Kết quả cho thấy, bên cạnh việc các đơn vị chấp hành theo quy trình xây dựng cơ bản theo quy định, vẫn còn những tồn tại, thiếu sót: Lập dự toán không đúng quy định; áp sai đơn giá; nghiệm thu giá trị xây lắp chưa chính xác, như dự án cải tạo và nâng cấp trụ sở UBND huyện Thanh Trì; dự án cứng hóa đê Tả Tích, xã Tích Giang; công trình đường Tam Hiệp, xã Hiệp Thuận (huyện Phúc Thọ); thanh toán khối lượng sai so với thực tế thi công; tự ý thay đổi thiết bị so với thiết kế được duyệt; thời gian thi công kéo dài (công trình nhà lớp học 2 tầng, 8 phòng Trường THCS xã Thọ Lộc, huyện Phúc Thọ); thẩm định, phê duyệt quyết toán kéo dài (công trình chợ trung tâm huyện Phúc Thọ)… 

Qua thanh tra đã phát hiện, kiến nghị thu hồi, nộp ngân sách Nhà nước và loại khỏi giá trị nghiệm thu thanh quyết toán 3,5 tỷ đồng.