Trạm BOT này đang thu phí hoàn vốn cho dự án hầm Phú Gia và hầm Phước Tượng với mức thấp nhất là 35.000 đồng cho xe con. 

Do gộp thêm việc thu phí cho các dự án hầm Hải Vân nên được điều chỉnh lên 70.000 đồng với xe con, xe dưới 2 tấn.

Mức cao nhất là 240.000 đồng với xe tải từ 18 tấn trở lên, xe chở hàng bằng container 40 feet.

Trước đó theo hợp đồng ký giữa Bộ GTVT với nhà đầu tư trạm thu phí Bắc Hải Vân thu phí hoàn vốn cho hầm đường bộ Hải Vân và hầm đường bộ Phước Tượng - Phú Gia với mức thu phí thấp nhất là 90.000 đồng/xe/lượt. Chủ phương tiện có quyền lựa chọn, nếu đi lên đèo Hải Vân thì không phải trả phí. Các hộ dân trong khu vực ảnh hưởng sẽ được miễn giảm phí theo quy định.

Tuy nhiên, để thu hút dòng xe đi qua hầm, công ty CP Đèo Cả đã hạ mức phí thấp nhất xuống còn 70.000 đồng/lượt/xe cho cả 2 dự án.

Hiện nay, phí qua hầm đường bộ đã được Bộ GTVT phê duyệt với mức tối đa là 110.000 đồng/lượt xe con tiêu chuẩn (mức thấp nhất). 

Công ty CP đầu tư Đèo Cả tiếp nhận và quản lý, vận hành hầm Hải Vân 1 và đầu tư mở rộng hầm Hải Vân 2 từ ngày 1/1/2016. Theo phương án ký kết với Bộ GTVT sau khi hoàn thành dự án sửa chữa nâng cấp hầm Hải Vân 1 và sửa chữa, cải tạo mặt đường 25km trên tuyến đường đèo vào tháng 8/2017 thì doanh nghiệp được đặt trạm thu phí Nam Hải Vân để hoàn vốn. 

Tuy nhiên, trạm thu phí Nam Hải Vân dự kiến cách trạm Bắc Hải Vân hiện có khoảng 12km nên Bộ GTVT quyết định bỏ trạm thu phí Nam Hải Vân, và cho phép chủ đầu tư thu gộp với trạm Bắc Hải Vân....