Năm 2012, Bộ NN&PTNT đã ban hành 5.936 quyết định xử phạt vi phạm hành chính về chất lượng vật tư nông nghiệp với số tiền 10,761 tỷ đồng.

Các vi phạm chủ yếu là vi phạm chất cấm trong thức ăn chăn nuôi, hóa chất xử lý cải tạo môi trường nuôi trồng thủy sản, phân bón không có trong danh mục, kém chất lượng và vi phạm về nhãn hàng hóa.

Các địa phương trên cả nước cũng đã tổ chức nhiều đợt thanh tra, kiểm tra trên quy mô lớn với nhiều sản phẩm vật tư nông nghiệp và nông, lâm, thủy sản. Theo báo cáo từ 46 Sở NN&PTNT, trong năm 2012 các đơn vị đã tổ chức kiểm tra 12.086 lượt cơ sở sản xuất, kinh doanh nông, lâm, thủy sản, trong đó có 961 cơ sở vi phạm (chiếm 18,7%).

Tổng số mẫu nông sản nguồn gốc thực vật là 5.330 mẫu, trong đó có 36 mẫu (0,7%) vi phạm chỉ tiêu vi sinh vật (Salmonella, E.Coli…) và 364 mẫu (6,8%) nhiễm dư lượng thuốc bảo vệ thực vật và nitrate vượt ngưỡng giới hạn cho phép. Tổng số mẫu thịt lấy là 1.434 mẫu, trong đó có 372 mẫu (26%) vi phạm chỉ tiêu vi sinh vật và 70 mẫu (4,9%) vi phạm chỉ tiêu hóa chất cấm trong chăn nuôi (Salbutamol, Chloramphenicol). Tổng số mẫu thủy sản là 1.902 mẫu, trong đó có 127 mẫu (6,7%) vi phạm chỉ tiêu vi sinh vật, 10 mẫu (0,5%) vi phạm chỉ tiêu kim loại nặng, histamine, 98 mẫu (5%) vi phạm hóa chất, kháng sinh cấm.

Qua kiểm tra 7.177 cơ sở sản xuất, kinh doanh vật tư nông nghiệp, đã phát hiện 910 cơ sở vi phạm, chiếm 13%.

Theo Thanh tra Bộ NN&PTNT, trong năm 2012, số lượng các cơ sở thanh tra, kiểm tra tăng mạnh, tuy nhiên số cơ sở vi phạm và số mẫu vi phạm có giảm so với năm 2011; số lượng mẫu nông sản đặc biệt rau và thịt nhiễm hóa chất, kháng sinh cấm đã giảm so với năm 2011 cho thấy nhận thức, ý thức trách nhiệm của người sản xuất kinh doanh đã phần nào thay đổi đáng kể. Tuy nhiên lực lượng thanh tra, kiểm tra tại tuyến huyện, xã quá mỏng dẫn đến việc kiểm tra chỉ tập trung ở tuyến tỉnh.