Sau khi sắp xếp, các Cty đầu tư phát triển nông - lâm - công nghiệp và dịch vụ chuyển thành Cty TNHH MTV lâm nghiệp. Hiện nay, toàn tỉnh có 7 Cty TNHH MTV lâm nghiệp thực hiện quản lý và bảo vệ gần 260.000ha rừng. Điều đáng nói là, lợi nhuận thu được của 7 Cty trong 10 năm qua chỉ đạt 1 tỷ 320 triệu đồng và có 4 doanh nghiệp bị lỗ. Các doanh nghiệp còn lại lợi nhuận không đáng kể so với tiềm năng rừng và đất rừng được giao. 

Ngoài ra, tình hình tranh chấp, lấn chiếm đất đai giữa các Cty, lâm trường với các tổ chức, cá nhân trên địa bàn tỉnh ngày càng phức tạp. Theo kết quả rà soát rừng và đất lâm nghiệp do Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Kon Tum thực hiện, cho đến cuối năm 2012, tổng diện tích đất giao chồng lấn và bị lấn chiếm tại các Cty lâm nghiệp, các BQL rừng đặc dụng, rừng phòng hộ khoảng gần 43.500ha. Trong đó, diện tích đất giao chồng lấn 19.210,15ha; diện tích bị lấn chiếm sau khi UBND tỉnh Kon Tum giao lâm phần cho các đơn vị chủ rừng quản lý là 24.266,20ha.