Trong quá trình hoạt động, DNTN Thanh Tòng đã gây ô nhiễm môi trường (ONMT) nghiêm trọng, liên tục và kéo dài, ảnh hưởng đến sức khỏe, hoạt động sản xuất của người dân xung quanh. Trước đó, Chủ tịch UBND tỉnh Sóc Trăng đã xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường đối với DNTN Thanh Tòng số tiền 157,5 triệu đồng và buộc phải áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả đối với ONMT đã gây ra. Tuy nhiên, DN vẫn chưa thực hiện quyết định xử phạt.

Quyết định của UBND tỉnh còn buộc DN đầu tư công trình xử lý môi trường (biogas); thực hiện các biện pháp xử lý triệt để mùi hôi và ruồi trong thời hạn 5 ngày và buộc xử lý nước thải phát sinh từ chăn nuôi đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn quy định trước khi thải ra môi trường bên ngoài. Các biện pháp khắc phục ONMT phải thực hiện trong thời hạn tối đa 90 ngày, kể từ ngày triển khai quyết định áp dụng hình thức tạm đình chỉ hoạt động.

PT