KKT Phú Quốc là KKT ven biển. Ranh giới bao gồm toàn bộ huyện đảo Phú Quốc với các đô thị: Thị trấn Dương Đông, thị trấn An Thới và 8 xã: Cửa Cạn, Gành Dầu, Bãi Thơm, Hàm Ninh, Cửa Dương, Dương Tơ, Thổ Châu và xã Hòn Thơm (gồm toàn bộ cụm đảo phía Nam An Thới). Diện tích tự nhiên của KKT Phú Quốc là 58.923ha.

KKT Phú Quốc được tổ chức thành khu phi thuế quan và khu thuế quan. Khu phi thuế quan là khu vực được xác định gắn với Cảng An Thới và Sân bay Phú Quốc. Khu thuế quan là khu vực còn lại gồm các khu chức năng: Khu du lịch, dịch vụ, khu cảng và dịch vụ hậu cần cảng, khu công nghiệp, khu đô thị, khu dân cư, khu hành chính và các khu chức năng khác. Quy mô, vị trí từng khu được xác định tại Quyết định số 1197/QĐ-TTg ngày 9/11/2005 và Quyết định số 633/QĐ-TTg ngày 11/5/2010 của Thủ tướng Chính phủ.

Tổ chức, hoạt động và các cơ chế, chính sách đối với KKT Phú Quốc được thực hiện theo Luật Đầu tư, Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ và các văn bản pháp luật khác có liên quan.