Về khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với những DN có mua hàng hóa, sử dụng hóa đơn đầu vào trực tiếp của DN và DN trung gian ngừng kinh doanh, bỏ trốn khỏi địa điểm kinh doanh có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp nhưng chưa có kết luận chính thức của cơ quan thuế hoặc các cơ quan chức năng (bao gồm cả trường hợp phát hiện dấu hiệu vi phạm trước ngày Bộ Tài chính ban hành Công văn số 7527/BTC-TCT) được quy định cụ thể: Trường hợp DN chưa được giải quyết hoàn thuế thì tạm dừng hoàn thuế theo hướng dẫn tại điểm 3 Công văn số 13706/BTC-TCT. Chỉ thực hiện tạm dừng đối với số hàng hóa của hóa đơn có dấu hiệu vi phạm đang được cơ quan chức năng thanh tra, điều tra; số hàng hóa không thuộc diện có dấu hiệu vi phạm được thực hiện khấu trừ, hoàn thuế đầy đủ, kịp thời theo quy định.

Trường hợp DN đã được hoàn thuế thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho DN biết để kê khai điều chỉnh thuế GTGT.

Trường hợp DN khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định pháp luật thì DN phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ kê khai, hoàn thuế GTGT của mình. Trên cơ sở đó, cơ quan thuế thực hiện thanh tra tại DN để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định. Trong quá trình thanh tra tại DN, cơ quan thuế quản lý DN phải phối hợp với cơ quan thuế trực tiếp quản lý DN có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp để kiểm tra hồ sơ kê khai thuế của DN này, xác minh, kết luận hành vi vi phạm của DN liên quan đến các hóa đơn mà DN mua đã sử dụng để kê khai khấu trừ, hoàn thuế GTGT.

Đối với các trường hợp qua thanh tra, kiểm tra phát hiện có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan thuế thực hiện lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự, theo dõi, xử lý theo hướng dẫn tại Công văn số 16465/BTC-PC ngày 27/11/2013 của Bộ Tài chính về việc chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để kiến nghị truy cứu trách nhiệm hình sự…

Trường hợp DN có sử dụng hóa đơn của các DN liên quan đến các DN trung gian khâu trước có dấu hiệu vi phạm về sử dụng hóa đơn bất hợp pháp thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho DN biết để DN tự kê khai điều chỉnh thuế GTGT nếu DN mua bán hàng hóa trước đó có vi phạm.

Trường hợp DN tự kiểm tra, đối chiếu với các khách hàng liên quan khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định pháp luật thì DN phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ kê khai, hoàn thuế GTGT của mình. Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế cho DN theo đúng quy trình, thủ tục quy định và phải tổ chức thực hiện kiểm tra ngay sau đó theo đúng quy định.

Thùy Dương (Nguồn: Tổng cục Thuế)