Trong đó, Dự thảo Luật Thuế GTGT (sửa đổi) vẫn giữ nguyên 26 nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, nhưng đã thu hẹp các hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Cụ thể, sẽ có 7 hàng hóa, dịch vụ trong 26 nhóm này thuộc đối tượng được đề xuất không chịu GTGT.Đáng lưu ý, tại dự thảo Luật sửa đổi quy định về thuế đối với mặt hàng phân bón, tàu khai thác thủy sản tại vùng khơi, vùng biển và các loại máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp. Đối với mặt hàng phân bón, Luật Thuế GTGT hiện hành quy định mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. 7 hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT (i) phân bón; (ii) máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp; (iii) tàu đánh bắt xa bờ; (iv) lưu ký chứng khoán; (v) dịch vụ tổ chức thị trường của sở giao dịch chứng khoán hoặc trung tâm giao dịch chứng khoán; (vi) dịch vụ bưu chính, viễn thông công ích và Internet phổ cập theo chương trình của Chính phủ; (vii) dịch vụ duy trì vườn thú, vườn hoa, công viên, cây xanh đường phố, chiếu sáng công cộng.  Trong quá trình thực hiện quy định nêu trên, các DN sản xuất phân bón đã kiến nghị sửa đổi quy định này do DN không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả hoạt động đầu tư, mua sắm tài sản cố định (TSCĐ) phục vụ cho hoạt động sản xuất phân bón mà phải tính vào chi phí sản phẩm, khiến giá thành tăng và lợi nhuận giảm; bất lợi trong cạnh tranh với phân bón nhập khẩu. Bên cạnh đó, với việc khó khăn về nguồn vốn nên DN không chủ động trong đầu tư, mở rộng sản xuất.Cùng với kiến nghị của DN sản xuất phân bón, Bộ Tài chính cũng nhận được kiến nghị của Bộ Công Thương, Hiệp hội Phân bón cũng phản ánh khó khăn của DN sản xuất phân bón và đề nghị chuyển phân bón sang đối tượng chịu thuế GTGT thuế suất 5%.Nhiều đoàn Đại biểu Quốc hội cũng có kiến nghị gửi đến Bộ trưởng Bộ Tài chính đề nghị sửa đổi chính sách thuế GTGT đối với mặt hàng phân bón theo hướng chuyển mặt hàng phân bón từ đối tượng không chịu thuế GTGT sang đối tượng chịu thuế GTGT thuế suất 5%.Các ý kiến này cho rằng, kinh nghiệm quốc tế cho thấy, mặt hàng phân bón là mặt hàng phục vụ sản xuất nông nghiệp nên chính sách thuế GTGT (hoặc thuế hàng hóa dịch vụ, thuế bán hàng) của nhiều nước được thiết kế theo hướng ưu đãi hơn so với các mặt hàng thông thường khác.Chính phủ nhiều nước đã thông qua các chính sách và chương trình hỗ trợ trên các phương diện khác nhau nhằm tạo điều kiện thuận lợi và thúc đẩy sự phát triển ngành phân bón, trong đó chính sách hỗ trợ về thuế cũng là công cụ thường được các nước sử dụng. Tuy nhiên, cách thức thiết kế của các nước cũng rất khác nhau. Một số nước không thu thuế GTGT/thuế bán hàng đối với mặt hàng phân bón như Thái Lan, Lào, Myanmar, Philippines, Pakistan, Mỹ…Một số nước có thu thuế GTGT/thuế bán hàng đối với mặt hàng phân bón nhưng với mức thuế suất thấp hơn thuế suất phổ thông, ví dụ như Trung Quốc, Romania, Croatia, Ấn Độ,…Tiếp thu ý kiến cả các tổ chức, cá nhân và các bộ, ngành, đồng thời để vừa thúc đẩy ngành sản xuất phân bón trong nước cạnh tranh được với phân bón nhập khẩu vừa thực hiện mục tiêu thu hẹp đối tượng không chịu thuế GTGT, Bộ Tài chính trình Chính phủ quy định áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 5% đối với phân bón tại điểm b khoản 2 Điều 9 dự thảo Luật.Bộ Tài chính cho biết, thống kê số thu về thuế GTGT trong những năm qua luôn chiếm tỷ lệ cao trong tổng số thu NSNN cũng như chiếm tỷ lệ cao trong tổng số thu về thuế. Cụ thể: Năm 2014 khoảng 26,9%, năm 2019 khoảng 23,3%, năm 2020 khoảng 22,7%, năm 2021 khoảng 23,6% (năm 2020, 2021 chịu ảnh hưởng bởi dịch Covid-19), năm 2022 khoảng 24,5%.Như vậy, qua 15 năm thực hiện, Luật Thuế GTGT đã đạt được các kết quả quan trọng. Trong đó, đáng lưu ý, từ năm 2013 đến năm 2022, mặc dù nền kinh tế trong nước gặp nhiều khó khăn, thách thức do ảnh hưởng bởi kinh tế thế giới nhưng số thu về thuế GTGT vẫn được bảo đảm, tăng trưởng đều qua các năm và ổn định về tỷ trọng thu thuế GTGT trong tổng số thu NSNN.Bộ Tài chính trình Chính phủ quy định áp dụng thuế suất 5% đối với một số hàng hóa đối với máy móc, thiết bị dùng trong nông nghiệpĐiều chỉnh thống nhất mức thuế 5% đối với máy móc, thiết bị dùng trong nông nghiệpĐể vừa thúc đẩy DN sản xuất, lắp ráp các mặt hàng máy móc, thiết bị nông nghiệp cạnh tranh bình đẳng với hàng nhập khẩu cùng loại, đồng bộ với pháp luật thủy sản, minh bạch và thuận lợi trong thực hiện, luật hóa quy định đã được thực hiện ổn định tại văn bản dưới luật và vừa thực hiện mục tiêu thu hẹp đối tượng không chịu thuế GTGT, tại Dự thảo Luật Thuế GTGT (sửa đổi) lần này, Bộ Tài chính trình Chính phủ quy định áp dụng thuế suất 5% đối với một số hàng hóa đối với máy móc, thiết bị dùng trong nông nghiệp.Theo Bộ Tài chính, đối với máy móc, thiết bị chuyên dùng cho nông nghiệp; tàu khai thác thủy sản tại vùng khơi, vùng biển, Luật Thuế GTGT hiện hành quy định máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp; tàu đánh bắt xa bờ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Điều chỉnh thống nhất mức thuế 5% Cụ thể:Tàu khai thác thủy sản tại vùng khơi, vùng biển; máy cày; máy bừa; máy phay; máy rạch hàng; máy bạt gốc; thiết bị san phẳng đồng ruộng; máy gieo hạt; máy cấy; máy trồng mía; hệ thống máy sản xuất mạ thảm; máy xới, máy vun luống, máy vãi, rắc phân, bón phân; máy, bình phun thuốc bảo vệ thực vật…  Bộ Tài chính cho biết, tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP quy định máy móc thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp gồm: Máy cày; máy bừa; máy phay; máy rạch hàng; máy bạt gốc; thiết bị san phẳng đồng ruộng; máy gieo hạt; máy cấy; máy trồng mía; hệ thống máy sản xuất mạ thảm; máy xới, máy vun luống, máy vãi, rắc phân, bón phân…; và các loại máy chuyên dùng khác.Luật Thủy sản không sử dụng thuật ngữ “tàu đánh bắt xa bờ” mà sử dụng thuật ngữ tàu khai thác thủy sản. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có ý kiến sửa cụm từ “tàu đánh bắt xa bờ” thành “tàu khai thác thủy sản tại vùng khơi, vùng biển” cho phù hợp thực tế của ngành.Thực hiện theo quy định nêu trên, các DN sản xuất, lắp ráp máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả hoạt động đầu tư, mua sắm TSCĐ) phục vụ cho hoạt động sản xuất lắp ráp máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ, mà phải tính vào chi phí sản phẩm, giá thành tăng và lợi nhuận giảm, bất lợi trong cạnh tranh với hàng hóa nhập khẩu cùng loại.Mặt khác, trong thực tế, máy móc, thiết bị rất đa dạng, được sử dụng cho nhiều mục đích (sản xuất nông nghiệp, sản xuất công nghiệp khác). Ví dụ như máy bơm nước, máy sưởi, máy nổ,... cả DN và cơ quan quản lý thuế đều gặp khó khăn trong việc xác định thế nào là máy móc, thiết bị chuyên dùng trong nông nghiệp để xác định loại nào áp dụng thuế suất 5%, loại nào áp dụng thuế suất 10% dẫn đến việc thực hiện không thống nhất giữa các DN và cơ quan quản lý thuế.Bên cạnh đó, việc kiểm soát hàng hóa có được sử dụng đúng mục đích như khi kê khai thuế hay không cũng rất khó khăn cho cơ quan quản lý thuế. Chính phủ đã phải ban hành nghị định quy định cụ thể tên một số máy móc thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp.