Tình trạng kinh doanh kém hiệu quả, thua lỗ, thiếu minh bạch về tài chính của DNNN, đặc biệt là các tập đoàn kinh tế, tổng Cty Nhà nước lớn, theo các chuyên gia kinh tế, bên cạnh năng lực cán bộ, quản trị doanh nghiệp yếu kém, thiếu chiến lược đầu tư lâu dài, nặng về mục tiêu trước mắt… là do DNNN được hưởng quá nhiều ưu đãi về quyền lợi và nghĩa vụ. Từ lợi thế được hỗ trợ vốn Nhà nước, vay vốn ưu đãi Nhà nước, tiếp cận đất đai thuận lợi giá thấp, ưu đãi thuế… đến quyền ghi thu, ghi chi; kinh doanh độc quyền các ngành, hàng Nhà nước quản lý (nắm và chi phối quyền, cơ hội kinh doanh): Điện, than, xăng dầu, dầu khí, các loại quặng…; quyền định giá, đấu thầu… Ngoài ra, việc bổ nhiệm, miễn nhiệm các chức danh lãnh đạo tập đoàn kinh tế, tổng Cty Nhà nước đều do bộ chủ quản hoặc Chính phủ quyết định.

Trong khi đó, cơ chế quản lý, giám sát của Nhà nước còn chưa chặt chẽ, hiệu lực chưa cao. Cụ thể, các cơ quan giám sát, quản lý thị trường thuộc bộ, mà bộ đó lại có xu hướng bảo vệ cho các tập đoàn, tổng Cty có liên quan nên dễ dàng bỏ qua. Hoặc, đại diện chủ sở hữu trong DNNN, Bộ Tài chính quản lý cũng là chủ DN; bộ chuyên ngành cũng quản lý DN; thậm chí, hội đồng quản trị cũng một phần đại diện chủ sở hữu rồi cử một vài cá nhân làm đại diện chủ sở hữu. Cuối cùng, DNNN vẫn là sở hữu chung, không có trách nhiệm rõ ràng. Do đó, khi có sự việc xảy ra thường đổ lỗi cho nhau. Vấn đề công khai minh bạch cũng chưa có quy chế chặt chẽ, nghiêm khắc để các DNNN thực hiện.

Vì vậy, các tập đoàn kinh tế, DNNN dễ tự tung, tự tác mà không sợ chịu trách nhiệm. Kinh doanh thua lỗ đã có Nhà nước bù, hoặc xin tăng giá, không sợ phá sản DN. Cũng xuất phát từ cơ chế xin - cho cùng các mối quan hệ trên - dưới đã tạo cơ hội cho nạn tham nhũng phát triển. Theo đó, tài sản, tiền vốn của Nhà nước bị lợi dụng, thất thoát ngày một lớn vì lợi ích cá nhân, lợi ích nhóm.

Chính vì thế, việc tái cơ cấu DNNN, theo các chuyên gia, trước hết là phải loại bỏ mọi đặc quyền. Đồng thời, chỉ giữ lại một số DNNN then chốt ở một số ngành nhất định, chuyển những ngành, lĩnh vực kinh doanh còn lại cho các thành phần kinh tế khác tham gia, trên cơ sở có cơ chế quản lý, giám sát, kiểm soát của Nhà nước chặt chẽ, minh bạch, có hiệu lực. Có như vậy, mới tạo ra sự bình đẳng, lành mạnh giữa DNNN với DN ngoài Nhà nước, thúc đẩy tăng trưởng kinh tế nhanh, bền vững.