Ban Chỉ đạo làm việc theo nguyên tắc tập trung dân chủ, đề cao trách nhiệm người đứng đầu và phát huy trí tuệ tập thể của các thành viên; bảo đảm yêu cầu phối hợp chặt chẽ, thống nhất trong chỉ đạo, điều hành và trao đổi thông tin giải quyết công việc theo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan (có thành viên Ban Chỉ đạo) được pháp luật quy định.
Thành viên Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, có trách nhiệm tham gia đầy đủ các hoạt động của Ban Chỉ đạo, thực hiện và chịu trách nhiệm trước Trưởng ban về những nhiệm vụ được phân công.
Văn phòng Thanh tra Chính phủ là đơn vị thường trực giúp việc Ban Chỉ đạo, có nhiệm vụ tham mưu; xây dựng các báo cáo, kế hoạch, chương trình làm việc của Ban Chỉ đạo; thành lập tổ giúp việc Ban Chỉ đạo, đề xuất sử dụng kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo đảm bảo đúng quy định.
Ban Chỉ đạo chỉ đạo, đôn đốc và kiểm tra các cơ quan, đơn vị được phân công chủ trì, phối hợp trong quá trình thực hiện các nhiệm vụ của đề án. Chủ trì tổ chức đánh giá kế quả thực hiện, sơ kết, tổng kết trong quá trình triển khai thực hiện đề án để báo cáo, đề xuất Tổng Thanh tra Chính phủ báo cáo Thủ tướng Chính phủ. Ban Chỉ đạo hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm trong thời gian thực hiện triển khai đề án; các thành viên Ban Chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ theo sự phân công của Trưởng Ban Chỉ đạo và Ban Chỉ đạo tự giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ.
Trưởng Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ tổ chức thực hiện công việc thuộc chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Chỉ đạo, chịu trách nhiệm trước Tổng Thanh tra Chính phủ về kết quả thực hiện công việc được giao. Phân công nhiệm vụ cho các thành viên của Ban Chỉ đạo; kiểm tra, đôn đốc các thành viên Ban Chỉ đạo, các cơ quan, đơn vị liên quan trong quá trình thực hiện nhiệm vụ. Chỉ đạo các thành viên Ban Chỉ đạo và các cục, vụ, đơn vị liên quan chuẩn bị nội dung chương trình, kế hoạch chi tiết triển khai đề án. Kiến nghị, đề xuất với Tổng Thanh tra Chính phủ quyết định việc sử dụng nguồn lực tài chính, các điều kiện vật chất khác bảo đảm cho việc triển khai thực hiện Đề án.
Trong trường hợp cần thiết, Trưởng Ban Chỉ đạo uỷ quyền cho Phó Trưởng ban Thường trực giải quyết các công việc thuộc thẩm quyền của Trưởng ban.
Nội dung quy chế cũng nêu rõ nhiệm vụ, quyền hạn của Phó Trưởng ban Thường trực trong việc giúp Trưởng ban trực tiếp điều phối các hoạt động của Ban Chỉ đạo và chịu trách nhiệm trước Trưởng ban về toàn bộ hoạt động của Ban Chỉ đạo; thay mặt Trưởng ban chủ trì và điều phối hoạt động chung của Ban khi Trưởng ban vắng mặt hoặc được Trưởng ban uỷ quyền; chủ trì các cuộc họp của Ban Chỉ đạo theo sự uỷ quyền của Trưởng ban. Chịu trách nhiệm trước Trưởng ban về tiến độ, kết qủa thực hiện nhiệm vụ được giao; Tham mưu cho Trưởng ban để kiến nghị Chính phủ phương hướng, biện pháp triển khai thực hiện các vấn đề liên quan việc triển khai đầu tư xây dựng hệ thống cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin đáp ứng yêu cầu của đề án; xây dựng hệ thống công nghệ thông tin (trung tâm dữ liệu, máy tính, thiết bị số hoá bản khai, thiết bị lưu trữ, cài đặt phần mềm…); thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Trưởng ban…
Các thành viên của Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ chấp hành sự phân công nhiệm vụ của Trưởng ban và chịu trách nhiệm về tiến độ, kết quả thực hiện nhiệm vụ được phân công; chủ động nghiên cứu, tham mưu với Trưởng ban về nội dung lĩnh vực của đề án được phân công; báo cáo Trưởng ban về tiến độ, kết quả thực hiện nhiệm vụ và những khó khăn, vướng mắc (nếu có). Báo cáo kịp thời công việc và ý kiến giải quyết của Ban Chỉ đạo cho Thủ trưởng cơ quan nơi công tác về các công việc thuộc phạm vi trách nhiệm của bộ, ngành mình; đề xuất, kiến nghị với Ban Chỉ đạo các chủ trương, giải pháp, cơ chế, chính sách để triển khai thực hiện nhiệm vụ theo kế hoạch đối với các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của bộ, ngành…
Theo Quy chế, Ban Chỉ đạo họp trực tiếp hoạc trực tuyến định kỳ một quý 1 lần; trường hợp cần thiết, Trưởng ban triệu tập họp đột xuất. Thành viên Ban Chỉ đạo có trách nhiệm báo cáo, cung cấp đầy đủ, kịp thơi, chính xác các thông tin, tài liệu liên qua đến việc triển khai Đề án về bộ phận thường trực Ban Chỉ đạo để phục vụ công tác báo cáo định kỳ, đột xuất. Các phiên họp của Ban Chỉ đạo phải được thông báo bằng văn bản về nội dung, thời gian và địa điểm ít nhất trước 3 ngày làm việc và kèm theo các tài liệu liên quan.