngàn cơ sở, đơn vị. Qua thanh tra, đã quyết định xử phạt vi phạm hành chính với số tiền xử phạt nộp ngân sách nhà nước hơn 115,6 tỷ đồng.