Tuy nhiên, khi loại bỏ các khoản chi cho khoa học an ninh quốc phòng và các nhiệm vụ đặc biệt, tỷ lệ chi cho KHCN ở các địa phương và trên toàn quốc chỉ là 1% của tổng NSNN. Chẳng hạn năm 2022, dự kiến chi cho KHCN là 9.140 tỷ đồng, chiếm 1,086% của ngân sách Trung ương. Số kinh phí này được phân bổ cho khoảng 2.000 tổ chức KHCN ngoài công lập, 1.600 tổ chức công lập, bao gồm 261 trường đại học và 141.000 nhà khoa học.
Điều này cho thấy số vốn khiêm tốn đó lại được phân bổ rất dàn trải, chủ yếu duy trì bộ máy và những hoạt động thiết yếu trong nghiên cứu. Mặt khác, thấp hơn so với một số nước trong khu vực. Họ có mức chi cho KHCN cao hơn chúng ta. Điều này đặt ra thách thức lớn trong việc hướng đích tới việc chuyển đổi mạnh mẽ về chất lượng KHCN trong tương lai.
Trên thực tế việc kêu gọi nguồn kinh phí dành cho phát triển KHCN vẫn tiềm năng, nhưng gặp nhiều khó khăn. Nghị định 95/2014/NĐ-CP quy định doanh nghiệp Nhà nước trích từ 3% đến 10% thu nhập tính thuế để lập quỹ phát triển KHCN, nhưng việc giải ngân gặp phức tạp do các quy trình, nên ít đơn vị thực hiện.
Doanh nghiệp ngoài công lập cũng được phép trích tối đa 10% thu nhập tính thuế để lập quỹ phát triển KHCN, nhưng cần có cơ chế khuyến khích để tạo lợi ích hai chiều khi hợp tác với các cơ sở nghiên cứu và trường đại học. Bởi lẽ họ bỏ vốn đầu tư thuê các đơn vị nghiên cứu thì cũng cần đòi hỏi những sản phẩm khoa học đáp ứng nhu cầu doanh nghiệp, dứng dụng sinh lợi cho doanh nghiệp, chứ không phải chỉ để sản phẩm sau nghiệm thu trong ngăn kéo tủ.
Tuy nhiên khoa học là hoạt động không phải tác động tới lợi ích doanh nghiệp trực tiếp, mà cần có quá trình bàn giao, thử nghiệm, ứng dụng, và có cả những rủi ro. Với tư duy kinh tế, ít doanh nghiệp bỏ tiền thuê nghiên cứu để cải tiến công nghệ phù hợp với điều kiện của mình mà lại ẩn chứa rủi ro như vậy. Họ thường chọn mua công nghệ nước ngoài, hoặc sử dụng các kết quả nghiên cứu đã được công nhận là thành phẩm áp dụng vào thực tiễn, bởi vậy hiện nay chưa có một sự bắt tay hiệu quả giữa doanh nghiệp và các đơn vị khoa học. Thành thử vốn cho nghiên cứu khoa học ở các khu vực tư nhân, vẫn chỉ là dạng tiềm năng, ít được khai thác, xã hội hóa.
Để thúc đẩy phát triển KHCN, cần tập trung đầu tư vào phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao, lĩnh vực nghiên cứu cơ bản và các ngành công nghiệp nền tảng. Về mặt pháp lý, cơ chế, cần giải phóng cho hoạt động nghiên cứu khoa học khỏi những thủ tục qua việc sửa đổi, bổ sung các luật và văn bản pháp quy để thúc đẩy hoạt động thu hút vốn cho KHCN và đổi mới sáng tạo.
Hơn nữa cần có chính sách thu hút và phát triển nhân tài, triển khai từ Trung ương đến địa phương, việc trọng dụng tập trung đặc biệt tại các cơ sở giáo dục đại học và viện nghiên cứu. Đối với những cơ sở này, cần thử nghiệm các chính sách đột phá về thu nhập, môi trường nghiên cứu, và đầu tư cơ sở vật chất để có môi trường làm việc hiện đại, đáp ứng các hoạt động nghiên cứu khoa học.