Theo đó, Nghị định quy định thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam để thực hiện Hiệp định giữa Việt Nam và Nhật Bản về đối tác kinh tế giai đoạn 2016-2019 (gọi là thuế suất VJEPA) và điều kiện được hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo Hiệp định này.

Đối tượng áp dụng là người nộp thuế theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; cơ quan và công chức Hải quan; tổ chức, cá nhân có quyền và nghĩa vụ liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Biểu thuế suất VJEPA được ban hành kèm theo Nghị định với đầy đủ, cụ thể danh mục hàng hóa, mã hàng, tên gọi, mô tả. Danh mục này được xây dựng trên cơ sở Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam và phân loại theo cấp mã 8 số hoặc 10 số.

Trong đó, cột thuế suất VJEPA được áp dụng cho các giai đoạn khác nhau, bao gồm từ 1-9-2016 đến 31-3-2017; từ 1-4-2017 đến 31-3-2018; từ 1-4-2018 đến 31-3-2019.

Điều kiện áp dụng thuế suất VJEPA là hàng hóa nhập khẩu phải thuộc Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt ban hành kèm Nghị định; được nhập khẩu từ Nhật Bản và Việt Nam; được vận chuyển trực tiếp từ Nhật Bản vào Việt Nam do Bộ Công Thương quy định và đáp ứng được các quy định về xuất xứ hàng hóa trong Hiệp định giữa Việt Nam  - Nhật Bản, có giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) mẫu JV do Bộ Công Thương quy định.

Hơn nữa, Nghị định cũng quy định hàng hóa từ khu phi thuế quan của Việt Nam (kể cả hàng gia công) nhập khẩu vào  thị trường trong nước được áp dụng thuế suất VJEPA phải đáp ứng các điều kiện quy định tại khoản 1 điều 4 Nghị định này và có giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) mẫu JV do Bộ Công Thương quy định.

Nghị định có hiệu lực thi hành từ 1-9-2016. Cùng với đó là việc bãi bỏ Thông tư số 25/2015/TT-BTC ngày 14-2-2015 ban hành biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam để thực hiện Hiệp định giữa Việt Nam - Nhật Bản về đối tác kinh tế giai đoạn 2015-2019.