Kịp thời chấn chỉnh tồn tại về việc chấp hành quy định pháp luật về thuế tại doanh nghiệp. Ảnh minh hoạ: Internet

Công ty TNHH MTV Nga Phong có vốn điều lệ là 62.000.000.000 đồng, có trụ sở chính tại số 56, đường Lý Thái Tổ, phường Đông Kinh, thành phố Lạng Sơn. Ngành nghề kinh doanh chính là xây dựng các công trình dân dụng, bán buôn, bán lẻ đồ gia dụng.

Qua thanh tra cho thấy, việc kê khai, nộp một số khoản thuế còn có nội dung không đảm bảo quy định. Cụ thể, năm 2020 công ty là nhà thầu xây dựng thực hiện 10 gói thầu xây dựng theo hợp đồng với các chủ đầu tư. Công ty đã lập hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT), kê khai doanh thu năm 2020 từ các gói thầu xây dựng với số tiền là 28.238.376.364 đồng.

Công ty đã lập hóa đơn GTGT trong năm 2020 đối với 3 công trình gồm công trình đầu tư xây dựng đường Bông Lau, thành phố Lạng Sơn; công trình sửa chữa nhà kiểm soát liên hợp Cốc Nam và một số hạng mục tại Cửa khẩu Cốc Nam; công trình mở rộng Trường THPT Chu Văn An, không đúng thời điểm lập hóa đơn GTGT theo quy định.

Việc lập hóa đơn GTGT không đúng thời điểm dẫn đến kê khai, nộp thuế GTGT năm 2020 không chính xác. Sau khi xác định lại số thuế GTGT phải nộp trong năm 2020 theo đúng thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình theo quy định, số thuế GTGT phải nộp trong quý 3 năm 2020 tăng so với hồ sơ khai thuế của công ty.

Qua kiểm tra hồ sơ liên quan cho thấy, khi chủ đầu tư thực hiện thủ tục thanh toán khối lượng hoàn thành cho công ty theo hợp đồng, Kho bạc Nhà nước các huyện đã thực hiện khấu trừ thuế GTGT theo tỷ lệ 2% giá trị đề nghị thanh toán theo quy định. Tổng số tiền thuế GTGT đã được kho bạc Nhà nước khấu trừ đến thời điểm ngày 31/12/2020 là 717.645.000 đồng.

Do đó, Thanh tra tỉnh yêu cầu công ty kê khai bổ sung số thuế GTGT còn phải nộp trong quý 3 năm 2020 và thực hiện bù trừ với số thuế GTGT mà kho bạc Nhà nước đã khấu trừ; đồng thời điều chỉnh tăng số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau đối với số thuế GTGT đã được khấu trừ năm 2020.

Về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), công ty đã hạch toán chi phí tiền lương, phụ cấp lương cho ông Nguyễn Hải Phong là Giám đốc với tổng số tiền 108.913.000 đồng vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN, là không đúng quy định.

Công ty đã hạch toán các khoản chậm nộp kỳ trước vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN, là không đúng quy định. Công ty đã hạch toán tiền khấu hao tài sản cố định vượt định mức theo quy định vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN, là không đúng quy định.

Ngoài ra, Thanh tra tỉnh xác định nội dung công ty đề nghị Cục Thuế tỉnh chưa thực hiện thu phí bảo vệ môi trường chưa được các cơ quan chức năng xem xét, giải quyết, cần được khẩn trương xem xét, giải quyết theo chỉ đạo của UBND tỉnh.

Thanh tra tỉnh yêu cầu Công ty TNHH MTV Nga Phong chấn chỉnh, rút kinh nghiệm đối với những hạn chế, thiếu sót đã được chỉ ra qua thanh tra.

Thanh tra tỉnh đề nghị Cục Thuế tỉnh Lạng Sơn hướng dẫn công ty trong việc kê khai bổ sung số thuế GTGT còn phải nộp trong quý 3/2020 được phát hiện qua thanh tra và bù trừ với số thuế GTGT mà kho bạc Nhà nước đã khấu trừ đối với công ty; chủ trì, phối hợp với Ban Quản lý Khu kinh tế Cửa khẩu Đồng Đăng - Lạng Sơn và Công ty TNHH MTV Nga Phong xác định rõ trách nhiệm kê khai, nộp phí bảo vệ môi trường theo chỉ đạo của tỉnh.